요지

내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경우에는 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있는 것임

회신

내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경우에는 ⁠「법인세법」제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 2019년 ㈜AA의 주식을 개인주주로부터 100% 취득하여 완전모회사가 되었고,

- 2019년 완전자회사인 ㈜AA을 합병할 계획이며, 합병신주는 발행하지 않을 예정임

- 「법인세법 시행령」제80조의2 제3항에 따르면 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식등이 있는 경우에는 금전으로 교부한 것으로 보고 있음

2. 질의내용

○ 합병등기일 전 2년이내에 취득한 완전자회사와 합병하는 경우 ⁠「법인세법」제44조 제3항에 따른 적격합병 해당 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제80조【합병에 따른 양도손익의 계산】

① 법 제44조제1항제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 적격합병의 경우: 법 제44조제1항제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. 제1호 외의 경우: 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 "합병교부주식등"이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병교부주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병교부주식등을 포함한다. 이하 "합병포합(抱合)주식등"이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다.

나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와 「지방세법」 제88조제2항에 따른 법인지방소득세의 합계액

② 법 제44조제1항제2호에 따른 피합병법인의 순자산장부가액을 계산할 때 ⁠「국세기본법」에 따라 환급되는 법인세액이 있는 경우에는 이에 상당하는 금액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액에 더한다.

③ 제1항제1호를 적용받으려는 피합병법인은 법 제60조에 따른 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 기획재정부령으로 정하는 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 합병법인은 제80조의4제11항에 따른 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

① ⁠(생 략)

② 법 제44조제2항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제6조제4항제14호에 따른 기업인수목적회사로서 같은 호 각 목의 요건을 모두 갖춘 법인을 말한다.

③ 법 제44조제2항제2호에 따른 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총합계액은 제80조제1항제2호가목에 따른 금액으로 하고, 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 법 제44조제2항제2호의 비율 이상인지를 판정할 때 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 본다. 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 다른 피합병법인의 주식등을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음 각 호를 적용하여 계산한 금액을 금전으로 교부한 것으로 한다.

1. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등이 아닌 경우: 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등이 피합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 합병포합주식 등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조제1항제2호가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액

2. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등인 경우: 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조제1항제2호가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액

④ ∼ ⑧ ⁠(생 략)

4. 관련예규 등

○ 서면-2018-법인-0772, 2018.08.02.

내국법인(합병법인)이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인(피합병법인)을 합병하면서「법인세법」제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 합병법인에게「법인세법」제44조의2 제2항 및 제3항의 규정이 적용되지 않는 것이며, 또한 합병법인은「법인세법」제44조의3 제5항에 따라 적격합병 과세특례에 대한 사후관리 규정도 적용받지 아니하는 것입니다.

○ 법인세과-1611, 2015.01.30.

「법인세법 시행령」 제80조제1항제2호가목에 따른 ⁠‘합병포합주식’이란 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병교부주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병교부주식등을 포함)을 말하는 것입니다.

출처 : 국세청 2020. 06. 08. 서면-2019-법인-2286[법인세과-1941] | 국세법령정보시스템