요지

1세대가 종전주택, 조합원입주권*, 농어촌주택을 순차 취득한 상태에서 종전주택을 양도하는 경우 당해 농어촌주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것이며, 소득령§156의2④ 요건을 갖추어 종전주택을 양도하는 경우 같은 영 §154①을 적용함
*대통령령 제32420호로 개정된 소득령§156의2④ 시행일(’22.2.15.) 이전 취득

회신

귀 질의의 경우, 1세대가 종전주택, 조합원입주권,「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택을 순차적으로 취득한 상태에서 종전주택을 양도하는 경우 당해 농어촌주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것이며, 이 때「소득세법 시행령」제156조의2제4항의 요건을 갖추어 종전주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다.
이 경우 ’22.2.15. 대통령령 제32420호로 개정된「소득세법 시행령」제156조의2제4항의 시행일(’22.2.15.) 전에 조합원입주권을 취득한 경우에는 해당 규정에 따른 '종전의 주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후에 조합원입주권을 취득하는 요건'을 적용하지 않는 것입니다.

1.사실관계

2.질의내용

- 종전주택, 조합원입주권(승계취득) 및 조특법§99의4에 따른 농어촌 주택을 소유한 1세대가 소득령§156의2④ 요건을 갖추어 종전주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 ② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만,「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

○소득세법 시행령 제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】(2018.02.13.-28637호로 개정된 것)

 ④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

  1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것

  2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

○소득세법 시행령 제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】(2022.02.15.-32420호로 개정된 것]

 ④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전주택"이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 같은 항 제2호가목 및 같은 항 제3호에 해당하는 경우에는 종전주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 않는다.

  1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것

  2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

○ 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

   가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

     1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

     2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역. 다만, 「국가균형발전 특별법」 제2조제9호에 따른 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

     3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

     4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역

     5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

   나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

4. 관련 사례

○ 사전-2021-법령해석재산-0072, 2021.02.23.

 1. 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이,1세대가 A주택(종전주택), B주택(「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택), C주택(신규주택)을 순차적으로 취득하여 3주택이 된 상태에서 A주택을 양도하는 경우 해당 1세대가 3년 이상 보유한 B주택은 ⁠「조세특례제한법」제99조의4제1항에 따라 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것이며

 2. 아울러 A주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 2019.12.16.이전에 조정대상지역에 있는 C주택을 취득한 경우로서, A주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 C주택을 취득하고 C주택을 취득한 날부터 2년 이내에 A주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것입니다.

○ 재산세과-1803, 2008.07.21.

 1. 1주택(A주택)을 소유한 1세대가「조세특례제한법」 제99조의 4의 요건을 갖춘 농어촌주택을 취득한 후 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의한 조합원입주권을 승계 취득한 상태에서 당해 조합원입주권을 취득한 날부터 1년이내에 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(A주택)을 양도하는 경우 당해 농어촌주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 ⁠「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정을 적용하는 것입니다.

 2. 이 경우 상기 1.의 1세대1주택 비과세 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 「조세특례제한법시행령」 제99조의4 제6항의 규정에 의하여 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고시 양도소득세로 납부하여야 합니다.

○ 서면-2022-부동산-4530, 2023.01.19.

 종전주택을 소유한 1세대가「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택과 분양권(’21.1.1.이후 취득)을 취득한 후 「소득세법 시행령」제156조의3 요건을 갖추어 종전주택을 양도하는 경우 1세대 1주택으로 보아 같은 영 제154조제1항이 적용되는 것입니다.

출처 : 국세청 2023. 06. 22. 서면-2021-부동산-0207[부동산납세과-1622] | 국세법령정보시스템