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상가 분양 잔금 관련 부가가치세 매입세액 공제·환급 가능 여부

부가가치세과-113  ·  2012. 02. 01.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 상가 분양계약 후 소유권 이전이 지연되고 세무서 직원 지적으로 사업자등록을 재발급받은 상황에서, 상가 분양 잔금에 포함된 부가가치세를 환급받기 위해서는 어떤 요건과 절차를 갖추어야 매입세액 공제·환급이 가능한지 여부

S요약

부가가치세 과세사업을 영위하는 사업자가 상가 분양 등으로 재화나 용역을 공급받으면서 부담한 부가가치세는, 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 것이어야 하고, 세금계산서 등 적법한 증빙을 수취해야만 매출세액에서 공제되거나 환급이 가능한 것으로 보입니다. 다만 본 사안은 세금계산서 발급 여부 등 사실관계가 불명확하여, 국세청은 개별 사실 확인 없이 구체 환급 가능 여부에 대해 명확한 판단을 제시하기 어렵다는 취지로 회신한 것으로 이해됩니다.
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핵심 정리

R회신 내용 부가가치세과-113  ·  2012. 02. 01.

  • 국세청 부가가치세과-113(2012.02.01) 회신으로, 세금계산서 적법 발급 여부 등 사실관계가 불분명하여 구체적인 매입세액 공제·환급 가능 여부에 대해서는 명확한 회신이 어렵고, 기존 해석사례인 부가-1215(2011.10.08) 및 서면3팀-937(2008.05.09)를 참조하도록 안내한 것으로 보입니다.
  • 회신에 따르면, 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 사업자가 상가 분양 등 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세를 거래징수당한 경우, 그 재화 또는 용역이 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 것이라면, 해당 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항에 따라 매출세액에서 공제될 수 있는 것으로 보입니다.
  • 다만, 국세청은 종전 해석(부가-1215)에서, 사업자가 실제로 부가가치세를 부담하였더라도 부가가치세법 제16조에 따른 세금계산서, 조세특례제한법 제126조의4에 따른 매입자발행세금계산서, 부가가치세법 제32조의2에 따른 신용카드매출전표 등을 수취하지 아니한 경우에는 그 매입세액을 공제 받을 수 없다고 명시하고 있습니다.
  • 또 다른 기존 해석(서면3팀-937)에 따르면, 과세사업자가 자기 사업을 위해 사용할 재화 또는 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되지만, 부가가치세법 제17조 제2항에서 정한 공제 제외 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며, 매출세액을 초과하는 매입세액은 관련 규정에 따라 환급받을 수 있다고 밝히고 있습니다.
  • 따라서 상가 분양 잔금에 포함된 부가가치세를 환급받으려면, 해당 상가가 실제로 과세사업에 사용되었거나 사용할 목적으로 취득되었는지, 적법한 세금계산서 또는 그에 준하는 증빙을 수취했는지, 공제 제외 사유에 해당하지 않는지 등을 전제로 과세기간 신고 시 매입세액 공제를 통해 환급을 신청하여야 할 것으로 보입니다.
  • 본 사안의 경우 국세청은 상가 소유권 이전 지연, 신탁등기, 금융기관 및 지자체와의 소송, 사업자등록의 폐기 및 재발급 등 개별 사실관계가 복잡하고, 세금계산서 발급 및 수취 여부가 불명확하여, 일반 원칙만 제시하고 구체적인 환급 가능 여부는 별도의 사실확인·세무조사 또는 관할 세무서 상담을 통해 판단되어야 한다는 취지로 회신한 것으로 이해됩니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제17조 제1항: 사업자가 재화 또는 용역을 공급받거나 수입하면서 부담한 부가가치세액 중 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 매입세액은 해당 과세기간의 매출세액에서 공제.
  • 부가가치세법 제17조 제2항: 면세사업, 비영업용 소형승용차, 접대비 등 공제되지 아니하는 매입세액을 열거하여 매출세액 공제 대상에서 제외.
  • 부가가치세법 제16조: 재화 또는 용역 공급 시 세금계산서 발급 의무 및 필요적 기재사항, 적법한 세금계산서 수취 요건 규정.
  • 조세특례제한법 제126조의4: 재화·용역 공급자가 세금계산서를 발급하지 않는 경우 등 일정 요건 하에 매입자발행세금계산서를 발급할 수 있는 특례 및 요건 규정.
  • 부가가치세법 제32조의2: 신용카드매출전표 등을 수취한 경우 세금계산서 대신 매입세액 공제가 가능한 신용카드 등 사용에 대한 특례 규정.
사례 Q&A
1. 상가 분양계약 후 소유권 이전을 못 받은 경우에도 분양 잔금에 포함된 부가가치세를 환급받을 수 있나요?
답변
상가 분양 잔금에 포함된 부가가치세라도, 해당 상가가 부가가치세 과세사업에 사용되었거나 사용할 목적으로 취득되고, 적법한 세금계산서 등 증빙을 수취하였다면 일반적으로 매입세액 공제·환급이 가능할 여지가 있습니다. 다만 국세청 회신에서는 이 사안의 세금계산서 발급 여부 등 사실관계가 불분명하다고 보아, 원칙만 제시하고 개별 환급 가능성은 별도 사실확인이 필요하다는 입장을 밝히고 있습니다.
근거
부가-1215(2011.10.08) 및 서면3팀-937(2008.05.09)는 자기 사업을 위한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항에 따라 매출세액에서 공제되며, 공제 제외 매입세액은 제17조 제2항에 따라 공제되지 않는다고 설명합니다. 또한 세금계산서·매입자발행세금계산서·신용카드매출전표 등을 수취하지 않으면 매입세액 공제가 불가하다고 명시하고 있습니다.
2. 부가가치세를 환급받으려면 세금계산서 외에 어떤 증빙이 있어야 하나요?
답변
부가가치세 매입세액을 공제·환급받기 위해서는 원칙적으로 부가가치세법 제16조에 따른 적법한 세금계산서가 필요합니다. 다만 공급자가 세금계산서를 발급하지 않은 경우 등 일정한 요건을 갖추면 조세특례제한법 제126조의4에 따른 매입자발행세금계산서를 발급할 수 있고, 부가가치세법 제32조의2에 따른 신용카드매출전표 등도 일정 요건에서 매입세액 공제 증빙으로 인정될 수 있습니다.
근거
국세청 기존해석(부가-1215)은 사업자가 부가가치세를 부담하였더라도 세금계산서·매입자발행세금계산서·신용카드매출전표 등을 수취하지 않으면 공제받을 수 없다고 설명합니다. 이는 부가가치세법 제16조 및 제32조의2, 조세특례제한법 제126조의4에서 규정한 증빙 요건을 충족해야 함을 전제로 한 것입니다.
3. 부가가치세 매입세액이 매출세액을 초과하면 환급이 되는지, 그리고 예외가 있는지 궁금합니다.
답변
과세기간 중 공제 가능한 매입세액이 매출세액을 초과하면 그 초과액은 부가가치세 신고를 통해 환급을 신청할 수 있습니다. 다만 부가가치세법 제17조 제2항에서 정한 공제 제외 매입세액(면세사업 관련, 비영업용 승용차, 접대비 등)은 매출세액에서 공제할 수 없고, 따라서 환급 대상에서도 제외되는 것으로 보입니다.
근거
서면3팀-937(2008.05.09)는 자기 사업을 위한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항에 따라 매출세액에서 공제되지만, 동법 제17조 제2항에 해당하는 매입세액은 공제하지 아니하며, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 수 있다고 해석합니다. 이 구조에 따라 환급 가능 여부는 공제 대상 매입세액인지 여부에 좌우됩니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세를 거래징수당한 경우 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제되는 것임

회신

귀 질의의 경우 세금계산서를 적법하게 발급받았는지 여부 등 사실관계가 불분명하여 명확한 답변을 드리기 어려움을 양해하여 주시기 바라며, 매입세액공제 여부에 대해서는 기존 해석 사례(부가-1215, 2011.10.8 및 서면3팀-937, 2008.5.9)를 참조하시기 바람

○ 부가-1215, 2011.10.08
사업자가 재화 또는 용역을 공급받거나 재화를 수입하면서 부담한 부가가치세액으로서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 매입세액은 ⁠「부가가치세법」 제17조 제1항의 규정에 따라 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것임. 이 때 자기가 부담한 매입세액이 있는 경우라도「부가가치세법」제16조에 의한 세금계산서,「조세특례제한법」제126조의 4에 의한 매입자발행세금계산서,「부가가치세법」제32조의 2에 의한 신용카드매출전표 등을 수취하지 아니하면 공제 받을 수 없는 것임.

○ 서면3팀-937, 2008.05.09.
부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세를 거래징수당한 경우 ⁠「부가가치세법」 제17조 제1항의 규정에 의하여 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제되는 것이나, 동법 제17조 제2항에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이며, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 수 있는 것임.

〔검토조서〕

1. 사실관계

  - 본인(매수인)은 상가를 분양받기 위해서 계약서를 작성하고 2005.9.4 계약금을 지급하고 중도금은 매도인이 주관하여 매수인 명의로 ★★★저축은행에서 대출받아 융자처리하고 계약서 상단에 기재된 부가가치세 67,878,960원 중 40,727,376원을 환급받음

   - 그 후 상가 건물이 ●●신탁에 신탁등기되고 매도인이 ★★★저축은행과 일반인에게서 현금을 차입하고 변제하지 않은 관계로 ★★★저축은행과 일반인간에 상가 분양금에 대한 채권다툼 소송을 하여 ★★★저축은행측이 승소하여 ●●신탁에 등기이전 관계를 문의한 바, 매수인이 나머지 잔금을 지불하면 ★★★저축은행측에서 소유권이 이전된다고 확답함

 - 질의자인 매수인의 하자나 잘못이 일체 없는 상황에서 몇 년째 소유권을 이전받지 못하고 처음에 사업자등록증을 발급받았지만 필요 없어서 폐기한 바, 재발급받아야 한다는 세무서 직원의 지적으로 재발급받음

   - 현재는 ◆◆시에서 각종 세금 체납으로 압류되어 ◆◆시와 ★★★저축은행 간에 소송을 진행하고 있어 소유권이전을 할 수도 없는 현실로서 금전적으로나 시간적으로 막대한 경제적 손해를 보고 있음

2. 쟁점

   상기의 경우 잔금 지불에 대한 부가가치세를 어떤 절차를 밟아야 환급받을 수 있는 것인지 여부

출처 : 국세청 2012. 02. 01. 부가가치세과-113 | 국세법령정보시스템