영농조합법인 중소기업 특별세액감면·면제 중복 적용 가능 여부

요지

영농조합법인이 중소기업에 해당되는 경우 농업소득이외의 소득에 대하여는「조세특례제한법」제127조 제5항의 규정에 의하여 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면과 같은 법 제66조의 법인세 일부 면제규정을 동시에 적용 받을 수 있는 것임

회신

 ⁠(질의1) 영농조합법인이 중소기업에 해당되는 경우 농업소득이외의 소득에 대하여는「조세특례제한법」제127조 제5항의 규정에 의하여 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면과 같은 법 제66조의 법인세 일부 면제규정을 동시에 적용 받을 수 있는 것입니다.
 ⁠(질의2)「조세특례제한법」상 최저한세가 적용되는 감면 등과 최저한세가 적용되지 않는 감면 등이 중복 적용되는 경우 같은 법 제132조 제3항의 규정에 의하여 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용하는 것입니다.
 ⁠(질의3)「법인세법」제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외)에 감면 또는 면제되는 소득금액이 같은 법 제13조에 따른 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)을 공제하는 것입니다.

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

 -당사는 제조업(정미업)을 하는 중소기업인 영농조합법인으로 전남 해남군에 소재하고 있음

○ 질의내용

 -(질의1) 조특법 제127조 제5항의 ⁠“동일한 사업장에 대한 세액감면의 중복적용”에 의하면 ⁠‘중소기업에 대한 특별세액감면’과 ⁠‘영농조합법인의 세액면제’ 규정이 함께 열거되어 있지 않으므로 ⁠‘중소기업에 대한 특별세액감면’과 ⁠‘영농조합법인의 세액면제’를 동시에 적용할 수 있다고 해석됨. 이에 대하여 중복 적용이 가능한지 질의함

 - ⁠(질의2) 만일 중복적용이 가능하다면, 아래와 같이 가정하여 ⁠(가)와 ⁠(나)중에서 어느 것을 적용해야 하는지 질의함

   * 과세표준 3억원, 영농조합법인 감면소득액 : 1억2천만원(조합원 10명×1천2백만원)

   (가) 영농조합법인 감면소득액 1억2천만원에 대하여 먼저 감면적용하고, 나머지 1억8천만원은 중소기업특별세액 감면을 적용

   (나) 영농조합법인 감면소득액 1억2천만원에 대하여 감면적용하고, 다시 전체 3억원에 대하여 중소기업특별세액감면을 적용

 - ⁠(질의3) 만일 위 ⁠(가)의 방법인 적용된다면, 아래와 같이 가정하여 ⁠(가)와 ⁠(나) 중에서 어느 것을 적용해야 하는지 질의함

   (가) 법인세율 10% 적용구간과 20% 적용구간 중에서 납세자에게 감면세액이 더 많이 계산되어 지도록 납세자가 임의로 선택하여 적용

   (나) 영농조합법인 감면소득과 중소기업특별세액 감면소득이 전체적으로 고르게 분포되었다고 가정하여 아래와 같이 계산

     - 산출세액×(영농조합법인 감면소득/과세표준)

     - 산출세액×(중소특별 감면소득/과세표준)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

  ⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제85조의6제1항·제2항, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항, 제121조의22제2항과 제121조의2 또는 제121조의4에 따른 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

○ 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

  ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

   1. 감면 업종

    가. 작물재배업

    나. 축산업

    다. 어업

    라. 광업

    마. 제조업

    바～코.(생략)

  2. 감면 비율

    가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10

    나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20

    다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30

    라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장: 100분의 5

    마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10

    바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15

○조세특례제한법 제66조 【영농조합법인등에 대한 법인세의 면제 등】

  ① ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제63조【영농조합법인등에 대한 법인세의 면제 등】

  ① 법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다.

     {1천200만원 × 조합원 수 × ⁠(사업연도월수/12)}

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조【조합법인의 사업】

  ① 영농조합법인의 사업은 다음 각 호와 같다.

   1. 농업의 경영 및 그 부대사업

   2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치·운영

   3. 농산물의 공동 출하·가공 및 수출

   4. 농작업의 대행

   5. 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업

○ 조세특례제한법 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】

  ③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.

○ 법인세법 제59조【감면 및 세액공제액의 계산】

  ① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.

    1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)

    2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제

    3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

    4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

   ② 제1항제1호에 따른 세액 감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조에 따른 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면인터넷방문상담2팀-278, 2005.2.11

   귀 질의의 경우 축산업을 영위하는 영농조합법인이 중소기업에 해당되는 경우 농업소득이외의 소득에 대하여는 조세특례제한법 제127조 제5항의 규정에 의하여 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면과 같은 법 제66조의 법인세 일부 면제규정을 동시에 적용 받을 수 있는 것입니다.

[ 회 신 ]

(질의1) 영농조합법인이 중소기업에 해당되는 경우 농업소득이외의 소득에 대하여는「조세특례제한법」제127조 제5항의 규정에 의하여 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면과 같은 법 제66조의 법인세 일부 면제규정을 동시에 적용 받을 수 있는 것입니다.

(질의2)「조세특례제한법」상 최저한세가 적용되는 감면 등과 최저한세가 적용되지 않는 감면 등이 중복 적용되는 경우 같은 법 제132조 제3항의 규정에 의하여 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용하는 것입니다.

(질의3)「법인세법」제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외)에 감면 또는 면제되는 소득금액이 같은 법 제13조에 따른 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)을 공제하는 것입니다.

출처 : 국세청 2014. 03. 21. 법인세과-127 | 국세법령정보시스템