요지

재건축주택의 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제99의3제2항제2호에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산 시, 계산식 분모의 양도당시 기준시가에서 차감하는 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하며, 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용함

답변내용

위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 거주하거나 보유하는 중에 소실･붕괴･노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택의 경우로서 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제99의3제2항제2호에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산할 때, 해당 규정 계산식 분모의 양도당시 기준시가에서 차감하는 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하며, 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 2002.3월 서울시 동작구 ○○동 ○○-○번지 단독주택을 증여받음

   * 2002년 토지 개별공시지가 고시 전 증여받음

 ○ 2003.1월 단독주택을 다세대주택으로 임의 재건축하여 사용승인 받음

   * ｢조세특례제한법｣ 제99의3 감면대상에 해당함을 전제로 질의함

 ○ 2019.1월 신축 이후 임대 중이던 위 다세대주택의 ○○○호를 양도함

2. 질의내용

 ○ ｢조세특례제한법｣ 제99의3에 따른 감면소득금액을 계산 할 때

 질의1) 기준시가 적용 기준일에 해당 연도의 새로운 기준시가가 고시되지 않은 경우 기준시가 적용방법(전년도 기준시가를 적용하는지, 사후에 확인된 그 해 연도의 기준시가를 적용하는지)

 질의2) 계산식 분모의 양도당시 기준시가에서 차감하는 취득당시 기준시가 ⁠(신축주택 취득당시 기준시가인지, 종전주택 취득당시 기준시가인지)

3. 관련법령 및 관련사례

○조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

 2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조에 따라 택지개발지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

 1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발ㆍ재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3제2항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

 2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

○ 조세특례제한법 제98조의3【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

 1. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업 또는 재건축사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

 2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

출처 : 국세청 2019. 06. 11. 사전-2019-법령해석재산-0134[법령해석과-1466] | 국세법령정보시스템