요지

부과제척기간이 만료된 사업연도의 세액공제액이 확인된 경우로서 이월된 공제세액은 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후의 사업연도에 공제 받을 수 있는 것임

회신

내국법인이 당초 사업연도에 신고 누락한 ⁠「조세특례제한법」 제24조 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제액을 부과제척기간 경과 후 확인한 경우로서, 당초 사업연도에 동 세액공제액을 신고하였다고 하더라도 납부할 세액이 없거나 같은 법 제132조에 따른 최저한세 적용 등으로 인해 이월되는 경우, 그 이월된 세액공제액은 같은 법 제144조 ⁠‘세액공제액의 이월공제’ 규정에 따라 부과제척기간이 만료되지 아니한 사업연도에 공제할 수 있는 것입니다.

 ○ 자문대상법인은 2012 사업연도 법인세 신고시 화력발전소 시설 투자와 관련한「조세특례제한법」제24조의 세액공제(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제) 신청을 누락하였다는 사유로,

  - 2012 사업연도에 발생한 세액공제액 전액을 2015 사업연도로 이월하여 공제해 줄 것^*을 경정청구하였음(2012 사업연도는 부과제척기간 만료로 세액공제를 받을 수 없으므로 미공제세액 전액을 이월하여야 한다는 의견임)

   * 2013, 2014 사업연도는 최저한세 적용으로 공제가능세액 없음

  - 한편 자문신청관서는 2012 사업연도에 발생한 세액공제액전액이 아니라 그 중 2012 사업연도의 공제가능세액을 제외한 금액을 2015 사업연도로 이월하여 공제하여야 한다는 의견임

  ※ 본 건에서는 제척기간이 만료된 2012사업연도에 세액공제액이 확인된 경우로서 이월된 공제세액을 부과제척기간이 만료되지 않은 2015사업연도에 공제 받을 수 있는지 여부에 대해서만 검토함

2. 질의내용

 ○ 부과제척기간이 만료된 사업연도에서 발생한 세액공제액이 이월된 경우, 부과제척기간이 경과하지 않은 그 이후 사업연도에 이월공제 받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】

 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

 3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

○ 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것)제24조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 공정(공정) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

 2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

 3. 삭제

 4. 삭제

 5. 삭제

 6. 자재조달ㆍ생산계획ㆍ재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "공급망관리 시스템설비"라 한다)

 7. 고객자료의 통합ㆍ분석, 마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "고객관계관리 시스템설비"라 한다)

 8. 구매ㆍ주문관리ㆍ수송ㆍ생산ㆍ창고운영ㆍ재고관리ㆍ유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비

 9. 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템

 ② 중소기업이 생산성 향상을 위하여 타인이 보유한 제1항제6호 및 제7호에 해당하는 설비를 2014년 12월 31일까지 인터넷을 통하여 이용하는 경우에는 그 이용비용의 100분의 7에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 ③ 제1항 또는 제2항에 따른 세액공제의 방법에 관하여는 제11조제1항ㆍ제3항 및 제4항을 준용한다.

 ④ 제1항 및 제2항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것)제144조【세액공제액의 이월공제】

 ① 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4제1항, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 7년, 제10조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 10년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

 ② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제122조의4제1항, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.

출처 : 국세청 2019. 07. 04. 기준-2019-법령해석기본-0467[법령해석과-1738] | 국세법령정보시스템