요지

출연받은 재산을 3년 이내 공익목적사업에 사용하는 것이 곤란한 경우를 인정하는 주무부장관은 공익사업을 허가하거나 감사·감독하는 행정관청을 말하는 것임

회신

상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제3항에 따라 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하는 것이 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 곤란한 경우에는 주무부장관(권한을 위임받은 자 포함)의 인정을 받아야하고,
이 때 주무부장관이란 공익사업을 허가하거나 감사·감독하는 행정관청을 말하는 것으로, 기존 해석사례(서면-2020-법인-5407, 2021.01.04., 재삼46014-1783, 1997.07.21.)를 참고하시기 바랍니다.

1. 사실관계

○ 00대학교 산학협력단(이하 ⁠‘질의법인’이라 함)는「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제25조*에 의하여 ’04.2.17.에 설립되었고, 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제8호에 따른 공익법인에 해당함

○ 질의법인은 정보보호 특성화대학 지원사업 수행기관으로 선정되어 사업을 수행하고 있고 기업체로부터 정부지원금 대비 20%의 대응투자금을 매년 기부받고 있으며, 자립화기금으로 적립하였다가 정부지원 종료 후 사용가능함

2.질의요지

○ 「상속세 및 증여세법 시행령」제38조 제3항 제1호에 따라 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 출연받은 날로부터 3년 이내 전부 사용하는 것이 곤란하여 주무부장관에 인정을 받으려는 경우

  - 주무부장관을 ①사업 시행 부서인 과학기술정통부 또는 ②설립을 허가하는 주무부장관 또는 ③관할 세무서장 중 어디로 보아야 하는지 질의함

3.관련법령

○상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인등의 범위】

법 제16조제1항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 ⁠“공익법인등”이라 한다)를 말한다.

 1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

 2. ⁠「초･중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 의한 학교, ⁠「유아교육법」에 따른 유치원을 설립･경영하는 사업

 3. ⁠「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

 4. ⁠「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업

 8. 「법인세법」 제24조제2항제1호에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업

 9. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 「소득세법 시행령」 제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

 10. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

○법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

①이 조에서 "기부금"이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다.

②내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금 중 제1호에 따른 특례기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 특례기부금: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기부금

라. 다음의 기관(병원은 제외한다)에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

6)「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

○상속세 및 증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터제4호까지,제6호및제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고,제5호및제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

○상속세 및 증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

③ 법 제48조제2항제1호 단서에서 "직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 출연 받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하는 것이 곤란한 경우를 말한다.

 1. 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우

 2.해당 공익목적사업 등의 인가ㆍ허가 등과 관련한 소송 등으로 사용이 곤란한 경우

○산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조【산학협력단의 설립ㆍ운영】

① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 "산학협력단"이라 한다)을 둘 수 있다

② 산학협력단은 법인으로 한다.

③ 산학협력단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

④ 산학협력단의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다.

○산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제27조【산학협력단의 회계처리 등】

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 회계처리와 재무제표 작성에 필요한 세부 사항은 교육부장관이 정하여 고시한다.

○산학협력단 회계처리규칙 제37조【감사】(교육부고시 제2021-5호)

② 교육부장관은 예산의 편성 및 집행에 대하여 관련 법령 위반 여부를 현장점검하고, 시정을 권고할 수 있다.

출처 : 국세청 2025. 07. 24. 서면-2025-법인-2462 | 국세법령정보시스템