요지

수입세금계산서는 세관장이 관세청 고시에 따라 실제로 부가가치세를 징수하는 때에 발급하는 것이므로 수입신고수리일에 수입세금계산서를 발급받지 아니하였더라도 지연 수취한 것에 해당하지 아니함

회신

 ⁠「관세법」 제9조제3항에 따른 관세의 월별납부 및 ⁠「부가가치세법」 제50조의2에 따른 부가가치세 납부유예 사업자가 재화의 수입에 대한 관세 및 부가가치세를 납부하기 전 ｢자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률｣ 제9조에 따른 협정관세 사후적용 신청을 하여 관세가 전액 감액 된 경우로서 세관장으로부터 재화의 수입신고수리일 이후 관세청「수입세금계산서 교부에 관한 고시」에 따른 수입세금계산서를 발급받은 경우 해당 수입세금계산서는 ⁠「부가가치세법」 제60조제7항제1호에 따른 가산세를 적용하지 아니하는 것임

 질의요지

○ 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예 사업자가 수입신고수리 후 FTA 협정관세 사후적용 신청에 따라 관세 및 부가가치세가 정정된 경우로서 세관장으로부터 수입세금계산서를 수입신고수리일 이후 발급받은 경우 지연수취 가산세 대상인지 여부

 사실관계

○질의법인은 ⁠「관세법」제9조제3항에 따른 관세의 월별납부 및 ｢부가가치세법｣ 제50조의2에 따른 부가가치세 납부유예 사업자로 아래와 같이 재화를 수입하였음

○질의법인은 수입신고수리 후 관세 및 부가가치세를 납부하기 전 2019.11.13. ｢자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률｣ 제9조(협정관세의 사후적용신청) 및 ｢관세법｣ 제38조제4항(신고납부)에 따라 세관장에게 FTA 협정관세 사후적용 신청을 하였고 2019.11.14. 신청내역이 승인되어 관세 및 부가가치세가 인하되었음(관세 0원, 부가가치세 217,280원)

○세관장은 질의법인에게 작성일자를 2019.10.23.로 하여 정정승인일인 2019.11.14.에 수입납부유예전자세금계산서를 발급하였음

 관련 법령

○ 부가가치세법 제3조【납세의무자】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

2. 재화를 수입하는 자

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

○ 부가가치세법 제13조【재화의 수입】

재화의 수입은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품을 국내에 반입하는 것[대통령령으로 정하는 보세구역(이하 이 조에서 ⁠“보세구역”이라 한다)을 거치는 것은 보세구역에서 반입하는 것을 말한다]으로 한다.

1. 외국으로부터 국내에 도착한 물품[외국 선박에 의하여 공해에서 채집되거나 잡힌 수산물을 포함한다]으로서 수입신고가 수리되기 전의 것

○ 부가가치세법 제18조【재화의 수입시기】

재화의 수입시기는 ⁠「관세법」에 따른 수입신고가 수리된 때로 한다.

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 ⁠“세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

○ 부가가치세법 제35조【수입세금계산서】

① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

○ 부가가치세법 제50조【재화의 수입에 대한 신고·납부】

제3조제2호의 납세의무자가 재화의 수입에 대하여 ⁠「관세법」에 따라 관세를 세관장에게 신고하고 납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한 부가가치세를 함께 신고하고 납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 제50조의2【수입세금계산서】

① 세관장은 매출액에서 수출액이 차지하는 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 중소ㆍ중견사업자(이하 이 조에서 "중소ㆍ중견사업자"라 한다)가 물품을 제조ㆍ가공하기 위한 원재료 등 대통령령으로 정하는 재화의 수입에 대하여 부가가치세의 납부유예를 미리 신청하는 경우에는 제50조에도 불구하고 해당 재화를 수입할 때 부가가치세의 납부를 유예할 수 있다.

② 제1항에 따라 납부를 유예받은 중소ㆍ중견사업자는 납세지 관할 세무서장에게 제48조에 따른 예정신고 또는 제49조에 따른 확정신고 등을 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 납부가 유예된 세액을 정산하거나 납부하여야 한다. 이 경우 납세지 관할 세무서장에게 납부한 세액은 세관장에게 납부한 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제72조【수입세금계산서】

① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다.

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ⁠“필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】

법 제39조제1항제2호 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

○ 부가가치세법 제58조【징수】

② 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 ⁠「관세법」에 따라 징수한다.

○ 부가가치세법 시행령 제105조【재화의 수입에 대한 징수】

세관장이 부가법 제58조제2항에 따라 부가가치세를 징수할 때(납부받거나 환급할 때를 포함한다)에는 ｢관세법｣ 제11조, 제16조부터 제19조까지, 제38조, 제38조의2부터 제38조의4까지, 제39조, 제41조, 제43조, 제46조, 제47조 및 제106조에 따른다.

○ 부가가치세법 제60조【가산세】

⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제39조제1항제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 0.5퍼센트

○ 부가가치세법 시행령 제108조【가산세】

⑤ 법 제60조제7항제1호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 경우”란 제75조제3호·제7호 또는 제8호에 해당하는 경우를 말한다.

○ 수입세금계산서 교부에 관한 고시 제2조【수입세금계산서 등의 교부】(관세청 고시 제2017-51호, 2017.7.28.)

① 세관장이 부가가치세를 징수, 환급, 충당하는 때에는 별지 제1호 서식의 수입세금계산서를 교부하여야 한다. 다만,「부가가치세법」또는 다른 법령에 따라 부가가치세의 징수를 유예하는 경우에는 실제로 부가가치세를 징수하는 때에 교부한다.

② 부가가치세가 면제되는 경우에는 수입신고수리를 하는 때(「관세법」제16조의 각 호에 해당하는 물품은 그 사실이 발생한 때)에「소득세법」제163조제3항에 따라 별지 제1호의2서식의 수입계산서를 교부한다.

출처 : 국세청 2020. 11. 20. 서면-2020-법령해석부가-1705[법령해석과-3793] | 국세법령정보시스템