요지

○ 조특법§97의2 감면 특례 대상 민특법상 매입임대주택
- 1999.8.20. ~ 2001.12.31. 매매계약하고 계약금을 지급하여야 함
○ 조특법§98과 조특법§97의4 중복 적용 여부
- 조특법§127⑦에 의해 중복 적용 불가

답변내용

○ ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」에 의한 매입임대주택 중 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하지 않은 주택은「조세특례제한법」제97조의2 에 따른 양도소득세 감면특례 대상에 해당하지 아니합니다.
○ 또한, 거주자가 양도하는 주택이 ⁠「조세특례제한법」 제97조의4 및 제98조 규정을 동시에 적용받는 경우에는 같은 법 제127조 제7항 본문에 따라 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하는 것입니다. 끝.

1. 사실관계

○’98.5월 대구시 달성군 소재 LH공사 신축 A, B 주택 취득 계약 체결 및 계약금 지급

* 각 주택 전용면적 각 59㎡, 49㎡로 국민주택 규모에 해당하며, 질의자가 최초 취득하여 취득하기 전 다른 사람이 입주한 사실이 없다고 전제함

-‘00.4월 A, B주택 입주일 및 잔금일

-‘00.5월 임대개시하여 양도 시까지 계속 임대

   * ’00.2월 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자 등록; ’00.3월 소득법에 따른 사업자등록 ; 각 주택은 「소득세법 시행령」제167조의3제1항제2호가목의 요건을 충족한 것으로 전제함

○‘03년 거주주택 C 취득

○ ⁠‘21.6월 A주택 양도

○’21.9월 B주택 양도

※ A, B주택은 ⁠「조세특례제한법」제98조 특례요건 및 같은 법 제97조의4 특례요건을 충족한 것으로 전제함

2. 신청내용

○(질의1) ’98.5월 취득 계약 체결 및 계약금을 지급한 신축주택을「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 매입임대주택으로 임대한 경우 ⁠「조세특례제한법」제97조의2 적용여부

○(질의2)「조세특례제한법」제98조 특례와 ⁠「조세특례제한법」제97조의4 중복 적용여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법법 제97조의2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】

 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 이 조에서 "신축임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 ⁠「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택

 가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택

 나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 ⁠「공공주택 특별법」에 따른 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우만 해당한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다)

 가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택

 나. 제1호나목에 해당하는 주택

 ② 신축임대주택에 관하여는 제97조제2항부터 제4항까지의 규정을 준용한다.

○ 조세특례제한법법 시행령 제97조의2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】

 ① 법 제97조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의2제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다.

 ② 신축임대주택의 주택임대사항의 신고ㆍ세액감면의 신청ㆍ임대기간의 계산등에 관하여는 제97조제2항 내지 제6항의 규정을 준용한다. 다만, 제97조제4항의 규정을 준용함에 있어서 법 제97조의2제1항제2호의 규정에 의한 매입임대주택의 경우에는 제97조제4항 각호에 규정된 서류외에 매매계약서 사본과 계약금 지급일을 입증할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법법 제97조의4 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택, 「공공주택 특별법」 제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○조세특례제한법법 시행령 제97조의4 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 법 제97조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 ⁠「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 따른 장기임대주택(「소득세법」 제1조의2제1항제2호에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 말한다.

 ② 법 제97조의4제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나, ⁠「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정되어 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

 ③ 법 제97조의4제2항에 따라 과세특례의 적용신청을 하려는 자는 해당 장기임대주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항, 제4항 및 제6항을 준용한다.

○ 조세특례제한법법 제98조 【미분양주택에 대한 과세특례】

 ① 거주자가 대통령령으로 정하는 미분양 국민주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 1995년 11월 1일부터 1997년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1997년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 5년 이상 보유ㆍ임대한 후에 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

 1. 「소득세법」 제92조 및 제93조에 따라 양도소득의 과세표준과 세액을 계산하여 양도소득세를 납부하는 방법. 이 경우 양도소득세의 세율은 같은 법 제104조제1항에도 불구하고 100분의 20으로 한다.

 2. 「소득세법」 제14조 및 제15조에 따라 종합소득의 과세표준과 세액을 계산하여 종합소득세를 납부하는 방법. 이 경우 해당 주택을 양도함으로써 발생하는 소득금액의 계산에 관하여는 「소득세법」 제19조제2항을 준용한다.

 ② 제1항을 적용할 때 「소득세법」 제89조제1항제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택의 판정, 과세특례 적용의 신청 등 미분양주택에 대한 과세특례에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ③ 거주자가 대통령령으로 정하는 미분양 국민주택을 1998년 3월 1일부터 1998년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1998년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 5년 이상 보유ㆍ임대한 후에 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항을 준용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제98조 【미분양주택에 대한 과세특례】

 ① 법 제98조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 미분양 국민주택"이란 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 국민주택규모이하의 주택으로서 서울특별시외의 지역에 소재하는 것을 말한다.

  1. ⁠「주택법」에 의하여 사업계획승인을 얻어 건설하는 주택(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조에 따른 민간임대주택과 ⁠「공공주택 특별법」제2조제1호가목에 따른 공공임대주택을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로서 당해 주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수 또는 구청장이 1995년 10월 31일 현재 미분양주택임을 확인한 주택

  2. 주택건설사업자로부터 최초로 분양받은 주택으로서 당해 주택이 완공된 후 다른 자가 입주한 사실이 없는 주택

 ② 1995년 11월 1일부터 1997년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1997년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 제1항 각 호의 미분양주택 외의 다른 주택을 소유하고 있는 거주자가 다른 주택을 양도할 경우에는 해당 미분양주택 외의 다른 주택만을 기준으로 하여 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

 ③ 법 제98조제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산에 관하여는 「소득세법」 제95조제4항의 규정을 준용한다.

 ④ 법 제98조제1항의 규정에 의하여 과세특례적용의 신청을 하고자 하는 자는 당해 주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고(동조 동항제1호의 방법을 선택한 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 미분양주택과세특례적용신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

  1. 시장ㆍ군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택확인서 사본

  2. 미분양주택 취득시 매매계약서 사본(1998년 1월 1일이후 취득등기하는 분에 한한다)

 ⑤ 법 제98조제3항에서 "대통령령으로 정하는 미분양 국민주택"이란 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 국민주택규모이하의 주택으로서 서울특별시외의 지역에 소재하는 것을 말한다.

 1. ⁠「주택법」에 의하여 사업계획승인을 얻어 건설하는 주택으로서 당해 주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 1998년 2월 28일 현재 미분양주택임을 확인한 주택

 2. 주택건설사업자로부터 최초로 분양받은 주택으로서 당해 주택이 완공된 후 다른 자가 입주한 사실이 없는 주택

 ⑥ 1998년 3월 1일부터 1998년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1998년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 제5항 각 호의 미분양주택 외의 다른 주택을 소유하고 있는 거주자가 다른 주택을 양도할 경우에는 해당 미분양주택 외의 다른 주택만을 기준으로 하여 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

 ⑦ 법 제98조제3항의 규정에 의한 과세특례적용의 신청 및 미분양주택의 보유기간의 계산에 관하여는 제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

○소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

 ① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

  2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

   가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

○조세특례제한법제127조 【중복지원의 배제】

 ⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.

○민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

○ 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

 6. "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

출처 : 국세청 2022. 02. 17. 사전-2021-법규재산-1268[법규과-602] | 국세법령정보시스템