요지

합병으로 소멸된 법인(A사)의 최대주주가 합병 전에 합병을 반대하는 합병법인(B사)의 대표이사 등에게 위로금 성격의 대가를 지급한 후, 합병으로 취득한 합병법인(B사)의 주식을 양도할 경우 그 대가는 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제하는 필요경비에 해당하지 않는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 흡수합병으로 소멸된 법인(A사)의 최대주주가 합병 전에 합병을 반대하는 합병법인(B사)의 대표이사 등에게 위로금 성격의 대가(이하“쟁점비용”)를 지급한 후, 합병으로 취득한 합병법인(B사)의 주식을 양도할 경우 쟁점비용은 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제하는 필요경비에 해당하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○ 2010.5월 A법인 최대주주인 甲은 합병을 반대하면서 합병결의 이사회 개최를 거부하는 B법인의 대표이사 乙에게 퇴직위로금 성격으로 ○○백만원, 현지법인 임원 丙에게 합병용역 수행대가로 ○○백만원을 지급

    * B법인은 코스닥 상장법인으로 A법인은 합병을 통해 우회상장을 추진함

 ○ 2010.8월 A법인(소멸)과 B법인(존속) 합병등기로 최대주주인 甲은 피합병법인의 주식 대신 합병법인의 신주를 취득함

 ○ 甲은 합병으로 취득한 합병법인 주식을 양도할 경우 합병전에 합병법인의 임원 등에게 지급한 용역비 등 ○○○백만원을 필요경비로 공제할 수 있는지 여부를 질의함

2. 질의요지

○피합병법인의 최대주주가 합병 추진과정에서 합병을 반대하는 합병법인의 임원 등에게 별도로 지급한 대가를 합병 후 신주로 교부받은 합병법인의 주식 양도 시 필요경비로 공제할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○ 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】

 ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

  1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

   가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

   나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

  2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

  3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】

 ① 법 제97조제1항제1호가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

  1. 제89조제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 ⁠「부가가치세법」제10조제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

  2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

  3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

  4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(「법인세법」 제16조제1항제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

  5. 제1호를 적용할 때 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인으로부터 분할 또는 분할합병으로 인하여 취득하는 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 분할 또는 분할합병 당시의 해당 주주가 보유하던 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주식을 취득하는 데 소요된 총금액(「법인세법」 제16조제1항제6호의 금액은 더하고 같은 호의 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 분할로 인하여 취득하는 주식 수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

 ③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

  1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

  2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

  2의2. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

  3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

  3의2. ⁠「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

  3의3. ⁠「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

  4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

 ⑤ 법 제97조제1항제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

  1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

   가. ⁠「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

   나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

   다. 공증비용, 인지대 및 소개비

   라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용

   마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

○ 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액등】

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

 2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

 3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

○ 소득세법 시행령 제67조 【즉시상각의제】

② 제1항에서 "자본적 지출"이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.

 1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

 2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

 3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

 4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

 5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

○ 소득세법 시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산등】

 ① 영 제163조제3항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

  1. ⁠「하천법」ㆍ「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

  2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

  3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

  4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

  5. 사방사업에 소요된 비용

  6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

○ 법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】

① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다.

  5. 피합병법인의 주주등인 내국법인이 취득하는 합병대가가 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

출처 : 국세청 2023. 12. 08. 서면-2022-법규재산-3916[법규과-3058] | 국세법령정보시스템