요지

거주자가 기업구조조정전문회사에 2006.12.31. 이전에 출자함으로써 최초로 주식을 취득한 이후 해당 기업구조조정전문회사가 다른 기업구조조정전문회사에 흡수 합병되어 합병법인으로부터 교부받은 주식을 양도하는 경우, 해당 합병신주의 양도에 대하여는 양도소득세 비과세 특례를 적용받을 수 있는 것임

답변내용

위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 거주자가 ｢조세특례제한법｣(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제55조제4항(이하 ⁠“해당규정”이라 함)에 따라 기업구조조정전문회사에 2006.12.31. 이전에 출자함으로써 최초로 주식을 취득한 이후 해당 기업구조조정전문회사가 다른 기업구조조정전문회사(이하 ⁠“합병법인”이라 함)에 흡수 합병되어 합병법인으로부터 합병으로 인하여 교부받은 주식(이하 ⁠“합병신주”라 함)을 양도하는 경우, 해당 합병신주의 양도에 대하여는 해당규정 및 관련부칙(2006.12.30. 법률 제8146호) 제48조제2항에 따라 양도소득세 비과세 특례를 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○신청인 갑이 보유한 주식의 변동상황은 다음과 같음

 ○ 신청인은 2020.**.**. 상기 합병으로 교부받은 합병신주를 전량 매각하였으며 상기 주식의 처분과 관련한 양도차익은 다음과 같음

 ○ 신청인이 최초 취득한 A법인은 기업구조조정사업을 목적으로 설립되었으며, 2001.**.**.에 산업자원부에 기업구조조정 전문회사로 등록된 회사이며

  - B법인도 2004.*.*.에 기업구조조정전문회사로 등록된 회사(등록번호 제**-***)임

2. 질의내용

 ○ 거주자가 2006.12.31. 이전에 기업구조조정전문회사의 주식을 취득한 후 해당 기업구조조정전문회사가 다른 기업구조조정전문회사에 흡수합병되어 합병신주를 교부받은 경우

  - 동 교부받은 합병신주의 양도에 대하여 구 조특법§55④에 따른 양도소득세 비과세 특례를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제55조【기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례】(2006.12.26. 법률 제8086호로 개정된 것)

 ① 산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사(이하 이 조에서 ⁠“기업구조조정전문회사”라 한다)가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에게 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 당해 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익과 2006년 12월 31일 이전에 구조조정대상기업으로부터 받는 배당소득에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다.

 ② 기업구조조정전문회사가 구조조정대상기업에 대한 투자 및 인수로 인하여 발생하는 손실을 보전하기 위하여 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 투자손실준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 다음 각 호의 규정에 의하여 산정된 금액 중 적은 금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입한다.

  1. 대통령령이 정하는 투자금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액

  2. 당해 사업연도 종료일 현재 투자금액에서 투자손실준비금잔액을 차감한 금액. 다만, 당해 금액이 부의 수인 경우에는 령으로 본다.

 ③ 제17조제2항 및 제3항의 규정은 제2항의 규정에 의한 투자손실준비금과 손실의 상계, 준비금잔액의 익금산입 등에 관하여 이를 준용한다.

 ④ 거주자가 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사법에 의한 기업구조조정투자회사(이하 이 조와 제117조․제119조 및 제120조에서 ⁠“기업구조조정투자회사”라 한다)에 2006년 12월 31일 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조제1항제3호의 규정을 적용하지 아니한다.

 ⑤ 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 기업구조조정전문회사는 대통령령이 정하는 바에 따라 투자손실준비금에 관한 명세서를 제출하여야 한다.

 ⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 손금산입액 및 익금산입액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 부칙 제48조【기업구조조정전문회사등에 대한 과세특례에 관한 경과조치】(2006.12.30. 법률 제8146호)

 ① 이 법 시행 전에 구조조정대상기업으로부터 받은 배당소득의 법인세법 비과세에 관하여는 제55조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.

 ② 이 법 시행 전에 종전의 제55조제4항의 규정에 따라 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사에 출자하여 최초로 취득한 주식의 양도에 관하여는 제55조제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.

○ 조세특례제한법 제55조【기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례】(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)

 ① ｢산업발전법｣에 따른 기업구조조정전문회사(이하 이 조에서 "기업구조조정전문회사"라 한다)가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에게 2007년 12월 31일 이전에 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 당해 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다.

 ② 기업구조조정전문회사가 구조조정대상기업에 대한 투자 및 인수로 인하여 발생하는 손실을 보전하기 위하여 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 투자손실준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 다음 각호의 규정에 의하여 산정된 금액중 적은 금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.

  1. 대통령령이 정하는 투자금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액

  2. 당해 사업연도 종료일 현재 투자금액에서 투자손실준비금잔액을 차감한 금액. 다만, 당해 금액이 부의 수인 경우에는 령으로 본다.

 ③ 제17조제2항 및 제3항의 규정은 제2항의 규정에 의한 투자손실준비금과 손실의 상계, 준비금잔액의 익금산입등에 관하여 이를 준용한다.

 ④ 삭제

 ⑤ 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 기업구조조정전문회사는 대통령령이 정하는 바에 따라 투자손실준비금에 관한 명세서를 제출하여야 한다.

 ⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 손금산입액 및 익금산입액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 산업발전법 제14조【기업구조조정전문회사의 등록】(2000.01.12. 법률 제6143호로 개정된 것)

 ① 다음 각호의 사업 중 제2호 및 제3호의 사업을 포함한 2이상의 사업을 전업으로 영위하는 회사로서 이 법에 의한 지원을 받고자 하는 자는 산업자원부장관에게 등록하여야 한다.

  1. 구조조정대상기업에 대한 투자

  2. 구조조정대상기업의 인수

  3. 제２호의 규정에 의하여 인수한 구조조정대상기업의 정상화 및 매각

  4. 구조조정대상기업이 매각하는 영업 또는 자산의 매입

  5. 금융기관 또는 금융기관부실자산등의효율적처리및한국자산관리공사의설립에관한법률에 의한 한국자산관리공사가 보유하고 있는 동법 제2조제２호의 규정에 의한 부실채권(이하 "不實債權"이라 한다)의 매입

  6. 기업구조조정조합 자금의 관리·운영

  7. 구조조정대상기업의 화의·회사정리·파산의 절차의 대행

  8. 기업간 인수·합병등의 중개

  9. 제1호 내지 제8호의 사업에 부수되는 사업

 ② 제1항의 규정에 불구하고 중소기업창업지원법 제11조제1항의 규정에 의하여 중소기업청에 등록한 중소기업창업투자회사와 여신전문금융업법 제3조제1항의 규정에 의하여 재정경제부에 등록한 신기술금융사업자중 제1항 각호의 사업 중 제2호 및 제3호의 사업을 포함한 2이상의 사업을 추가로 영위하고자 하는 자는 산업자원부장관에게 등록을 신청할 수 있다.

 ③ 산업자원부장관은 제1항 및 제2항의 규정에 의한 등록을 신청한 자가 대통령령이 정하는 요건에 적합한 때에는 지체없이 기업구조조정전문회사로 등록하고 그 사실을 신청인에게 통지하여야 한다.

 ④ 구조조정대상기업은 금융 및 보험업을 제외한 업종의 영업을 영위하고 있는 기업으로서 다음 각호의 １에 해당하는 기업으로 한다.

  1. 어음법 제83조의 규정에 의하여 지정된 어음교환소로부터 최근 3년 이내에 1회 이상 거래정지처분을 받은 기업

  2. 화의법 제13조의 규정에 의한 화의개시, 회사정리법 제30조의 규정에 의한 정리절차개시 또는 파산법 제122조제1항 또는 제123조제1항의 규정에 의한 파산을 법원에 신청한 기업

  3. 당해기업에 대하여 채권을 가진 금융기관이 부실채권을 정리하기 위하여 당해기업과 경영의 위임계약을 체결하여 관리하는 기업

  4. 당해기업에 대하여 채권을 가진 금융기관등으로 구성된 기구로서 대통령령이 정하는 기구가 그 정상화의 추진이 필요하다고 인정한 기업

  5. 영업양도·합병·자산매각 등을 통하여 당해기업의 재무구조개선 또는 경영정상화의 추진(이하 "構造調整"이라 한다)이 필요한 기업으로서 대통령령이 정하는 요건에 해당하는 기업

 ⑤ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 등록을 한 기업구조조정전문회사(이하 "專門會社"라 한다)가 구조조정대상기업을 인수·합병하거나 그 영업 또는 자산을 매입함에 있어서는 다음 각호의 방법에 의하여야 한다.

  1. 당해전문회사가 구조조정대상기업의 주식 또는 지분을 취득하여 그 경영권을 획득하거나 자산을 매입하는 방법

  2. 자회사(당해專門會社가 株式 또는 持分의 취득 등에 의하여 그 經營權을 행사하고 있는 企業을 말한다)로 하여금 구조조정대상기업과 합병하게 하거나 구조조정대상기업의 영업 또는 자산을 매입하게 하는 방법

 ⑥ 전문회사가 제1항제3호의 규정에 의하여 구조조정대상기업을 정상화함에 있어서는 임원의 교체, 기술의 도입, 조직 및 인력의 조정등에 의하여 기업의 경영능력·자산가치등을 높이는 것을 포함한다.

 ⑦ 전문회사는 등록후 2년이 경과한 날부터는 납입자본금의 2분의 1의 범위안에서 대통령령이 정하는 비율 이상의 금액을 제1항제2호 및 제3호의 규정에 의한 사업에 사용하여야 한다.

○ 산업발전법 시행령 제9조【전문회사의 등록】(2000.05.10. 대통령령 제16805호로 개정된 것)

 ① 법 제14조제1항의 규정에 의하여 기업구조조정전문회사(이하 "전문회사"라 한다)로 등록을 하고자 하는 자는 상법상의 주식회사로서 납입자본금이 30억원 이상이어야 한다.

 ② 중소기업창업투자회사 및 신기술금융사업자로서 법 제14조제2항의 규정에 의하여 전문회사로 등록을 하고자 하는 자는 다음 각호의 요건을 갖추어야 한다.

  1. 중소기업창업투자회사의 경우에는 중소기업청에 등록한 날부터 2년이상의 기간이 경과된 자로서 창업자에 대한 투자금액이 납입자본금보다 많을 것

  2. 신기술금융사업자의 경우에는 재정경제부에 등록한 날부터 2년이상의 기간이 경과된 자일 것

 ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 등록을 하고자 하는 자는 산업자원부령이 정하는 바에 따라 등록신청서를 산업자원부장관에게 제출하여야 한다. 등록사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다.

○ 산업발전법 시행규칙 제3조【전문회사의 등록신청】(2000.07.06. 산업자원부령 제104호로 개정된 것)

 ① 영 제9조제3항의 규정에 의하여 기업구조조정전문회사(이하 "전문회사"라 한다)의 등록 또는 변경등록신청을 하고자 하는 자는 별지 제1호서식의 신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 산업자원부장관에게 제출하여야 한다. 다만, 변경등록신청의 경우에는 변경내용과 관련되는 해당서류와 그 변경사실을 증명하는 서류를 첨부하여야 한다.

  1. 법인등기부등본

  2. 정관

  3. 별표 1의 작성요령에 의한 사업계획서

  4. 중소기업창업투자회사 또는 신기술금융사업자의 등록증사본(중소기업창업투자회사 또는 신기술금융사업자인 경우에 한한다)

  5. 직전 사업연도의 결산서 및 투자내역서(중소기업창업투자회사인 경우에 한한다)

 ② 산업자원부장관은 제1항의 규정에 의한 등록신청인이 등록요건에 적합한 때에는 별지 제2호서식의 등록증을 교부하여야 한다.

출처 : 국세청 2020. 08. 13. 사전-2020-법령해석재산-0463[법령해석과-2600] | 국세법령정보시스템