요지

조세특례제한법에 따른 당기순이익 과세법인이 결산 시 대손충당금을 과소계상한 경우로서 결산재무제표를 수정하여 법인세 과세표준을 신고한 경우에는 경정청구를 할 수 있는 것임

회신

｢조세특례제한법｣ 제72조에 따른 당기순이익 과세법인이 결산 시 대손충당금을 과소계상한 경우로서 해당 사업연도의 결산재무제표를 수정하고 그 수정된 내용을 다음 사업연도의 결산재무제표에 적정하게 반영하여 법인세 과세표준을 신고한 경우에는 대손충당금을 과소계상한 해당 사업연도에 대해 ｢국세기본법｣ 제45조의2에 따른 경정청구를 할 수 있는 것임
다만, 해당 사업연도의 결산재무제표를 회계기준에 따라 올바르게 수정하였는지, 수정된 내용을 다음 사업연도에 적정하게 반영하였는지 등은 관련 서류를 검토하여 사실판단하시기 바람

1. 사실관계

○A조합은 축산업을 경영하는 농업인을 조합원으로 하여 설립된 조합법인으로조합원의 교육･지원사업 이외에 조합원 등에 대한 자금대출의 신용사업 등을 영위하고 있으며

  -’18사업연도 결산 시 조합원 등에게 대여한 채권에 대해 ｢상호금융업감독규정｣ 제11조제2항에 따라 그 건전성을 5단계(정상, 요주의, 고정, 회수의문, 추정손실)로 구분한 후 대손충당금을 설정하여

  -｢조세특례제한법｣ 제72조제1항에 따른 당기순이익 과세방식에 따라 법인세를 신고･납부하였음

 ○축협중앙회는 ’19년도에 A조합에 대한 정기감사에서 A조합이 채권의 자산건전성 분류를 향후 자진상환, 매매, 경매 등을 통해 조만간 정상 회수가 가능하다는 자의적인 판단과 제 규정 해석으로 인하여 대손충당금 000백만원(이하 ⁠“쟁점 대손충당금”)을 과소계상한 사실을 감사지적하였음

 ○A조합은 축협중앙회의 감사지적에 따라 과소계상한 쟁점 대손충당금을 반영한 ’18사업연도 결산보고서 및 이익잉여금처분계산서를 ’19사업연도에 수정한 후

  -’20.**.**. ’18사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구하였음

2. 질의내용

○｢조세특례제한법｣에 따른 당기순이익 과세방식을 적용받는 조합법인이 각 사업연도의 법인세를 신고･납부하였으나

  -기업회계기준에 따른 대손충당금을 과소계상함에 따라 결산재무제표상 당기순이익을 과다신고한 경우 경정청구할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제72조【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2020년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(當期純利益)을 말한다]에 ｢법인세법｣ 제24조에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 접대비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액 등 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액에 100분의 9[해당금액이 20억원(2016년 12월 31일 이전에 조합법인간 합병하는 경우로서 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 조합법인의 합병등기일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도에 대하여는 40억원을 말한다)을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 12]의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다.

  1.｢신용협동조합법｣에 따라 설립된 신용협동조합 및 ｢새마을금고법｣에 따라 설립된 새마을금고

  2.｢농업협동조합법｣에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인

  3. 삭제

  4.｢수산업협동조합법｣에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 및 조합공동사업법인

  5.｢중소기업협동조합법｣에 따라 설립된 협동조합·사업협동조합 및 협동조합연합회

  6.｢산림조합법｣에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 조합공동사업법인

  7.｢엽연초생산협동조합법｣에 따라 설립된 엽연초생산협동조합

  8.｢소비자생활협동조합법｣에 따라 설립된 소비자생활협동조합

 ②제1항 각 호의 법인(제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 당기순이익과세를 포기한 법인은 제외한다)에는 제5조, 제5조의2, 제6조, 제7조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조, 제8조의2, 제8조의3, 제9조, 제10조, 제10조의2, 제11조, 제12조, 제12조의2부터 제12조의4까지, 제13조, 제14조, 제22조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제28조, 제29조의2부터 제29조의4까지, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제4항부터 제6항까지, 제32조제4항, 제33조, 제33조의2, 제63조, 제63조의2, 제63조의3, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제94조, 제102조, 제104조의14 및 제104조의15를 적용하지 아니한다.

○조세특례제한법 시행령 제69조【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】

 ①법 제72조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액"이란 ｢법인세법｣ 제19조의2제2항, 제24조부터 제28조까지, 제33조 및 제34조제2항에 따른 손금불산입액(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)을 말한다.

 ②법 제72조제1항 단서의 규정에 의하여 당기순이익과세를 포기하고자 하는 법인은 당기순이익과세를 적용받지 아니하고자 하는 사업연도의 직전사업연도종료일(신설법인의 경우에는 사업자등록증교부신청일)까지 기획재정부령이 정하는 신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

 ③법 제72조제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 조합법인등의 설립에 관한 법령 또는 정관(당해 법령 또는 정관의 위임을 받아 제정된 규정을 포함한다)에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업(｢법인세법 시행령｣ 제3조제1항에 따른 수익사업외의 사업에 한한다)을 위하여 지출하는 금액은 ｢법인세법｣ 제24조 또는 동법 제25조의 규정에 의한 기부금 또는 접대비로 보지 아니하며, ｢법인세법｣ 제25조제4항제2호 단서의 규정은 당해 조합법인등에 출자한 조합원 또는 회원과의 거래에서 발생한 수입금액에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

 ④(이하생략)

○조세특례제한법 기본통칙 72-0…1【결산재무제표상 당기순이익의 범위 】

 ①법 제72조 제1항에서 ¨결산재무제표상 당기순이익¨이라 함은 ｢법인세법 시행령｣ 제79조에 따른 기업회계기준 또는 관행에 의하여 작성한 결산재무제표상 법인세비용차감전순이익을 말한다. 이 경우 당해 법인이 수익사업과 비수익사업을 구분경리한 경우에는 각 사업의 당기순손익을 합산한 금액을 과세표준으로 한다.

 ②제1항을 적용함에 있어서 당해 조합법인등이 법인세추가납부세액을 영업외비용으로 계상한 경우 이를 결산재무제표상 법인세비용 차감전순이익에 가산한다.

 ③제1항에 따른 과세표준에는 ｢법인세법｣ 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따른 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산의 처분익을 포함한다.

 ④기업회계기준상 당기순손익을 과소계상한 조합법인이 그 다음사업연도 결산 시 당해 과소계상상당액을 전기오류수정손익으로 이익잉여금처분계산서에 계상한 경우 법인세 과세표준계산은 국세기본법상 수정신고 또는 경정청구를 통해 과소계상한 사업연도의 과세표준을 조정하여야 한다.

○법인세법 제34조【대손충당금의 손금산입】

 ①내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 외상매출금, 대여금 및 그 밖에 이에 준하는 채권의 대손(貸損)에 충당하기 위하여 대손충당금을 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 그 계상한 대손충당금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

 ②제1항은 제19조의2제2항 각 호(채무보증 구상채권, 업무무관 가지급금)의 어느 하나에 해당하는 채권에는 적용하지 아니한다.

○국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

 ①과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

  1.과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

  2.과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

출처 : 국세청 2020. 09. 01. 기준-2020-법령해석법인-0178[법령해석과-2828] | 국세법령정보시스템