자경농지 감면과 개발사업 지연 시 3년 경과 농지 인정 여부

부동산거래관리과-367  ·  2012. 07. 13.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 국가 또는 지방자치단체 등이 시행하는 개발사업지역 안 농지가 개발사업으로 주거지역 등에 편입된 후 3년이 지났으나, 사업 또는 보상 지연 책임이 사업시행자에게 있는 경우에도 조세특례제한법 제69조의 자경농지 양도소득세 감면 대상 농지에 해당하는지 여부

S요약

자경농지 양도소득세 감면은 원칙적으로 특별시·광역시 또는 시의 주거지역 등 편입 후 3년이 지난 농지에는 적용되지 않으나, 사업시행자가 국가·지자체 등인 개발사업지역 안에서 개발사업 시행으로 주거지역 등에 편입된 농지이고, 사업 또는 보상 지연 책임이 사업시행자에게 있는 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 3년이 경과하였더라도 감면대상 농지로 인정될 수 있는 것으로 보입니다.
#자경농지 양도소득세 #자경농지 감면 요건 #주거지역 편입 3년 경과 #개발사업지역 농지 #국가 지자체 사업시행자 #보상 지연 부득이한 사유
핵심 정리

R회신 내용 부동산거래관리과-367  ·  2012. 07. 13.

  • 본 회신은 국세청 부동산거래관리과-367(2012.07.13.) 유권해석으로, 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조·시행규칙 제27조에 근거하여 자경농지 양도소득세 감면 적용 여부를 판단한 것입니다.
  • 조세특례제한법 제69조 및 시행령 제66조 제4항에 따르면, 양도일 현재 특별시·광역시(군 지역 제외) 또는 시(읍·면지역 제외)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역·공업지역 안에 있고, 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 원칙적으로 자경농지 감면 대상에서 제외되는 것으로 해석되고 있습니다.
  • 다만, 같은 시행령 제66조 제4항 제1호나목 및 시행규칙 제27조 제5항에 따라, 사업시행자가 국가·지방자치단체 등 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 주거지역 등에 편입된 농지이고, 사업 또는 보상 지연 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 부득이한 사유에 해당하는 경우에는, 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 경우에도 감면대상에서 제외되는 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 자경농지 감면이 가능하다고 회신하였습니다.
  • 따라서 개발사업지역 안 농지가 개발사업의 시행으로 주거지역 등에 편입되었고, 인근 일대 도로 개설 지연 등으로 주택 건축허가가 불가능한 상태가 사업 또는 보상을 지연시키는 사유에 해당하며, 그 책임이 사업시행자인 국가 또는 지방자치단체 등에 있다고 인정되는 경우라면, 해당 농지는 3년 경과 후에도 자경농지 양도소득세 감면대상 농지에 해당할 수 있는 것으로 판단된다고 보입니다.
  • 한편, 국세청은 본 사안에 대해, 해당 농지가 실제로 개발사업지역 안의 농지에 해당하는지, 그리고 사업 또는 보상 지연 책임이 사업시행자에게 있는지 여부는 사실판단 사항이므로, 구체적인 개발사업 지정·고시 여부, 사업시행자, 사업 진행 경과 등은 관련 개발사업 주무관청 등 관계기관에 문의하여 확인·판단할 필요가 있다고 안내하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면): 농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 대통령령이 정하는 방법으로 직접 경작한 농지를 양도하는 경우 양도소득세 100% 감면을 규정하고, 다만 주거지역등 편입 또는 환지예정지 지정 시 그 시점까지 발생한 소득만 감면하도록 제한함
  • 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항: 법 제69조 제1항의 ‘대통령령으로 정하는 토지’에서 제외되는 토지를 열거하면서, 주거지역·상업지역·공업지역 편입 후 3년 경과 농지는 원칙적으로 감면 대상에서 제외함
  • 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호나목: 사업시행자가 국가·지방자치단체 등 공공기관인 개발사업지역에서 개발사업 시행으로 주거·상업·공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 3년 경과 농지라도 제외 대상에서 다시 제외하는 특례를 둠
  • 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제5항: 영 제66조 제4항 제1호나목의 ‘부득이한 사유’를 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유라고 정의함
  • 유사예규 서일46014-10528, 재일46014-1610 등: 대규모 개발사업지역에서 개발사업 시행 또는 보상 지연으로 인해 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대해서는, 자경농지 제한요건이 적용되지 않아 8년 자경농지 양도소득세 면제가 가능함을 확인함
사례 Q&A
1. 개발사업으로 주거지역에 편입된 자경농지가 3년이 지난 경우 양도소득세 감면이 가능한가요?
답변
조세특례제한법상 자경농지 양도소득세 감면은 원칙적으로 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에는 적용되지 않으나, 국가·지자체 등 공공 시행자의 개발사업지역 안 농지이고, 사업 또는 보상 지연 책임이 사업시행자에게 있는 부득이한 사유에 해당하면 3년 경과 후에도 감면대상 농지로 인정될 수 있는 것으로 판단됩니다.
근거
조세특례제한법 제69조, 시행령 제66조 제4항 제1호 및 같은 항 나목, 시행규칙 제27조 제5항은 주거지역 편입 후 3년 경과 농지의 감면 배제 원칙과 함께, 국가·지자체 등이 시행하는 개발사업지역에서 사업 또는 보상 지연 책임이 시행자에게 있는 경우에는 예외적으로 자경농지 감면 대상에서 제외하지 않는다고 규정하고 있으며, 국세청 부동산거래관리과-367 회신도 같은 취지로 유권해석하였습니다.
2. 국가나 지자체가 시행하는 개발사업에서 보상 지연으로 주거지역 편입 농지 양도가 늦어진 경우 자경농지 감면 요건은 어떻게 되나요?
답변
국가·지자체 등 공공기관이 사업시행자인 개발사업지역 안 농지라면, 개발사업으로 주거지역 등에 편입된 후 보상 지연 등으로 양도가 지연되었고 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 경우, 해당 농지는 조세특례제한법상 부득이한 사유에 해당하여 주거지역 편입 후 3년이 지나도 자경농지 양도소득세 감면 대상에서 배제되지 않을 수 있습니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호나목은 사업시행자가 국가·지자체 등인 개발사업지역에서 개발사업 시행으로 주거지역 등에 편입된 농지 중 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우 예외를 인정하고, 시행규칙 제27조 제5항은 이를 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 책임이 사업시행자에게 있는 경우라고 정의하고 있으며, 국세청 부동산거래관리과-367 유권해석은 이 규정을 근거로 감면 가능성을 인정하였습니다.
3. 내 농지가 개발사업지역 안 농지인지 어떻게 확인해야 자경농지 세액감면을 받을 수 있나요?
답변
자경농지 세액감면 예외를 적용받으려면 우선 해당 토지가 도시개발법 등 관련 법률에 따른 개발사업지역 안의 농지인지, 사업시행자가 국가·지자체 등 공공기관인지, 그리고 주거지역 편입과 양도 사이의 지연 사유가 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상 지연에 해당하는지를 확인하셔야 하며, 이는 개발사업 지정·고시 내용, 사업시행계획, 보상 진행 상황 등을 관할 지자체·사업시행자 등 관계기관을 통해 검토하시는 것이 필요합니다.
근거
국세청 부동산거래관리과-367 회신은 구체적으로 해당 농지가 개발사업지역 안의 농지에 해당하는지 등 사실관계는 관계기관에 문의하여 판단할 사항이라고 명시하였고, 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 및 시행규칙 제27조 제5항도 개발사업지역 범위·사업시행자·지연사유에 대한 사실판단을 전제로 예외 적용을 규정하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용시 사업시행자가 국가 또는 지방자치단체 등인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역 등에 편입된 농지로서 사업시행자의 사업 또는 보상 지연으로 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 경우에는 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 경우에도 감면대상 농지에 해당하는 것임

회신

1. ⁠「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하는 경우 양도일 현재 특별시·광역시(군 지역은 제외) 또는 시(읍·면지역은 제외)에 있는 농지 중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ⁠“주거지역 등”이라 한다)안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 원칙적으로 감면대상에 해당하지 않는 것입니다. 다만, 사업시행자가 국가 또는 지방자치단체 등인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역 등에 편입된 농지로서 사업시행자의 사업 또는 보상 지연으로 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 경우에는 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 경우에도 감면대상 농지에 해당하는 것입니다.
2. 귀 질의의 경우 해당 농지가 개발사업지역안의 농지에 해당하는 지 등에 대해서는 관계기관에 문의하여 판단하시기 바랍니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

    - ⁠‘84.02.04. 경기 용인 처인 마평소재 토지(답) 2필지 상속취득

    - ⁠‘12.02.13. 위 농지 양도

  ○ 질의내용

- 위 농지는 양도일 현재 주거지역으로 편입된 지 3년이 지난 농지로 인근일대에 도로개설이 지연되는 등 주택 등의 건축허가가 불가능한 상태였음

- 이 경우 조특법 시행령 제66조제4항제1호나목의 부득이한 사유에 해당하는 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

①∼③ 생략

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

(이하 생략)

〇 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위등】

①∼④ 생략

⑤ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제7항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

(이하 생략)

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

〇 서일46014-11051, 2003.08.07.

대규모 개발사업지역 안에 있는 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상금지연으로 인하여 토지소유자(양도자)의 귀책사유 없이 주거지역 등의 편입일로부터 3년이 지난 뒤에 소득세법상 양도시가가 도래하게 된 농지를 말하는 것임

○ 서일46014-10528, 2002.04.23.

주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역에 편입된 경우로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우에는, 자경농지 제한요건이 적용되지 아니하여 8년 자경농지에 대한 양도소득세의 면제를 적용받을 수 있는 것임.

○ 재일46014-1610, 1998.08.22.

조세감면규제법시행령 제54조 제1항(현행 조세특례제한법시행령 제66조 제1항) 제1호 각목의 1에 해당하는 대규모개발사업지역내의 농지가 동 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 경우로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우에는 같은령 같은조 제1항 제1호 본문의 규정에 의한 8년 자경농지 제한 요건이 적용되지 아니하여 동법 제55조 규정에 의한 8년 자경농지에 대한 양도소득세의 면제를 적용받을 수 있는 것이나, 사업시행이전에 도시계획법에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입되어 3년이 지난 농지는 8년 자경농지에 대한 양도소득세의 면제를 적용받을 수 없는 것임.

출처 : 국세청 2012. 07. 13. 부동산거래관리과-367 | 국세법령정보시스템