요지

서로 다른 내국법인이 각각 적격물적분할하여 설립된 분할신설법인 간에 합병을 하는 경우 1년 이상 사업을 계속하였는지는 합병등기일 현재로 판단하는 것이며, 이 경우 1년 이상 사업을 계속하였는지는 분할법인의 분할 전 사업영위기간을 포함하여 계산하는 것임

회신

서로 다른 내국법인이 각각 적격물적분할하여 설립된 분할신설법인 간에 합병을 하는 경우「법인세법」제44조 제2항 제1호에 따른 1년 이상 사업을 계속하였는지는 합병등기일 현재로 판단하는 것이며, 이 경우 1년 이상 사업을 계속하였는지는 분할법인의 분할 전 사업영위기간을 포함하여 계산하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인의 설립 연혁은 아래와 같음

- 2018년00월 ㈜AA(㈜BB의 온라인 00사업부에서 물적분할)과 ㈜CC(㈜DD의 온라인 00사업부에서 물적분할)이 각각 적격물적분할 되었고,

- ㈜BB와 ㈜DD는 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 대하여 분할등기일 속하는 사업연도에 압충기장충당금을 설정하여 손금산입함

- 2019년00월 ㈜AA(합병법인)이 ㈜CC(피합병법인)을 적격합병하고 상호를 현재의 질의법인명으로 변경하였으며, 2020년 중 유상증자 예정

2. 질의내용

○ 분할신설법인 간에 합병 후 합병법인의 유상증자로 인하여 당초 분할법인이 합병법인(분할신설법인)의 주식을 50%미만으로 보유하게 되어 과세특례(양도차익의 압축기장충당금 설정 및 손금산입)가 중단(익금산입)된 경우

- 합병법인의 적격합병 요건 중 ⁠‘합병등기일 현재 1년(분할법인의 분할 전 사업영위기간을 포함) 이상 사업을 계속하던 내국법인간의 합병’ 요건의 위배 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제46조【분할 시 분할법인등에 대한 과세】

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 "적격분할"이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식인 경우(분할합병의 경우에는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할신설법인등의 주식인 경우 또는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할합병의 상대방 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인의 주식인 경우를 말한다)로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 분할신설법인등이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

○ 법인세법 제47조【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】

① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조 제2항 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

② 분할법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 사업연도에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다. 다만, 분할신설법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

2. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우. 이 경우 분할신설법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 분할법인에 알려야 한다.

③ 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 분할법인은 분할등기일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 분할법인이 분할신설법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우

3. 각 사업연도 종료일 현재 분할신설법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 근로자 수의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

④ 분할법인은 제1항에 따라 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 경우 분할법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할신설법인에 승계한다.

⑤ 제4항에 따라 분할신설법인이 승계한 분할법인의 감면·세액공제는 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

⑥ 제1항을 적용받으려는 분할법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 양도차익의 계산, 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다.

나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우

라. 해당 주주등이 「조세특례제한법」 제38조·제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 현물출자 또는 교환·이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

마. 해당 주주등이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

바. 해당 주주등이 「조세특례제한법 시행령」 제34조 제6항 제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우

사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

2. 법 제44조 제2항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우

나. 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우

다. 합병법인이 「조세특례제한법 시행령」 제34조 제6항 제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우

라. 합병법인이「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

3. 법 제44조 제2항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 합병법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제193조에 따른 회생계획을 이행 중인 경우

나. 합병법인이 파산함에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우

다. 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우

라. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자가 5명 미만인 경우

② ∼ ⑧ ⁠(생략)

○ 법인세법 시행령 제84조【물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】

① 법 제47조제1항에 따라 분할법인이 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인으로부터 취득한 주식등(이하 이 조에서 "분할신설법인주식등"이라 한다)의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로 한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인주식등의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

③ 법 제47조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1호와 제2호를 더한 비율에서 제1호와 제2호를 곱한 비율을 뺀 비율을 직전 사업연도 종료일(분할등기일이 속하는 사업연도의 경우에는 분할등기일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 현재 분할신설법인주식등의 압축기장충당금 잔액에 곱한 금액을 말한다.

1. 분할법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조 제1항에 따라 취득한 분할신설법인의 주식등의 장부가액에서 해당 사업연도에 같은 조 제2항제1호에 따라 처분한 분할신설법인의 주식등의 장부가액이 차지하는 비율

2. 분할신설법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조 제1항에 따라 분할법인으로부터 승계받은 제4항에 해당하는 자산(이하 이 조에서 "승계자산"이라 한다)의 양도차익(분할등기일 현재의 승계자산의 시가에서 분할등기일 전날 분할법인이 보유한 승계자산의 장부가액을 차감한 금액을 말한다)에서 해당 사업연도에 처분한 승계자산의 양도차익이 차지하는 비율

④ ∼ ⑮ ⁠(생략)

4. 관련예규 등

○ 법인세법 기본통칙 44-0…1 【 합병 시 과세특례요건 】

① 법 제44조 제2항 제2호의 요건을 적용함에 있어서 ¨합병대가의 총합계액¨에 포함된 주식 등의 가액은 시가에 의한다.

② 분할신설법인이 다른 법인과 합병하는 경우 법 제44조 제2항 제1호에 따른 사업영위기간은 분할법인의 분할 전 사업기간을 포함하여 계산한다.

○ 법인세과-699, 2011.9.23.

분할신설법인이 다른 법인과 합병하는 경우「법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)」제44조 제2항 제1호에 따른 1년 이상 계속하여 사업을 영위하였는지 여부는 분할법인의 분할 전 사업영위기간을 포함하여 계산하는 것임(법규과-1244, 2011.9.21.)

○ 서이46012-10117, ⁠(2003.1.17.

귀 질의의 경우 우리센타의 기존 질의회신【서이46012-11090, 2002.5.24】을 붙임과 같이 보내드리니 이를 참고하시기 바랍니다.

 ※ 서이46012-11090, 2002.05.24.

 귀 질의의 경우 내국법인이 법인세법 제46조 제1항 제1호의 규정에 의한 ⁠‘분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위하였는지의 여부’를 판단함에 있어 분할합병으로 인하여 승계받은 사업부문만을 분리하여 다시 분할하는 경우 그 사업영위기간은 분할합병전 분할법인의 사업기간을 포함하여 계산하는 것이나, 기타의 사업부문 등을 분할하는 경우에는 그러하지 아니하는 것임.

○ 법인46012-283, 2002.5.14.

법인세법 제47조제1항의 요건을 갖춘 물적분할에 의하여 신설된 분할신설법인이 다른 법인과 합병하는 경우 같은법 제44조 제1항 제1호의 규정에 의한 ⁠“1년이상 계속하여 사업을 영위하였는 지 여부”를 판단함에 있어서 사업영위기간은 분할전 분할법인의 사업기간을 포함하여 계산하는 것입니다.

출처 : 국세청 2020. 03. 23. 서면-2019-법인-3687[법인세과-932] | 국세법령정보시스템