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농공단지 신축건물 최초 임차 시 세액감면 여부

기준-2024-법규법인-0127  ·  2024. 12. 24.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 농공단지 입주기업이 해당 농공단지 내 신축된 공장건물을 최초로 임차하여 사업을 영위하는 경우에도 조세특례제한법 제64조의 세액감면을 적용받을 수 있습니까?

S요약

농공단지에 입주한 기업이 신축된 공장건물을 최초로 임차하여 사업을 영위하고, 토지와 제조설비를 적법하게 확보하여 사업을 수행하는 경우에는 조세특례제한법 제64조에 따른 세액감면 적용이 가능하다는 국세청 해석이 내려졌습니다. 기존 공장 매입과는 달리 신축건물 최초 임차는 감면대상으로 인정됩니다.
#농공단지 #공장건물 임차 #신축공장 #세액감면 #조세특례제한법 #법인세 감면
핵심 정리

R회신 내용 기준-2024-법규법인-0127  ·  2024. 12. 24.

  • 국세청 기준-2024-법규법인-0127(2024-12-24) 회신에 따르면 농공단지에 신축된 공장건물을 최초로 임차하여, 토지 및 제조시설을 적법하게 확보한 내국법인이 농어촌소득원개발사업을 영위할 경우 조세특례제한법 제64조에 따른 세액감면 대상에 해당한다고 명시하였습니다.
  • 기존공장 매입의 경우에는 통칙상 감면이 불가하지만, 신축건물의 최초 임차는 감면대상임을 분명히 하였습니다.
  • 회신 문서에서는 토지 임차, 건물 최초임차, 제조설비 자가 설치 요건이 충족되는 경우 세액감면 신청 및 적용이 가능함을 밝혔습니다.
  • 경정청구 등으로 미적용기간의 감면 신청도 가능하다고 판시하였으니 정기적으로 요건 충족여부를 점검하실 필요가 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제64조: 농공단지 입주기업이 감면대상사업장에서 발생한 소득에 대해 법인세 또는 소득세 감면 규정(2025년 12월 31일까지 적용)
  • 조세특례제한법 제64조 제2항: 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 5년간 50% 세액감면 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제61조: 감면 적용 가능한 농공단지의 지리적·규모적 요건 명확화
  • 조세특례제한법 기본통칙 64-0…1: 기존공장을 매입하여 사업을 영위하는 경우 감면 제외
사례 Q&A
1. 농공단지 모법인 신축건물 임차 시 세액감면 가능한가요?
답변
농공단지 내 신축 건물을 모법인으로부터 최초로 임차하고 토지와 제조시설도 요건에 맞게 확보했다면 세액감면이 적용될 수 있습니다.
근거
국세청 기준-2024-법규법인-0127, 조세특례제한법 제64조, 시행령 제61조, 기본통칙 64-0…1이 근거가 됩니다.
2. 농공단지 기존공장 매입은 세액감면이 불가한가요?
답변
네, 기존공장을 매입하는 경우에는 조세특례제한법 기본통칙 64-0…1에 따라 감면이 적용되지 않습니다.
근거
조세특례제한법 기본통칙 64-0…1에 명시되어 있습니다.
3. 농공단지 감면 세액 신청은 소급가능한가요?
답변
감면 미적용 기간 경정청구를 통해 기존 과세연도의 감면 적용을 신청할 수 있습니다.
근거
국세청 회신(2024-12-24)에서는 쟁점감면 미적용 확인 후 경정청구 가능함을 안내하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

농공단지 입주기업이 「농공단지에 신축된 공장건물」을 최초로 임차하여 사업을 영위하는 경우, 감면대상에 해당하는지 여부?
➠ 기존공장을 매입하는 것이 아니므로 감면대상으로 봄이 타당

회신

내국법인이 「조세특례제한법」 제64조제1항제1호에 따른 농공단지(이하 ⁠“농공단지”) 내의 토지를 관련 법령 등에 따라 적법하게 임차하고, 해당 내국법인의 사업을 위하여 모법인이 위 농공단지에 신축한 건물을 최초로 임차한 후, 자기소유의 제조시설을 갖추어 영위한 농어촌소득원개발사업에서 발생한 소득에 대해서는 같은 법 제64조에 따른 세액감면을 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○자문대상법인은 충청남도 공주시 공주 검상농공단지에 입주한 기업으로, 반도체 제조용 고순도 인산의 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하고 있음

 ○해당 농공단지는 조특법§64에 따른 농공단지 요건을 충족하나,

  - 자문대상법인은 농공단지에 입주하면서 토지는 공주시로부터 임차하였고, 공장건물은 모(母)법인이 신축·소유한 건물을 최초로 임차하였으며, 기계장치 등 제조설비는 자문대상법인이 매입・설치함

구분

방식

내용

공장부지

임차

자문대상법인이 공주시로부터 임차

공장건물

임차

모법인 소유이며, 모법인으로부터 최초 임차

제조설비

자가

자문대상법인이 직접 매입 및 설치

 ○자문대상법인은 당초 농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면(이하 ⁠‘쟁점감면’)을 적용하지 않았으나 쟁점감면 미적용 확인 후, ’18∼’21사업연도에 쟁점감면을 적용해 달라는 내용으로 경정청구를 하였음

2. 질의요지

 ○농공단지 입주기업이 「해당 농공단지에 신축된 공장건물을 최초로 임차」하여 사업을 영위하는 경우, 감면대상에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

조세특례제한법 제64조【농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대해서는 제2항부터 제7항까지의 규정에 따라 해당 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 감면한다.

 1. 2025년 12월 31일까지 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 농공단지 중 대통령령으로 정하는 농공단지에 입주하여 농어촌소득원개발사업을 하는 내국인

② 제1항에 따른 요건을 갖춘 자의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액은 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 한다.

 1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

 2. 해당 과세연도에 제1항의 적용대상이 되는 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천5백만원[청년 상시근로자와 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 하는 감면대상사업장의 상시근로자의 경우에는 2천만원]

⑤ 제3항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 자가 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

○조특법 시행령 제61조【농공단지입주기업 등에 대한 세액감면】

① 법 제64조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 농공단지"란 수도권 과밀억제권역외의 지역으로서 농공단지지정일 현재 인구 20만 미만인 시(특별자치시와 「제주특별자치도의 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 제2항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 제2항에서 같다)에 소재하는 농공단지를 말한다.

○조특법 기본통칙 64-0…1【농공단지 입주기업 등 판정】

다음 각 호의 경우에는 법 제64조에 따른 감면을 적용하지 아니한다.

1. 농공단지・개발촉진지구 또는 지방중소기업특별지원지역(이하 ⁠“농공단지등”이라 한다) 안의 기존공장을 매입하여 사업을 영위하는 경우

출처 : 국세청 2024. 12. 24. 기준-2024-법규법인-0127 | 국세법령정보시스템

유권해석

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농공단지 신축건물 최초 임차 시 세액감면 여부

기준-2024-법규법인-0127  ·  2024. 12. 24.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 농공단지 입주기업이 해당 농공단지 내 신축된 공장건물을 최초로 임차하여 사업을 영위하는 경우에도 조세특례제한법 제64조의 세액감면을 적용받을 수 있습니까?

S요약

농공단지에 입주한 기업이 신축된 공장건물을 최초로 임차하여 사업을 영위하고, 토지와 제조설비를 적법하게 확보하여 사업을 수행하는 경우에는 조세특례제한법 제64조에 따른 세액감면 적용이 가능하다는 국세청 해석이 내려졌습니다. 기존 공장 매입과는 달리 신축건물 최초 임차는 감면대상으로 인정됩니다.
#농공단지 #공장건물 임차 #신축공장 #세액감면 #조세특례제한법
핵심 정리

R회신 내용 기준-2024-법규법인-0127  ·  2024. 12. 24.

  • 국세청 기준-2024-법규법인-0127(2024-12-24) 회신에 따르면 농공단지에 신축된 공장건물을 최초로 임차하여, 토지 및 제조시설을 적법하게 확보한 내국법인이 농어촌소득원개발사업을 영위할 경우 조세특례제한법 제64조에 따른 세액감면 대상에 해당한다고 명시하였습니다.
  • 기존공장 매입의 경우에는 통칙상 감면이 불가하지만, 신축건물의 최초 임차는 감면대상임을 분명히 하였습니다.
  • 회신 문서에서는 토지 임차, 건물 최초임차, 제조설비 자가 설치 요건이 충족되는 경우 세액감면 신청 및 적용이 가능함을 밝혔습니다.
  • 경정청구 등으로 미적용기간의 감면 신청도 가능하다고 판시하였으니 정기적으로 요건 충족여부를 점검하실 필요가 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제64조: 농공단지 입주기업이 감면대상사업장에서 발생한 소득에 대해 법인세 또는 소득세 감면 규정(2025년 12월 31일까지 적용)
  • 조세특례제한법 제64조 제2항: 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 5년간 50% 세액감면 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제61조: 감면 적용 가능한 농공단지의 지리적·규모적 요건 명확화
  • 조세특례제한법 기본통칙 64-0…1: 기존공장을 매입하여 사업을 영위하는 경우 감면 제외
사례 Q&A
1. 농공단지 모법인 신축건물 임차 시 세액감면 가능한가요?
답변
농공단지 내 신축 건물을 모법인으로부터 최초로 임차하고 토지와 제조시설도 요건에 맞게 확보했다면 세액감면이 적용될 수 있습니다.
근거
국세청 기준-2024-법규법인-0127, 조세특례제한법 제64조, 시행령 제61조, 기본통칙 64-0…1이 근거가 됩니다.
2. 농공단지 기존공장 매입은 세액감면이 불가한가요?
답변
네, 기존공장을 매입하는 경우에는 조세특례제한법 기본통칙 64-0…1에 따라 감면이 적용되지 않습니다.
근거
조세특례제한법 기본통칙 64-0…1에 명시되어 있습니다.
3. 농공단지 감면 세액 신청은 소급가능한가요?
답변
감면 미적용 기간 경정청구를 통해 기존 과세연도의 감면 적용을 신청할 수 있습니다.
근거
국세청 회신(2024-12-24)에서는 쟁점감면 미적용 확인 후 경정청구 가능함을 안내하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

농공단지 입주기업이 「농공단지에 신축된 공장건물」을 최초로 임차하여 사업을 영위하는 경우, 감면대상에 해당하는지 여부?
➠ 기존공장을 매입하는 것이 아니므로 감면대상으로 봄이 타당

회신

내국법인이 「조세특례제한법」 제64조제1항제1호에 따른 농공단지(이하 ⁠“농공단지”) 내의 토지를 관련 법령 등에 따라 적법하게 임차하고, 해당 내국법인의 사업을 위하여 모법인이 위 농공단지에 신축한 건물을 최초로 임차한 후, 자기소유의 제조시설을 갖추어 영위한 농어촌소득원개발사업에서 발생한 소득에 대해서는 같은 법 제64조에 따른 세액감면을 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○자문대상법인은 충청남도 공주시 공주 검상농공단지에 입주한 기업으로, 반도체 제조용 고순도 인산의 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하고 있음

 ○해당 농공단지는 조특법§64에 따른 농공단지 요건을 충족하나,

  - 자문대상법인은 농공단지에 입주하면서 토지는 공주시로부터 임차하였고, 공장건물은 모(母)법인이 신축·소유한 건물을 최초로 임차하였으며, 기계장치 등 제조설비는 자문대상법인이 매입・설치함

구분

방식

내용

공장부지

임차

자문대상법인이 공주시로부터 임차

공장건물

임차

모법인 소유이며, 모법인으로부터 최초 임차

제조설비

자가

자문대상법인이 직접 매입 및 설치

 ○자문대상법인은 당초 농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면(이하 ⁠‘쟁점감면’)을 적용하지 않았으나 쟁점감면 미적용 확인 후, ’18∼’21사업연도에 쟁점감면을 적용해 달라는 내용으로 경정청구를 하였음

2. 질의요지

 ○농공단지 입주기업이 「해당 농공단지에 신축된 공장건물을 최초로 임차」하여 사업을 영위하는 경우, 감면대상에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

조세특례제한법 제64조【농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대해서는 제2항부터 제7항까지의 규정에 따라 해당 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 감면한다.

 1. 2025년 12월 31일까지 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 농공단지 중 대통령령으로 정하는 농공단지에 입주하여 농어촌소득원개발사업을 하는 내국인

② 제1항에 따른 요건을 갖춘 자의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액은 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 한다.

 1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

 2. 해당 과세연도에 제1항의 적용대상이 되는 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천5백만원[청년 상시근로자와 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 하는 감면대상사업장의 상시근로자의 경우에는 2천만원]

⑤ 제3항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 자가 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

○조특법 시행령 제61조【농공단지입주기업 등에 대한 세액감면】

① 법 제64조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 농공단지"란 수도권 과밀억제권역외의 지역으로서 농공단지지정일 현재 인구 20만 미만인 시(특별자치시와 「제주특별자치도의 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 제2항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 제2항에서 같다)에 소재하는 농공단지를 말한다.

○조특법 기본통칙 64-0…1【농공단지 입주기업 등 판정】

다음 각 호의 경우에는 법 제64조에 따른 감면을 적용하지 아니한다.

1. 농공단지・개발촉진지구 또는 지방중소기업특별지원지역(이하 ⁠“농공단지등”이라 한다) 안의 기존공장을 매입하여 사업을 영위하는 경우

출처 : 국세청 2024. 12. 24. 기준-2024-법규법인-0127 | 국세법령정보시스템