요지
조세특례제한법 상 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용하고 조세특례제한법 상최저한세가 적용되지 않는 감면 등을 나중에 공제함
회신
귀 질의의 경우, ｢조세특례제한법｣ 제132조에 따른 최저한세가 적용되지 않는 세액감면과 최저한세가 적용되는 세액공제가 동시에 적용되는 경우 적용순서는 기존 예규(재정경제부 조세지출예산과-112, 2005.2.5.)를 참고하시기 바랍니다.(법규과-207,2013.2.26.)
○ 재정경제부 조세지출예산과-112,2005.2.5.
조세특례제한법 제63조의2에 따라 “법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면”을 적용받는 법인이 이월된 “임시투자세액공제”가 있어 이를 동시에 적용하는 경우 법인세 납부할 세액의 계산은 이월된 “임시투자세액공제”를 먼저 적용하고 조세특례제한법 제63조의2에 따른 “법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면”을 그 다음에 적용하는 것입니다.
1. 사실관계 및 질의요지
가. 사실관계
○당사는 베어링을 제조하는 회사로 2010.1.1. 조세특례제한법 개정 이전에 기획재정부 예규*에 따라
- 최저한세가 적용되는 이월된 임시투자세액공제를 우선 공제하고 최저한세가 적용되지 않는 외국인투자세액감면을 적용함
*기획재정부 조세특례제도과-760(2009.08.27.), 재정경제부 조세지출예산과-112(2005.2.5.)
○최근 대법원은 법인세법 상 공제감면 순서에 따라 외국인투자세액감면을 먼저 적용하는 것이며 개정된 조세특례제한법 제132조 제3항의 규정은 2010.1.1. 이후 사업연도부터 적용하여야 한다고 판시
* 대법원2012두4173(2012.6.14.), 대법원2012두10697(2012.8.30.)
나. 질의요지
○ 2010.1.1. 개정된 조세특례제한법 제132조 제3항이 시행되기 이전 사업연도에 대하여
- 최저한세가 적용되는 이월된 임시투자세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 외국인투자세액감면이 동시에 적용되는 경우의 적용순서
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제132조 【최저한세】(2010.01.01-9924호 개정 전 법률)
① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인등을 제외한다)의 각 사업년도의 소득과 「법인세법」 제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업년도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세ㆍ「법인세법」 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액ㆍ가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 13(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.
1. 제9조 및 제30조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구ㆍ인력개발준비금 및 특별감가상각비
2.제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제63조의2제5항의 규정에 의한 소득공제금액ㆍ손금산입금액ㆍ익금불산입금액 및 비과세금액
3. 제5조, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 차감한 금액에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18에 따른 세액공제금액
4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 외의 지역으로 이전하는 경우를 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득외의 소득에 한한다), 제85조의6 및 제102조의 규정에 의한 법인세의 면제 및 감면
○ 조세특례제한법 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】(2010.01.01-9924호 개정 법률)
① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14(과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
1. 제9조 및 제30조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구ㆍ인력개발준비금 및 특별감가상각비
2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액
3. 제5조, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15 및 104조의18에 따른 세액공제금액
4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조에 따른 법인세의 면제 및 감면
③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.
○ 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】 (2010.01.01-9924호 법률)
① 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.
○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】 (2010.01.01-9924호 법률)
① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.
1. 각 사업년도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)
2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업년도중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
4. 제58조의3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.
③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피합병법인ㆍ분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "피합병법인등"이라 한다)이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 법규과-1779, 2010.11.30
귀 과세기준자문의 경우, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로 납부할 세액을 계산함에 있어서, 「조세특례제한법」 제132조의 최저한세가 적용되지 아니하는 같은 법 제121조의 2의 “외국인투자에 대한 법인세 등의 감면”을 적용받는 법인이 최저한세가 적용되는 같은 법 제26조의 “임시투자세액공제”의 이월된 금액이 있어 이를 동시에 적용하는 경우에는
그 이월된 “임시투자세액공제”를 먼저 적용한 후, “외국인투자에 대한 법인세 등의 감면”을 적용하는 것입니다.
○ 법규과-660, 2009.5.28.
내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로 납부할 세액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 제132조의 최저한세가 적용되는 같은법 제26조의 임시투자세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 같은법 제121조의2 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 및 같은법 제10조에 따른 중소기업의 연구 및 인력개발비에 따른 세액공제를 적용하는 경우에는
임시투자세액공제(최저한세 적용)한 후 외국인 투자에 대한 법인세 등의 감면(최저한세 배제) 또는 중소기업의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제(최저한세 배제)를 적용하는 것임
○ 재정경제부 조세지출예산과-112, 2005.02.05
「조세특례제한법」 제63조의 2의 규정에 의해 “법인이 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면”을 적용받는 법인이 이월된 “임시투자세액공제”가 있어 이를 동시에 적용하는 경우 법인세 납부할세액의 계산은 이월된 “임시투자세액공제”를 먼저 적용하고 「조세특례제한법」 제63조의 2의 규정에 의한 “법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면”을 그 다음에 적용하는 것임.
○ 기획경제부 조세특례제도과-760, 2009.8.27.
조특법 제132조에 다른 최저한세가 적용되지 않는 세액감면과 최저한세가 적용되는 세액공제가 동시에 적용되는 경우 적용순서는 기존 예규(재정경제부 조세지출예산과-112(2005.2.5)호를 참고하기 바람.
･ 재정경제부 조세지출예산과-112, 2005.2.5.
조세특례제한법 제63조의2에 따라 “법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면”을 적용받는 법인이 이월된 “임시투자세액공제”가 있어 이를 동시에 적용하는 경우 법인세 납부할 세액의 계산은 이월된 “임시투자세액공제”를 먼저 적용하고 조세특례제한법 제63조의2에 따른 “법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면”을 그 다음에 적용하는 것입니다.
○ 법규과-1638, 2010.11.03
내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 「조세특례제한법」 제132조제1항제3호의 최저한세가 적용되는 세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 「법인세법」 제57조의 외국납부세액공제가 동시에 적용되는 경우
납부할 법인세액은 산출세액에서 최저한세가 적용되는 세액공제를 우선 차감한 후에 외국납부세액공제를 차감하여 계산하는 것입니다.
○ 서면2팀-2373, 2004.11.17
제조업을 영위하는 중소법인이 법인세 과세표준 및 세액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 제132조의 규정에 의하여 최저한세의 적용이 배제되는 연구 및 인력개발비 세액공제와 공제대상인 임시투자세액공제가 함께 있는 경우, 적용순서는 법인이 선택하여 적용받을 수 있는 것임.
○ 서면2팀-353, 2007.3.2
제조업을 영위하는 법인이「조세특례제한법 제144조 제2항의 규정에 의하여 세액공제액의 이월공제를 적용함에 있어 같은법 제132조의 규정에 의하여 최저한세의 적용이 배제되는 연구 및 인력개발비세액공제와 공제대상인 임시투자세액공제가 함께 있어 귀속 사업연도가 상이한 서로 다른 종류의 세액공제가 중복되는 경우에는 이월공제의 적용순서를 당해 법인이 선택하여 적용받을 수 있는 것임.
○ 조심2011중2766, 2011.12.05, 기각
세액공제 및 감면을 적용할 때에 사업자의 신청 목적에 따라 공제감면의 순서가 달라지지 않으며, 최저한세 대상 공제감면인 고용증대특별세액공제 및 임시투자세액공제를 최저한세 배제 공제감면인 외국인투자기업 법인세 감면보다 우선 적용하여야 함
○ 조심2010중0381, 2011.06.24, 기각
최저한세 대상 공제감면’인 임시투자세액공제 등을 ‘최저한세 배제 공제감면’인 외국인투자세액감면보다 우선 적용하여 과세한 처분은 정당함
○ 심사법인2010-0006, 2010.05.10, 기각
최저한세 적용대상이 되는 세액공제와 최저한세가 배제되는 세액공제를 동시에 적용할 경우 최저한세 적용대상 세액공제를 먼저 공제함이 타당함.
○ 대법원2012두4173, 2012.6.14, 국패
최저한세 적용대상인 임시투자세액공제와 최저한세 배제대상인 외국인투자세액감면이 동시 적용되는 경우 법인세법상 공제감면 순서에 따라 세액감면을 먼저 적용하는 것이며, 조세특례제한법상의 최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제 규정이 법인세법상 공제감면 순서의 예외를 정한 ‘별도의 규정’으로 보기는 어려움
○ 대법원2012두10697, 2012.8.30, 국패
(심리불속행) 임시투자세액공제 등에 앞서 외국인투자감면을 먼저 적용하여야 함
(원심 요지) 최저한세 규정이 적용되는 임시투자세액공제 등과 최저한세 규정이 적용되지 아니하는 외국인투자감면이 동시에 적용되는 경우 임시투자세액공제 등에 앞서 외국인투자감면을 먼저 적용하여야 함
출처 :
국세청 2013. 03. 06. 법인세과-133 | 국세법령정보시스템
