법인격 없는 단체를 통한 간접소유 시 중소기업 독립성 판정

요지

지배구조 상 최상위에 있는 자가 법인격이 없는 단체에 해당한다 할지라도 해당 단체를 통한 출자 등으로 질의법인의 발행주식을 간접적으로 소유하는 경우를 포함하여 실질적인 독립성 기준을 적용해야 하는 것임

회신

｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제3호의 실질적인 독립성 기준에 따른 중소기업 여부를 판단함에 있어, 자산총액 5천억 원 이상인 법인(외국법인 포함)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업은 중소기업에 해당하지 않는 것으로 귀 질의 경우와 같이 지배구조 상 최상위에 있는 자가 법인격이 없는 단체에 해당한다 할지라도 해당 단체를 통한 출자 등으로 질의법인의 발행주식을 간접적으로 소유하는 경우를 포함하여 실질적인 독립성 기준을 적용해야 하는 것입니다.
이때, 간접소유 비율 계산 시 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외되므로 질의법인의 최다출자자가 이에 해당하는 지는 관련 법률에 따라 판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 전선, 광섬유케이블 제조업을 영위하고 있으며, 외국법인 AA가 100% 출자하여 설립됨

 ○ 질의법인의 지배구조는 아래와 같음

 ○ DD는 거주지국 현지법 상 2인 이상의 파트너가 영리목적으로 공동사업을 영위하기 위하여 설립한 유한 파트너쉽에 해당하며,

  - 법인격을 보유하지 않고 파트너쉽에서 발생한 소득에 대해 파트너쉽 단계에서는 과세하지 않고 해당 소득을 파트너에게 귀속시켜 파트너별로 관련 제세를 과세함

2. 질의요지

 ○ 질의법인의 중소기업 여부를 판단함에 있어 실질적 독립성 기준 적용 시, 유한 파트너쉽이 법인격이 없는 단체로 외국법인에 해당하지 않는 경우,

  - 유한 파트너쉽이 100% 출자한 CC를 최종 모회사로 보고 질의법인의 중소기업 여부를 판단해야 하는 것인지

3. 관련법령

□ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

 ① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다

   1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

   2. 삭제

   4. 부동산 임대업 또는 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

   3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 ⁠「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, ⁠「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업"으로 본다.

   5. 「법인세법 시행령」 제42조제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인이 아닐 것

 ②～③

 ④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산과 ⁠「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목에 따른 외국법인의 자산총액의 계산 및 같은 호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

□ 조세특례제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】

 ④「조세특례제한법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

 ⑤ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액으로 한다.

 ⑥ 삭제

 ⑦ 영 제2조제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 ⁠「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제3항을 준용한다.

 ⑧ 영 제2조제4항에 따른 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.

 ⑨ 영 제2조제4항에 따른 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목에 따른 외국법인의 자산총액은 해당 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상 외화로 표시된 자산총액을 해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율(기획재정부장관이 정하여 고시하는 외국환 거래에 관한 규정에 따른 매매기준율을 말한다)로 환산한 금액으로 한다.

□ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조【그 밖의 용어의 정의】

 ①～17

 18 이 법에서 "집합투자기구"란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 다음 각 호의 것을 말한다.

  1. 집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자ㆍ운용하게 하는 신탁 형태의 집합투자기구(이하 "투자신탁"이라 한다)

  2. ⁠「상법」에 따른 주식회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자회사"라 한다)

  3. ⁠「상법」에 따른 유한회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자유한회사"라 한다)

  4. ⁠「상법」에 따른 합자회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자합자회사"라 한다)

  4의2. ⁠「상법」에 따른 유한책임회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자유한책임회사"라 한다)

  5. ⁠「상법」에 따른 합자조합 형태의 집합투자기구(이하 "투자합자조합"이라 한다)

  6. ⁠「상법」에 따른 익명조합 형태의 집합투자기구(이하 "투자익명조합"이라 한다)

  7. 삭제

□ 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

 ① ⁠「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

   1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

    가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

    나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

   2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

    가. 삭제

    나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 ⁠「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조제3항을 준용한다.

     1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

     2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

    다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

    라. 삭제

□ 중소기업기본법 시행령 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】

 ① 관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항에 따른 주권상장법인으로서 ⁠「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제3호 및 같은 법 시행령 제3조제1항에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

  1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

   가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

   나. 가목에 해당하는 개인의 친족

  2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

 ② 제1항 각 호 외의 부분 본문에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 제1항 각 호에 따른 지배 또는 종속의 관계를 판단할 수 있다.

  1. 기업이 직전 사업연도 말일이 지난 후 창업, 합병, 분할 또는 폐업한 경우: 창업일, 합병일, 분할일 또는 「부가가치세법 시행령」 제7조에 따른 폐업일

  2. 제3조제1항제2호다목에 해당하여 중소기업에서 제외된 기업이 직전 사업연도 말일이 지난 후 주식등의 소유현황이 변경된 경우: 주식등의 소유현황 변경일

 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 다른 국내기업의 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 기업과 그 다른 국내기업은 제1항에 따른 지배기업과 종속기업의 관계로 보지 아니한다.

  1. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제10호에 따른 벤처투자회사

  2. ⁠「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자

  3. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사

  4. ⁠「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력기술지주회사

  5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 자

□ 중소기업 범위 및 확인에 관한 규정 제2조【지배기업으로 보지 아니하는 자】

영 제3조의2제2항제5호에 따라 지배기업으로 보지 아니하는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  1. ｢자본시장 및 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조에 따른 금융투자업자(다만, 금융투자업자가 금융 및 보험업 이외의 업종을 영위하는 기업의 주식등을 소유한 경우로서 해당 기업과의 관계에 한정한다)

  2. ｢자본시장 및 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조제19항에 따른 사모집합투자기구(같은 법 제279 조에 따라 금융위원회에 등록한 외국 사모집합투자기구를 포함한다)

  3. ｢기업구조조정 촉진법｣ 제2조제3호에 따른 채권금융기관(다만, 채권금융기관이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업의 주식등을 소유한 경우로서 해당 기업과의 관계에 한정한다)

   가. ｢기업구조조정 촉진법｣ 제2조제7호에 따른 부실징후기업

   나. 채권금융기관으로부터 받은 신용공여액의 합계가 500억원 미만으로서 ｢기업구조조정 촉진법｣을 준용하여 기업구조조정 중인 기업

   다. ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따라 법원으로부터 회생절차 개시의 결정을 받은 기업

□ 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조【특수관계의 세부 기준】

 ③ 제2항제1호ㆍ제2호 및 제4호를 적용할 때 어느 한쪽(거주자, 내국법인, 비거주자 또는 외국법인을 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 다른 쪽(내국법인 또는 외국법인을 말한다. 이하 이 항에서 같다)에 대한 주식의 간접소유비율은 다음 각 호의 구분에 따른 방법으로 계산한 비율로 한다.

   1. 다른 쪽의 주주인 법인(이하 "주주법인"이라 한다)의 의결권 있는 주식의 50퍼센트 이상을 어느 한쪽이 소유하고 있는 경우: 주주법인이 소유하고 있는 다른 쪽의 의결권 있는 주식이 그 다른 쪽의 의결권 있는 주식에서 차지하는 비율(이하 이 항에서 "주주법인의주식소유비율"이라 한다)

   2. 주주법인의 의결권 있는 주식의 50퍼센트 미만을 어느 한쪽이 소유하고 있는 경우: 그 소유비율에 주주법인의 주식소유비율을 곱한 비율

   3. 제1호 및 제2호를 적용할 때 주주법인이 둘 이상인 경우: 주주법인별로 제1호 및 제2호에 따라 계산한 비율을 더한 비율

   4. 어느 한쪽과 주주법인, 그리고 이들 사이의 하나 이상의 법인이 주식소유관계를 통하여 연결되어 있는 경우: 제1호부터 제3호까지의 계산방법을 준용하여 계산한 비율

○ 법인세과-503, 2011.7.22.

   중소기업 해당 요건인 독립성 기준 적합 여부를 판정시에 직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 최대주주에 해당하나, 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유하지 않는 경우, 주식을 발행한 법인(지배를 받는 법인)은「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 및「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 나목(2009.11.19. 대통령령 제21831호로 개정된 것)의 규정에 따라 실질적 독립성 기준에 의한 중소기업의 범위에 해당하는 것임

○ 법규법인2011-0491, 2011.12.8.

   ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제3호의 실질적인 독립성 기준을 판단함에 있어 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1호나목에서 규정하는 법인에는 외국법인을 포함하는 것이며, 이 경우 외국법인의 자산총액은 ⁠‘외국법인의 직전사업연도 말일 현재의 대차대조표상의 자산총액을 원화로 환산한 금액’으로 판단하는 것임

○ 기획재정부 조세특례제도과-584, 2019.9.3.

   ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조에 따른 중소기업에 해당하는지를 판단하기 위해 해당 기업의 최다출자자인 외국법인의 자산총액이 5천억원 이상인지 여부를 판단할 때에는 해당 과세연도 종료일 현재 재무상태표 상 외화로 표시된 자산총액을 해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율 등으로 환산하여 계산하는 것임

출처 : 국세청 2025. 05. 01. 서면-2024-법인-1771 | 국세법령정보시스템