요지

농업인이 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 직접 축산에 사용(「조세특례제한법 시행령」 제66조의2제2항 각 호에 해당하는 경우를 말한다)한 농지등에 대해서는 ⁠「조세특례제한법」 제70조의2가 적용되지 않는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청의 경우 기획재정부의 해석(기획재정부 재산세제과-248, 2023.02.15.)을 참고하시기 바랍니다. 끝.

○ 기획재정부 재산세제과-248, 2023.02.15.
농업인이 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 직접 축산에 사용(「조세특례제한법 시행령」 제66조의2제2항 각 호에 해당하는 경우를 말한다.)한 농지등에 대해서는 ⁠「조세특례제한법」 제70조의2가 적용되지 않는 것입니다

1. 사실관계

 ○ ’11.11.01. 00군 00면 소재 농지(지목 : 답) 4필지 5,703㎡(이하 ⁠“쟁점농지”) 취득

 ○ ’11.12.28. 쟁점농지 위에 축사(오리사육장) 3,427㎡를 신축하여 축산 경영(오리사육) 개시, 지자체에 축산업 등록, 이후 계속하여 농지소재지에 거주하면서 축산업에 종사

 ○ ’14.06.23. 축산업 경영이 어려워 경영회생 지원을 위하여 쟁점농지 및 축사를 한국농어촌공사에 환매를 조건으로 양도하고 양도소득세 신고^*

    * 양도차손(취득가액 > 양도가액) 발생에 따른 납부세액 없음

 ○ ’14.06.23. 한국농어촌공사에 양도한 이후 쟁점농지 임대차계약을 체결하고 계속하여 축산업 경영

 ○ ’22.05.03. 임차기간 내 쟁점농지 및 축사를 환매, 취득

 ○ ’22.08.18. 더 이상 축산업을 하지 않을 목적으로 제3자에게 쟁점농지 및 축사를 양도

2. 질의요지

○ ⁠(질의1) 농업인이 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따라 직접 축산에 사용하는 농지 및 농업용시설(이하 ⁠“농지등”)을 농어촌공사에 양도한 후 임차기간 내 환매한 경우로서 해당 농지등을 제3자에게 다시 양도하는 경우 조특법§70의2②에 따른 취득가액․취득시기 특례 적용 여부

○ ⁠(질의2) 질의1이 특례 적용 가능하다면, 농지관리기금법에 따른 임차기간 내에 축산한 기간은 해당 농업인이 직접 농지등을 축산에 사용한 것으로 보아 조특령§66의2【축사용지에 대한 양도소득세의 감면】를 적용할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

 ○ 조세특례제한법 제70조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 「농지법」 제2조에 따른 농업인(이하 이 조에서 "농업인"이라 한다)이 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 직접 경작한 농지 및 그 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 후 같은 법 제24조의3제3항에 따라 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지등을 같은 법 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 환매한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 농지등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다.

 ② 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 해당 농지등을 다시 양도하는 경우 그 농지등에 대한 양도소득세액은 「소득세법」 제95조제4항, 제97조제1항제1호, 제98조 및 제104조제2항에도 불구하고 다음 각 호의 취득가액 및 취득시기를 적용하여 계산한다.

  1. 취득가액: 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지등 취득 당시의 취득가액

  2. 취득시기: 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지등의 취득일

 ③ 제1항에 따라 환급받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항 및 제2항을 적용할 때 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면의 적용방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제67조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 법 제70조의2제3항에 따라 환급을 받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

  1. 농지등을 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 매매계약서 사본

  2. 해당 농지등을 한국농어촌공사로부터 환매한 환매계약서 사본

 ② 제1항에 따라 환급신청서를 제출받은 납세지 관할 세무서장이 환급을 하는 경우에 관하여는 「국세기본법」 제51조를 준용한다. 이 경우 같은 법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

 ③ 법 제70조의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 직접 농지등을 경작한 것으로 보아 제66조를 적용한다.

 ④ 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령」 제19조의6제2항에 따라 농지등의 일부에 대하여 환매를 신청한 경우 제2항에 따른 환급세액은 환매한 농지등에 대하여 납부한 양도소득세에 상당하는 금액으로 한다.

 ○ 조세특례제한법 제69조의2 【축사용지에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 축산에 사용하는 축사와 이에 딸린 토지(이하 이 조 및 제71조에서 "축사용지"라 한다) 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 축산에 사용한 대통령령으로 정하는 축사용지를 폐업을 위하여 2022년 12월 31일까지 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 해당 축사용지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대하여만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제66조의2 【축사용지에 대한 양도소득세의 감면】

 ② 법 제69조의2제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 축산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. 거주자가 그 소유 축사용지에서 「축산법」 제2조제1호에 따른 가축의 사육에 상시 종사하는 것

  2. 거주자가 그 소유 축사용지에서 축산작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 수행하는 것.

 ③ 법 제69조의2제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 축사용지"란 해당 토지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 직접 축산에 사용한 축사용지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

  1. ~2. ⁠(생략)

 ④ 제3항을 적용할 때에는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 축사용지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 축사용지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 해당 축사용지가 축사용지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 축산을 하지 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 축사용지를 기준으로 한다.

 ⑬ 제3항에 따른 축산에 사용한 기간의 계산에 관하여는 제66조제14항을 준용한다.

 ○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

 ⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

  2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

 ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

  1. 「소득세법」 제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

  2. 「소득세법」 제24조제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조제5항제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

 ○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제2조 【정의】

 3. "농지"란 「농지법」 제2조제1호에 따른 농지를 말한다.

 4. "농업인"이란 「농지법」 제2조제2호에 따른 농업인을 말한다.

 ○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의3 【경영회생 지원을 위한 농지 매입 등】

 ① 공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

 ② 공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

 ③ 제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하여 그 농지등의 환매(還買)를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격ㆍ환매가격 및 지급방법, 임대기간ㆍ임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의4 【경영회생 지원을 위한 농지의 매입 등】

 ① 법 제24조의3제1항에 따라 자기 소유의 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 "농지등"이라 한다)을 공사에 매도하고 이를 임차하려는 농업인 또는 농업법인은 공사에 농지등의 매도 및 임차를 신청하여야 한다.

 ② 공사는 제1항에 따른 신청을 받은 경우에는 해당 농업인 또는 농업법인에 대하여 경영위기의 정도, 경영회생 가능성 및 경영능력 등 농림축산식품부령으로 정하는 평가기준에 적합한지를 종합적으로 검토한 후, 적합한 경우에는 신청 대상 농지등을 매입할 수 있다.

 ③ 공사가 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매입하는 경우 그 매입가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

  1. 농지: ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 평가한 금액

  2. 농지에 딸린 농업용시설: ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 임대기간 만료 시점을 기준으로 평가한 금액

 ○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의6 【농지등의 환매】

 ① 법 제24조의3제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매(還買)를 요구하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

 ② 환매권자가 제1항에 따라 환매신청을 하는 경우에는 매도한 농지등의 전부에 대하여 환매를 신청하여야 한다. 다만, 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 있는 농지등은 제외하고 환매를 신청할 수 있다.

 ○ 농지법 제2조 【정의】

 1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 대통령령으로 정하는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, ⁠「초지법」에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.

  나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지

  2. "농업인"이란 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말한다.

  5. "자경(自耕)"이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업(農作業)의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.

 ○ 농지법 시행령 제2조 【농지의 범위】

 ③ 법 제2조제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시설을 말한다.

  2. 법 제2조제1호가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 농작물 경작지 또는 제1항 각 호의 다년생식물의 재배지에 설치한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설

   가. 고정식온실ㆍ버섯재배사 및 비닐하우스와 농림축산식품부령으로 정하는 그 부속시설

   나. 축사ㆍ곤충사육사와 농림축산식품부령으로 정하는 그 부속시설

   다. 간이퇴비장

   라. 농막ㆍ간이저온저장고 및 간이액비저장조 중 농림축산식품부령으로 정하는 시설

 ○ 농지법 시행령 제3조 【농업인의 범위】

법 제2조제2호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  1. 1천제곱미터 이상의 농지에서 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자

  2. 농지에 330제곱미터 이상의 고정식온실ㆍ버섯재배사ㆍ비닐하우스, 그 밖의 농림축산식품부령으로 정하는 농업생산에 필요한 시설을 설치하여 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하는 자

  3. 대가축 2두, 중가축 10두, 소가축 100두, 가금(家禽: 집에서 기르는 날짐승) 1천수 또는 꿀벌 10군 이상을 사육하거나 1년 중 120일 이상 축산업에 종사하는 자

  4. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 자

출처 : 국세청 2023. 02. 16. 사전-2022-법규재산-0871[법규과-422] | 국세법령정보시스템