요지

○쟁점 거주주택은 일시적 2주택(소득령§155①) 및 장기임대주택 특례(소득령§155)를 중첩적용하여 1세대1주택으로 보되, 해당 거주주택은 고가주택으로 양도가액 9억원 초과분에 대한 양도소득은 과세되며, 해당 양도주택은 중과 제외 주택에 해당하지 않아 중과세율 적용되고, 장기보유특별공제도 적용하지 않음

답변내용

위 사전답변 신청의 경우와 같이 거주자가 ⁠「소득세법 시행령」제155조제20항 각 호의 요건을 충족하는 거주주택과 장기임대주택을 각각 1개씩 보유하다 신규주택을 취득하고 해당 신규주택이 조합원입주권으로 전환된 상태에서 조정대상지역 내 거주주택을 양도할 경우 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득하고 신규주택 취득일로부터 3년 내 거주주택을 양도하는 경우에는 같은 령 제155조제1항에 따른 1세대1주택 특례가 적용되며, 해당 거주주택이 고가주택에 해당하는 경우에는 같은 령 제160조제1항에 따라 양도차익을 산정하는 것입니다.
또한, 이 때 적용할 세율은 거주주택이 ⁠「소득세법 시행령」제167의4제3항 제1호, 제2호 및 제5호에 해당하지 아니한 경우 ⁠「소득세법」 제55조제1항에 따른 세율에 100분의20을 더한 세율을 적용하고, 장기보유특별공제는 적용하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의자 및 질의자가 속한 세대는 조정지역 내 서울 ㅇㅇ구 aa아파트 주택(이하 ⁠“쟁점 거주주택”, 질의자 1/3, 배우자 2/3 보유), 서울 ㅇㅇ구 bb아파트 주택(이하 ⁠“쟁점 장기임대주택”) 및 서울 ㅇㅇ구 조합원입주권(이하 ⁠“쟁점 조합원입주권”)을 보유하고 있음

  -쟁점 거주주택 : 2004.4.30. 취득, 2008.10월∼2019.8.20. 거주

   *2004.4.30. 취득 후 재건축되어 2008.8월 준공

  -쟁점 장기임대주택 : 2014.4월 조합원입주권 매수, 2016.5월 준공 및 임대개시, 2017.3.20. ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 등에 따른 임대사업자등록(2018.3.20. 준공공임대 전환), 2017.5.4. ⁠「소득세법」제168조에 따른 사업자등록

   *임대개시일 당시 기준시가 6억원 이하, 2019.2.12. 이후 임대차계약 갱신 또는 체결 사실 없음

  -쟁점 조합원입주권 : 2016.8.23. 주택상태 취득 후, 2018.4.6. 주택재건축사업에 따라 관리처분계획인가(조합원입주권으로 전환)

 ○2019.8.20. 질의자는 쟁점 거주주택을 15억원에 양도함

2. 질의내용

 ○거주주택, 장기임대주택을 각각 1개씩 보유하는 1세대가 신규주택을 취득하고 해당 신규주택이 조합원입주권으로 전환된 경우로서 조정지역 내 거주주택 양도 시

  -(질의1)양도차익은 양도가액 9억원 초과분만 계산하는지 여부

  -(질의2)양도가액 9억원 초과분에 대한 장기보유특별공제 및 세율 적용방법

   * 장기임대주택은 소득법 시행령 제167의3 제1항 제2호 가목의 요건을 모두 충족하는 주택임을 전제함

3. 관련법령

○소득세법 제55조【세율】

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

(이하 생략)

○소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

(이하 생략)

○소득세법 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

표 1

표 2

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

 1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

　 제55조제1항에 따른 세율

 2. ∼ 8. ⁠(생략)

② ∼ ⑥ ⁠(생략)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

 1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

(이하 생략)

○소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

 1. ∼ 5. ⁠(생략)

② ∼ ⑩ ⁠(생략)

⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

○소득세법 시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 3년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

② ∼ ⑲ ⁠(생략)

⑳ 제167조의3제1항제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

 1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

 2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것

3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다

(이하 생략)

○소득세법 시행령 제159조의 3【장기보유특별공제】

  법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의 2·제156조의 2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

○소득세법 시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

  1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

  2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

(이하 생략)

○소득세법 시행령 제167조의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

 1. 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, ⁠「지방자치법」 제3조제3항·제4항에 따른 읍·면 및 ⁠「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

 가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

 나. ∼ 바. ⁠(생략)

 3. ∼ 8의2. ⁠(생략)

② ∼ ③ ⁠(생략)

④ 1세대가 제1항제2호 내지 제4호 또는 제8호의2의 규정에 의한 장기임대주택·감면대상장기임대주택·장기사원용주택 또는 장기가정어린이집(이하 이 조에서 "장기임대주택등"이라 한다)의 의무임대기간·의무무상기간 또는 의무사용기간(이하 이 조에서 "의무임대기간등"이라 한다)의 요건을 충족하기 전에 제1항제10호의 규정에 의한 일반주택을 양도하는 경우에도 당해 임대주택·사원용주택 또는 가정어린이집(이하 이 조에서 "임대주택등"이라 한다)을 제1항의 규정에 의한 장기임대주택등으로 보아 제1항제10호의 규정을 적용한다

○소득세법 시행령 제167조의 4【1세대 3주택·입주권 이상에서 제외되는 주택의 범위】

 ① 삭제

 ② 법 제104조제7항제4호에서 1세대가 소유한 주택(주택에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권의 수를 계산함에 있어 「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역은 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택 또는 조합원입주권으로서 해당 주택의 기준시가 또는 조합원입주권의 가액(「도시 및 주거환경정비법」 제74조제1항제5호에 따른 종전 주택의 가격을 말한다)이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 및 조합원입주권은 이를 산입하지 아니한다.

  1. 삭제

  2. 삭제

 ③ 법 제104조제7항제4호 단서에서 "대통령령으로 정하는 장기임대주택 등"이란 국내에 소유하고 있는 주택과 조합원입주권 수의 합이 3개 이상인 1세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

  1. 제2항의 규정에 따른 주택

  2. 제167조의3제1항제2호 내지 제8호 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

  3. 삭제

  4. 1세대가 제1호 및 제2호에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택

  5. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

(이하 생략)

출처 : 국세청 2019. 10. 30. 사전-2019-법령해석재산-0448[법령해석과-2850(2019.10.30)] | 국세법령정보시스템