요지

2021.1.1. 이후 학술연구단체는 기획재정부장관이 지정·고시하는 경우 공익법인에 해당하는 것이고,
상속세 및 증여세법 시행령 제12조 제10호에 따른 공익법인은 법인세법 시행령 제39조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금을 받은 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업을 하는 자를 말하며 이 경우 기부금은 기획재정부장관이 별도로 지정하여 고시하는 기부금(공익목적 기부금)을 말합니다.

회신

귀 질의의 경우와 같이, 2018.2.13. 전에 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체는 구 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정된 것) 부칙 제16조에 따라 2020.12.31.까지는 공익법인(구 지정기부금단체)에 해당하나, 2021.1.1. 이후에는 같은 영 제36조 제1항 제1호 바목(현행 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목)에 따라 기획재정부장관이 지정·고시하는 경우 공익법인에 해당하는 것입니다.
또한, 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 제10호에 따른 공익법인은 법인세법 시행령 제39조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금을 받은 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업을 하는 자를 말하며, 이 경우 법인세법 시행령 제39조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금은 기획재정부장관이 별도로 지정하여 고시하는 기부금(공익목적 기부금)을 말합니다.

1. 사실관계

 ○ A법인은 ⁠「민법」제32조 및 ⁠「보건복지부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조의 규정에 의하여 ’85.10.29.에 설립되었으며,

   -내·외국인에 대한 건강검진사업, 의학분야의 조사연구사업, 의학 정보수집 및 질병예방 등을 목적사업으로 하고 있음

2. 질의요지

 ①「상증령 제12조 제9호」및「법인령 제39조 제1항 제1호 바목」에 따른 공익법인등을 해석함에 있어, 정부로부터 인허가를 받은 학술연구단체의 경우 요건을 갖추어 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시하는 법인에 한하여 해당하는 것인지 여부

 ②「상증령 제12조 제10호」및「법인령 제39조 제1항 제2호 다목」에 따른 공익법인등을 해석함에 있어, 기획재정부장관이 지정하여 고시하는 법인에 한하여 해당하는 것인지 여부

3. 관련법령

○ 상속세 및 증여세법 제16조【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】

 ① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인등의 범위】

법 제16조제1항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 ⁠“공익법인등”이라 한다)를 말한다.

 1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

 2. ⁠「초･중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 의한 학교, ⁠「유아교육법」에 따른 유치원을 설립･경영하는 사업

 3. ⁠「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

 4. ⁠「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업

 8. 「법인세법」 제24조제2항제1호에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업

 9. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 「소득세법 시행령」 제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

10. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

○ 舊 법인세법 시행령 제36조【지정기부금의 범위 등】(2018.02.13. 대통령령 제28640호로 개정된 것)

   * 법인세법 시행령 제39조【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】로 이동

 ① 법 제24조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

   1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.

   가. ⁠「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인

   나. ⁠「영유아보육법」에 따른 어린이집

   다. ⁠「유아교육법」에 따른 유치원, ⁠「초·중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 따른 학교, ⁠「근로자직업능력 개발법」에 따른 기능대학, 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

   라. ⁠「의료법」에 따른 의료법인

   마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)

   바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제3항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인

  2. 다음 각 목의 기부금

   가. ⁠「유아교육법」에 따른 유치원의 장·「초·중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 의한 학교의 장, ⁠「근로자직업능력 개발법」에 의한 기능대학의 장, ⁠「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설의 장이 추천하는 개인에게 교육비·연구비 또는 장학금으로 지출하는 기부금

   나. 「상속세 및 증여세법 시행령」 제14조제1항 각 호의 요건을 갖춘 공익신탁으로 신탁하는 기부금

   다. 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 기획재정부장관이 지정하여 고시하는 기부금

○舊 법인세법 시행령 제36조【지정기부금의 범위 등】(2018.02.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

 ① 법 제24조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

   1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.

   가. ⁠「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인

   나. ⁠「유아교육법」에 따른 유치원·「초·중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 의한 학교, ⁠「근로자직업능력 개발법」에 의한 기능대학, 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

   다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체

   라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화·예술단체(「문화예술진흥법」에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체

   마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)

   바. ⁠「의료법」에 의한 의료법인

   사.「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다) 또는 ⁠「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다) 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정한 법인

   아. 가목 내지 사목의 지정기부금단체등과 유사한 것으로서 기획재정부령이 정하는 지정기부금단체등

 2. 다음 각목의 기부금

   가. ⁠「유아교육법」에 따른 유치원의 장·「초·중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 의한 학교의 장, ⁠「근로자직업능력 개발법」에 의한 기능대학의 장, 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설의 장이 추천하는 개인에게 교육비·연구비 또는 장학금으로 지출하는 기부금

   나. 「상속세 및 증여세법 시행령」 제14조제1항 각 호의 요건을 갖춘 공익신탁으로 신탁하는 기부금

   다. 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 기획재정부령이 정하는 기부금

출처 : 국세청 2024. 04. 26. 서면-2024-법인-0632 | 국세법령정보시스템