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지자체 농산물산지유통가공센터 이용료의 부가가치세 및 매입세액 공제 여부

부가가치세과-867  ·  2013. 09. 23.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 지방자치단체가 농산물산지유통가공센터를 건립·운영하면서 민간사업자에게 시설을 사용하게 하고 받는 이용료가 시설 유지·관리비에도 현저히 부족한 경우, 이 시설 운영이 부가가치세법 시행령 제46조제3호의 부동산임대업에 해당하는지와 이에 따른 해당 시설 취득·유지관리비 관련 매입세액 공제(환급) 가능 여부는 어떻게 판단되는지요?

S요약

지방자치단체가 농산물의 안정적 판로 확보와 농가소득 증대를 위해 건립·운영하는 농산물산지유통가공센터를 민간사업자에게 사용하게 하면서 받는 이용료가 센터의 유지·관리비용에도 현저히 부족한 경우에는 부동산 임대업에 해당하지 않는다고 보아 부가가치세 과세대상이 아니며, 그 시설의 취득 및 유지·관리비 관련 매입세액은 공제(환급) 불가로 판단된다는 취지의 해석입니다.
#농산물산지유통가공센터 #지방자치단체 이용료 #부가가치세 면세 #부가가치세 매입세액 공제 #부동산임대업 해당 여부 #유지관리비 부족 기준
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핵심 정리

R회신 내용 부가가치세과-867  ·  2013. 09. 23.

  • 이 회신은 국세청 「부가가치세과-867(2013.09.23)」 유권해석으로, 지방자치단체의 농산물산지유통가공센터 운영의 부동산임대업 해당 여부 및 매입세액 공제 가능성을 판단한 사례입니다.
  • 국세청은 지방자치단체가 농산물의 안정적 판로 확보와 지역주민의 농가소득 증대를 목적으로 농산물산지유통가공센터를 건립·운영하면서 민간사업자에게 시설을 사용하게 하고 받는 이용료가 해당 시설의 유지·관리비용에도 현저히 부족한 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제46조 제3호에 따른 부가가치세가 과세되는 부동산 임대업에 해당하지 아니하는 것으로 회신하였습니다.
  • 이 경우 해당 시설의 이용은 지자체의 공익적 목적에 기반한 것으로, 부동산 임대를 통한 수익사업이라기보다 사실상 수익성이 없는 공공지원 성격으로 보아, 시행령 제46조 제3호에서 말하는 면세 제외 업종인 부동산임대업에 포함되지 않는다는 취지로 이해됩니다.
  • 따라서 농산물산지유통가공센터의 취득 및 유지·관리비용과 관련하여 부담한 매입세액은 과세사업(부동산임대업)에 직접 관련된 매입세액으로 볼 수 없어, 부가가치세법상 매입세액 공제 또는 환급 대상이 되지 아니한다고 국세청은 해석하였습니다.
  • 다만, 국세청은 귀 질의와 같이 개별 사안에서 해당 사업이 부동산 임대업에 해당하는지 여부는 계약관계, 이용료 산정 방식, 유지·관리비용의 부족 여부, 사업의 목적 및 실질 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항이라고 명시하였습니다.
  • 관련 사실관계로 제시된 바에 따르면, 질의자는 2009.12.21. 준공된 농산물산지유통가공센터를 2009.3.25. ◇◇군연합사업단에 위탁하였고, 이용료는 사업단 매출액의 1000분의 3으로 하되 3년간 유예한 후 2013년부터는 1000분의 1로 변경하는 등, 통상적인 임대수익 확보와는 거리가 있는 구조로 나타나 이러한 점이 유지·관리비에도 현저히 미달하는지 여부 판단의 중요한 단서가 됨을 시사하고 있습니다.
  • 결론적으로, 국세청은 질의 사례와 같이 이용료가 유지·관리비에도 현저히 부족한 구조라면 부가가치세법 시행령 제46조 제3호의 부동산임대업으로 보지 아니하여 과세하지 않으며, 그에 수반되는 시설 취득·유지관리 관련 매입세액은 공제·환급되지 않는다는 입장을 밝힌 것으로 판단됩니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제26조 제1항 제19호: 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역 중 대통령령으로 정하는 것은 부가가치세 면세
  • 부가가치세법 시행령 제46조: 법 제26조 제1항 제19호에 따른 국가·지자체 등이 공급하는 재화 또는 용역 중 면세 대상에서 제외되는 업종을 규정
  • 부가가치세법 시행령 제46조 제3호: 국가·지자체 등이 공급하는 재화·용역 중 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업·숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업을 면세 대상에서 제외하고, 일부 예외를 규정
  • 부가가치세법상 매입세액 공제 원칙: 과세사업(과세대상 재화·용역 공급)에 직접 관련된 매입세액만 공제 가능하며, 면세사업 또는 비과세·비사업용에 관련된 매입세액은 공제 불가
  • 부가가치세법상 사실판단 원칙: 특정 거래가 부동산 임대업 등에 해당하는지 여부는 계약관계, 대가 수준, 유지·관리비 부담 관계 등의 구체적 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단
사례 Q&A
1. 지자체 농산물산지유통가공센터 이용료가 유지관리비보다 적을 때 부동산임대업 해당 여부는?
답변
국세청 해석에 따르면 지방자치단체가 운영하는 농산물산지유통가공센터의 이용료가 해당 시설 유지·관리비용에도 현저히 부족한 경우, 그 운영은 「부가가치세법 시행령」 제46조 제3호에서 말하는 부동산 임대업에 해당하지 않는 것으로 보입니다.
근거
부가가치세과-867(2013.09.23) 회신은 공익 목적의 센터 운영에서 받는 이용료가 유지·관리비에도 현저히 부족하면 시행령 제46조 제3호의 부동산임대업에 해당하지 아니한다고 명시하였습니다.
2. 지자체 농산물산지유통가공센터 건립·유지관리 비용의 매입세액 공제가 가능한가요?
답변
이용료가 유지·관리비에도 미달하여 부동산임대업으로 보지 않는 경우, 해당 센터의 취득 및 유지·관리비용 관련 매입세액은 부가가치세법상 공제 또는 환급되지 않는 것으로 국세청은 보고 있습니다.
근거
부가가치세과-867 회신에서 국세청은 센터 운영이 부동산 임대업에 해당하지 아니하면 이에 수반되는 시설 취득과 유지·관리비용에 관련된 매입세액은 공제(환급)되지 아니한다고 명시하여 매입세액 불공제를 분명히 하였습니다.
3. 지자체 시설 임대가 부가가치세 과세 부동산임대업인지 어떻게 판단하나요?
답변
국세청은 지자체 시설 사용 관계가 부가가치세 과세대상인 부동산임대업에 해당하는지 여부는 계약 내용, 이용료 수준, 유지·관리비 부족 여부, 사업 목적 등을 종합적으로 사실판단하여야 한다고 보았습니다.
근거
부가가치세과-867 회신은 해당 사안이 부동산임대업에 해당하는지 여부는 계약관계, 유지·관리비용의 부족 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단할 사항이라고 하여, 단순 형식이 아닌 실질에 따른 사실판단을 요구하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

지방자치단체가 농산물산지유통가공센터를 건립하여 운영하면서 민간사업자에게 해당 시설을 사용하도록 하고 받는 이용료가 당해 시설의 유지ㆍ관리비용에도 현저히 부족한 경우에는 부동산 임대업에 해당하지 아니하므로 해당 시설의 취득과 유지ㆍ관리비용에 관련된 매입세액은 공제(환급)되지 아니하는 것임

회신

지방자치단체가 농산물의 안정적 판로 확보와 지역주민의 농가소득증대 등을 위하여 농산물산지유통가공센터를 건립하여 운영하면서 민간사업자에게 해당 시설을 사용하도록 하고 받는 이용료가 당해 시설의 유지ㆍ관리비용에도 현저히 부족한 경우에는 ⁠「부가가치세법 시행령」 제46조제3호에 따른 부가가치세가 과세되는 부동산 임대업에 해당하지 아니하므로 해당 시설의 취득과 유지ㆍ관리비용에 관련된 매입세액은 공제(환급)되지 아니하는 것입니다.
귀 질의의 경우 부동산 임대업에 해당하는지 여부에 대해서는 계약관계, 유지ㆍ관리비용의 부족여부 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다.

[관련 참고자료]

1. 사실관계

 가. 질의자(이하 ⁠“당사”라 함)는 2009.12.21. 준공된 농산물산지유통가공센터를 2009.3.25. ◇◇군연합사업단에 위탁함

 나. 이용료는 사업단 매출액의 1000분의 3이나 3년간 유예하고, 2013년부터 1000분의 1로 하였음

2. 질의내용

 ○ 위의 경우 부동산임대업에 해당하는지 여부

3. 관련된 법령

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다

19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제46조 【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업·숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 가. 국방부 또는 ⁠「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조에 따른 군인, 「군무원인사법」 제2조에 따른 군무원, 그 밖에 이들의 직계존속·비속 등 기획재정부령으로 정하는 사람에게 제공하는 재화 또는 용역

 나. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속 직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식을 공급하는 용역

출처 : 국세청 2013. 09. 23. 부가가치세과-867 | 국세법령정보시스템