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거래시기 경과 후 발급된 세금계산서 매입세액 공제 여부

부가가치세과-482  ·  2013. 05. 31.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 임대용역의 공급시기에 세금계산서를 받지 못하고, 그 과세기간이 지난 후 건물주가 일괄로 세금계산서를 발급하며 부가가치세를 청구한 경우, 해당 늦게 발급된 세금계산서에 대한 매입세액을 부가가치세에서 공제받을 수 있는지 궁금합니다.

S요약

과세사업자가 재화 또는 용역을 공급할 때에는 부가가치세법 제9조의 거래시기(공급시기)에 맞추어 세금계산서를 발급하여야 하며, 공급시기에 세금계산서를 발급하지 않고 그 공급시기가 속하는 과세기간 경과 후에 늦게 발급한 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호에 따라 공급받는 자의 매출세액에서 공제되지 않는 것으로 판단됩니다.
#부가가치세 #거래시기 #공급시기 #세금계산서 지연발급 #매입세액 공제불가 #임대료 부가세
핵심 정리

R회신 내용 부가가치세과-482  ·  2013. 05. 31.

  • 본 회신은 국세청 부가가치세과-482(2013.05.31.) 및 선행 해석사례 서면3팀-1329(2007.05.02.)를 근거로 한 것으로, 부가가치세법 및 같은 법 시행령 규정을 종합하여 판단한 내용입니다.
  • 부가가치세법 제16조 제1항에 따르면, 과세사업을 영위하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 같은 법 제9조에서 정한 거래시기(공급시기)에 세금계산서를 공급받는 자에게 발급하여야 하며, 이는 임대용역을 공급하는 건물주에게도 동일하게 적용되는 것으로 보입니다.
  • 부가가치세법 제9조 제2항 및 시행령 제22조는 용역의 공급시기를 역무 제공이 완료되는 때 또는 계속적 공급의 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때 등으로 규정하고 있으므로, 임대료에 대한 부가가치세 세금계산서는 각 임대료의 공급시기(지급기일 등)에 맞추어 적기에 발급되어야 하는 것으로 이해됩니다.
  • 국세청 서면3팀-1329(2007.05.02.) 해석에 따르면, 재화 또는 용역의 공급시기에 세금계산서를 교부하지 아니하고, 그 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 뒤늦게 세금계산서를 교부한 경우, 부가가치세법 제17조 제2항 제2호(당시 제1의2호)에 의하여 해당 세금계산서의 매입세액은 공급받는 자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 해석하였습니다.
  • 이 유권해석의 사실관계에서와 같이, 임차인이 일반음식점을 운영하면서 건물주로부터 퇴거명령을 받고 임대차계약을 종료한 후, 건물주가 그동안 임대료 지급 시 부가가치세를 받지 않았다는 이유로 과거 기간분 임대료에 대한 세금계산서를 일괄 교부하며 부가가치세를 징수한 경우라도, 그 세금계산서 발급시점이 각 임대용역의 공급시기가 속하는 과세기간 경과 후라면, 그 매입세액은 원칙적으로 공제 대상에 해당하지 않는 것으로 판단됩니다.
  • 따라서, 거래시기(공급시기)가 이미 속해 있던 과세기간이 지난 후에 소급하여 발급된 임대료 관련 세금계산서는, 부가가치세법 제17조 제2항 제2호가 정하는 공제하지 아니하는 매입세액에 해당하므로, 공급받는 자인 임차인의 매출세액에서 공제할 수 없는 것으로 국세청이 해석한 사례로 보입니다.
  • 다만, 위 회신은 기존 해석사례(서면3팀-1329)를 인용하는 형식으로 이루어져 있으므로, 유사한 사실관계라도 세금계산서 발급시기, 공급시기 판단, 과세기간의 범위 등 구체적인 사실에 따라 적용 결과가 달라질 여지는 있으며, 개별 사안은 관할 세무서나 국세청에 구체적으로 질의하여 확인하시는 것이 안전할 것으로 보입니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제9조 제2항(거래 시기): 용역의 공급시기를 역무 제공·재화·시설물·권리 사용 시점으로 규정하여 세금계산서 발급 시점의 기준이 됨
  • 부가가치세법 시행령 제22조(용역의 공급시기): 통상 용역은 역무 제공 완료 시, 계속적 공급 용역은 대가의 각 부분을 받기로 한 때 등을 공급시기로 구체화함
  • 부가가치세법 제16조 제1항(세금계산서 발급의무): 등록사업자는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 제9조상의 시기에 세금계산서를 공급받는 자에게 발급하여야 함
  • 부가가치세법 제17조 제2항 제2호(공제하지 않는 매입세액): 법 제16조에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 필요적 기재사항 누락·오기재 시 해당 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않음
  • 서면3팀-1329, 2007.05.02. 해석례: 공급시기에 세금계산서를 교부하지 아니하고 그 공급시기가 속하는 과세기간 경과 후 교부한 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 명시함
사례 Q&A
1. 과거 임대료에 대해 뒤늦게 받은 세금계산서의 부가가치세를 매입세액 공제할 수 있나요?
답변
국세청 해석에 따르면 임대용역의 공급시기(거래시기)가 속하는 과세기간이 지난 후 뒤늦게 발급된 세금계산서에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호에 따른 공제불가 매입세액에 해당할 수 있어, 통상적으로 매출세액에서 공제받기 어렵다고 보입니다.
근거
부가가치세법 제9조·시행령 제22조는 용역의 공급시기를 정하고, 제16조는 그 시기에 세금계산서를 발급하도록 규정합니다. 서면3팀-1329 및 부가가치세과-482 해석에 따라 공급시기 경과 후 과세기간 지나 발급된 세금계산서의 매입세액은 제17조 제2항 제2호에 의해 공제하지 않는 것으로 보았습니다.
2. 임대차 종료 후 건물주가 일괄 발급한 임대료 세금계산서도 부가세 공제가 안 되나요?
답변
임대차가 종료된 후 건물주가 과거 기간 임대료에 대한 세금계산서를 일괄 발급한 경우, 각 임대용역의 공급시기가 속하는 과세기간이 이미 경과하였다면, 해당 세금계산서상 매입세액은 국세청 해석례에 따라 원칙적으로 매출세액에서 공제되지 않는 것으로 판단됩니다.
근거
사실관계에서 임차인은 일반음식점을 운영하다 퇴거 후 건물주로부터 과거 임대료분 세금계산서를 일괄 교부받았습니다. 서면3팀-1329와 부가가치세과-482는 거래시기(공급시기)에 세금계산서를 교부하지 않고 과세기간 경과 후 발급한 경우, 그 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호에 따라 공제하지 않는다고 보았습니다.
3. 부가가치세에서 세금계산서 발급시기와 매입세액 공제 요건은 어떻게 되나요?
답변
부가가치세법상 과세사업자는 재화·용역 공급 시 거래시기(공급시기)에 세금계산서를 발급해야 하며, 이 시기를 벗어나 과세기간 경과 후 발급된 세금계산서는 해당 매입세액이 부가가치세법 제17조 제2항 제2호에 따라 매출세액에서 공제되지 않는 것으로 해석될 수 있습니다.
근거
부가가치세법 제9조와 시행령 제22조가 용역의 공급시기를 정하고, 제16조는 그 시점에 세금계산서를 발급하도록 규정합니다. 국세청 서면3팀-1329 및 부가가치세과-482는 공급시기가 속하는 과세기간이 지난 후 교부된 세금계산서의 매입세액을 제17조 제2항 제2호에 따른 공제불가 매입세액으로 판단하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

재화 또는 용역의 공급시기에 세금계산서를 발급하지 아니하고 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 경과 후에 세금계산서를 발급한 경우 당해 세금계산서의 매입세액은 공급받는 자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임

회신

귀 질의의 경우에는 기존 해석사례(서면3팀-1329, 2007.05.02.)를 참고하시기 바랍니다.

○ 서면3팀-1329, 2007.05.02.
부가가치세법 제16조의 규정에 의하여 과세사업을 영위하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 같은법 제9조의 거래시기(공급시기)에 세금계산서를 교부하여야 하는 것이며, 재화 또는 용역의 공급시기에 세금계산서를 교부하지 아니하고 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 경과 후에 세금계산서를 교부한 경우 당해 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제1의 2호의 규정에 의하여 공급받는 자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임

[관련 참고자료]

1. 사실관계

 가.질의자(이하 ⁠“당사”라 함)는 서울시 서초구 서초동 소재 건물을 임차하여 일반음식점을 경영하였음

 나. 건물주로부터 퇴거명령을 받고 임대차계약을 종료하였으나, 건물주는 보증금 반환시 그동안 임대료 지급시 부가가치세를 받지 않았다며 그동안의 세금계산서를 교부하면서 부가가치세를 징수하였음

2. 질의내용

 ○ 거래시기가 아닌 시기에 발급된 세금계산서로 매입세액을 공제받을 수 있는지

3. 관련된 법령 및 유사해석사례

○ 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】

법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

출처 : 국세청 2013. 05. 31. 부가가치세과-482 | 국세법령정보시스템