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도시철도시설개량사업 영세율 수정세금계산서 처리

부가가치세과-670  ·  2012. 06. 08.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 도시철도시설개량사업과 같이 영세율이 적용되는 위탁사업에 대해 사업계획에 따른 잠정금액으로 분기별 세금계산서를 발급한 뒤 다음 연도 정산 시 공급가액 증감 전액에 대한 수정세금계산서를 발급할 수 있는지, 이 과정에서 영세율첨부서류 제출 방법과 과세로 착오 발급한 세금계산서의 영세율 전환·경정청구 시 가산세 및 한 장의 세금계산서에 과세·영세 내역을 함께 기재해 수정하는 것이 가능한지 여부가 궁금합니다.

S요약

도시철도시설개량사업에 대해 사업계획에 따라 합의한 잠정 예상공급가액으로 먼저 세금계산서를 발급하고, 이후 공급가액이 확정될 때 증감전액에 대한 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것으로 보입니다. 영세율 거래를 과세로 착오 신고한 후 영세율로 수정하여 경정청구하는 경우 영세율 신고불성실 가산세는 적용되지 않으나, 영세율첨부서류 미제출에 따른 가산세는 부과될 수 있으며, 영세·과세가 혼재된 세금계산서는 한 장으로 수정 기재하여 경정청구가 가능한 것으로 판단됩니다.
#도시철도시설개량사업 #영세율 적용 #수정세금계산서 #잠정금액 세금계산서 #공급가액 정산 #영세율첨부서류
핵심 정리

R회신 내용 부가가치세과-670  ·  2012. 06. 08.

  • 국세청 부가가치세과-670 (2012.06.08.) 회신으로, 도시철도시설개량사업 관련 영세율 적용 및 수정세금계산서 발급·가산세 여부 등에 대해 다음과 같이 회신한 것으로 보입니다.
  • 첫째, 도시철도개량사업에 대해 사업계획에 따라 합의된 잠정 예상공급가액을 공급가액으로 하여 분기별 세금계산서를 발급한 후, 추후 해당 공급가액이 확정되는 때에 공급가액 증감 전액에 대해 수정세금계산서를 교부할 수 있는 것으로 보입니다.
  • 이 경우 영세율첨부서류는, 잠정금액으로 세금계산서를 발급할 때에는 잠정 시 예상공급가액에 해당하는 첨부서류를 제출하고, 확정금액으로 정산·수정할 때에는 확정공급가액에 해당하는 첨부서류를 별도로 제출한 후, 잠정금액과 확정금액 간 차이 내역을 소명해야 하는 것으로 판단됩니다.
  • 둘째, 영세율 적용대상인 도시철도시설개량사업을 착오로 과세거래로 처리하여 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부한 후, 해당 거래에 대해 영세율을 적용하는 수정세금계산서를 교부하고 경정청구를 하는 경우, 국세청은 이와 관련해 영세율 신고불성실 가산세는 적용되지 아니한다고 회신한 것으로 보입니다.
  • 다만 위와 같은 영세율 정정·경정청구와 별개로, 해당 영세율 거래에 대한 영세율첨부서류를 제출하지 않은 부분에 대해서는 관련 규정에 따라 영세율첨부서류 미제출 가산세를 적용하는 것으로 회신하고 있습니다.
  • 셋째, 당초 영세율 적용 대상분과 과세대상분을 한 장의 세금계산서에 합산하여 발행한 경우, 이를 정정하기 위해 경정청구를 할 때 반드시 두 장의 세금계산서로 분리해 수정세금계산서를 발급해야 하는 것은 아니고, 당초 한 장의 세금계산서에 수정할 내용을 함께 기재하는 방식으로도 경정청구를 할 수 있는 것으로 보입니다.
  • 따라서 도시철도시설개량사업과 같이 일부는 영세율, 일부는 과세 대상인 복합 거래의 경우에도, 정산·정정 시 과세분과 영세율분을 세부 내역으로 구분하여 한 장의 수정세금계산서에 동시에 기재하고 총합계를 기입한 후 경정청구를 진행하는 방식이 허용된 것으로 해석됩니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호: 도시철도시설개량사업 등 일정한 운수업 관련 용역에 대해 부가가치세 영세율을 적용하는 규정
  • 부가가치세법상 공급가액 확정·변경 규정: 거래대가가 사후 정산되는 경우 공급가액 변경분에 대해 수정세금계산서를 발급할 수 있도록 한 취지의 규정
  • 부가가치세법상 영세율 적용 요건 및 첨부서류 규정: 영세율을 적용받기 위해서는 영세율첨부서류를 기한 내 제출해야 하고, 미제출 시 관련 가산세가 부과될 수 있는 규정
  • 부가가치세법상 가산세 규정: 영세율 신고불성실, 첨부서류 미제출 등 신고·자료제출 의무 위반에 대해 가산세를 부과하는 규정
  • 부가가치세법상 수정세금계산서 규정: 당초 세금계산서 기재사항이 착오·정산 등 사유로 달라진 경우 수정세금계산서를 발급해 과세표준과 세액을 경정·조정하도록 한 규정
사례 Q&A
1. 도시철도시설개량사업 잠정금액 세금계산서 후 정산 시 수정세금계산서 발행이 가능한가요?
답변
국세청 부가가치세과-670 회신에 따르면 도시철도시설개량사업의 경우 사업계획에 따라 합의한 잠정 예상공급가액을 기준으로 먼저 세금계산서를 발행한 뒤, 이후 공급가액이 확정될 때 공급가액 증감 전액에 대해 수정세금계산서를 교부하는 것이 가능한 것으로 보입니다.
근거
회신 1항에서 도시철도개량사업에 대해 사업계획에 따른 잠정 예상공급가액을 공급가액으로 하고, 추후 공급가액이 확정되는 때에 공급가액증감전액에 대한 수정세금계산서 교부가 가능하다고 명시하고 있습니다.
2. 영세율 대상 거래를 과세로 잘못 신고한 후 영세율로 수정할 때 영세율 신고불성실 가산세가 나오나요?
답변
해당 유권해석에서는 영세율 대상 거래를 과세거래로 처리해 세금계산서를 발급·신고한 후 영세율 적용 수정세금계산서를 발급하고 경정청구를 하는 경우, 영세율 신고불성실 가산세는 적용되지 아니한다고 보았습니다. 다만 영세율첨부서류를 제출하지 않은 부분에 대해서는 별도의 가산세가 적용될 수 있습니다.
근거
회신 2항에서 영세율 적용대상 거래를 과세거래로 신고 후 영세율로 수정·경정청구하는 경우 영세율 신고불성실 가산세는 적용되지 아니한다고 하면서, 동시에 영세율첨부서류 미제출분에 대해서는 가산세를 적용한다고 명시하고 있습니다.
3. 영세율과 과세가 섞인 거래를 경정청구할 때 세금계산서를 두 장으로 나눠야 하나요?
답변
국세청 회신에 따르면 기존에 영세율 적용분과 과세분을 한 장의 세금계산서로 발행한 경우, 경정청구 시 반드시 두 장으로 나눌 필요는 없고 당초 한 장의 세금계산서에 수정할 내용을 함께 기재하여 경정청구를 할 수 있는 것으로 보입니다.
근거
회신 3항에서 귀 질의 (4)의 경우에 대해 "당초 한 장의 세금계산서에 수정할 내용을 함께 기재하여 경정청구를 할 수 있는 것"이라고 명시해, 한 장의 세금계산서 내에서 과세·영세 내역을 구분 기재하는 방식을 허용하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

도시철도개량사업에 대해 사업계획에 따라 합의에 의하여 잠정적으로 결정한 예상공급가액을 공급가액으로 하고 추후 당해 공급가액이 확정되는 때에 공급가액증감전액에 대하여 수정세금계산서를 교부할 수 있는 것임

회신

1. 귀 질의 ⁠(1), ⁠(2)의 경우 도시철도개량사업에 대해 사업계획에 따라 합의에 의하여 잠정적으로 결정한 예상공급가액을 공급가액으로 하고 추후 당해 공급가액이 확정되는 때에 공급가액증감전액에 대하여 수정세금계산서를 교부할 수 있는 것입니다. 이 경우 영세율첨부서류는 잠정 시 예상공급가액에 해당하는 첨부서류를, 확정 시 확정공급가액에 해당하는 첨부서류를 제출하고 그 차이를 소명해야 합니다.
2. 귀 질의 ⁠(3)의 경우 영세율 적용대상 거래를 과세거래로 하여 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고납부한 동 거래에 대하여 영세율을 적용하는 수정세금계산서를 교부하고 경정청구하는 경우에는 영세율 신고불성실 가산세는 적용되지 아니하는 것이나, 영세율첨부서류 미제출분에 대하여는 가산세를 적용하는 것입니다.
3. 귀 질의 ⁠(4)의 경우 당초 한 장의 세금계산서에 수정할 내용을 함께 기재하여 경정청구를 할 수 있는 것입니다.

[관련 참고자료]

1. 사실관계

 가.한국철도공사(이하 갑이라 함)는 한국철도시설공단(이하 을이라함)과 ⁠「일반철도 시설개량사업 위∙수탁계약」을 체결하고 관련 사업을 진행하고 있음

  (1)을은 순수일반철도시설개량사업(과세분)과 도시철도시설개량사업(영세율)으로 구분하여 사업계획을 과년도 12월까지 확정하며

  (2) 당해연도에 분기별로 위탁사업비를 지급하고 당해 사업연도 종료 후 3개월 이내에 당해 위탁사업비에 대해 정산을 하고 있음

  (3) 갑이 수행하는 시설개량사업은 2~3개월의 단기개량사업과 2~3년이 소요되는 장기개량사업도 있으며, 공사현장이 전국에 산재하여 있고 공사기간이 서로 상이하며 하도급 업체수가 수백여개에 이름

 나. 따라서 을은 갑에게 확정된 사업계획에 따라

  (1) 당해연도에 분기별 위탁사업비 지급 시 계획금액(잠정금액)에 근거한 세금계산서를 발급함

  (2) 사업연도 종료 후 계획금액(잠정금액)과 실제금액 간의 차이에 대하여 정산관련 수정세금계산서 발행이 필수적임

 다. 위 계약과 관련하여 추진중인 ⁠“도시철도시설개량사업”의 경우 ⁠「조세특례제한법」105조제1항제3호에 따라 영세율이 적용됨

  (1) 을은 영세율대상인 도시철도시설개량사업부분에 대해서 지금까지 부가가치세 과세되는 세금계산서를 발행하였으므로 이에 대해 다음과 같이 수정세금계산서를 발행하여 경정청구를 신청하고자 함

  (2) 당초 세금계산서 발행 내역 ⁠(예) ⁠(공급가액) 1,000,000 ⁠(세액) 100,000

  (3) 수정 세금계산서 발행할 내역 ⁠(예) ⁠(공급가액) 1,000,000 ⁠(세액) 70,000

     - 과세분 ⁠(공급가액) 700,000 ⁠(세액) 70,000

     - 영세율분 ⁠(공급가액) 300,000 ⁠(세액) 0

2. 질의내용

 (1) 위와 같이 분기별 사업계획에 따라 영세율이 적용되는 ⁠“도시철도시설개량사업”에 대해 잠정금액으로 세금계산서를 발행하고 다음년도에 정산 시 수정세금계산서를 발행하는 것이 가능한지,

 (2) 그리고 이 경우 영세율첨부서류는 어떻게 제출해야 하는지

 (3) 영세율적용대상 ⁠“도시철도시설개량사업”에 대해 당초 착오로 부가가치세가 과세되는 세금계산서를 교부한 경우, 경정청구 가능 여부 및 가산세 해당 여부

 (4) 기존에 영세율 적용 대상분과 과세대상분에 대하여 한 장의 세금계산서를 발행하였는데, 경정청구를 진행 할 경우 두 장의 세금계산서로 나누어서 수정세금계산서를 발행하는 것인지, 한 장의 세금계산서에 과세내역과 영세율내역을 작성하고 총합계를 기입하면 되는 것인지 여부

출처 : 국세청 2012. 06. 08. 부가가치세과-670 | 국세법령정보시스템