영농자녀 증여세 감면 농지 환매 후 제3자 양도 시 취득시기 및 취득가액 산정

요지

영농자녀가 자경농민인 직계존속으로부터 증여받아 조특법 제71조에 따라 증여세를 감면받은 농지를 한국농어촌공사에 양도 후 임차기간 내 환매하여 조특법 제70의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받고 제3자에게 다시 양도하는 경우, 그 취득시기와 취득가액은 조특법 제71조제4항에 따름

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 영농자녀가 자경농민인 직계존속으로부터 증여받아「조세특례제한법」제71조에 따라 증여세를 감면받은 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」제24조의3제1항에 따라 한국농어촌공사에 양도한 후 임차기간 내 환매하여 ⁠「조세특례제한법」제70조의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받고 다시 제3자에게 양도하는 경우, 같은 조 제2항 각 호의 취득시기 및 취득가액을 적용하여 양도소득세를 계산함에 있어 그 취득시기는 자경농민인 직계존속이 해당 농지를 취득한 날로 하고, 취득가액은 자경농민의 취득 당시 취득가액을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ’10.2월 자경농민인 부친으로부터 농지(이하 ⁠“쟁점농지”)를 증여받으며 조특법§71에 따른 영농자녀등이 증여받는 농지 등에 대한 증여세의 감면을 적용받음

 ○ ’15.3월 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의3제1항에 따라 쟁점농지를 한국농어촌공사에 양도한 후 양도소득세를 신고납부하고 쟁점농지를 임차하여 직접 경작함

 ○’22.1월 쟁점농지를 환매하여 다시 취득하고 당초 납부한 양도소득세를 환급받음

 ○’22.11월 쟁점농지를 제3자에게 양도

2. 질의요지

○ 조특법§71의 영농자녀등이 증여받는 농지 등에 대한 증여세를 감면받은 농업인이 해당농지를 한국농어촌공사에 양도하고 양도소득세를 신고납부한 후 임차기간 내 환매하여 조특법§70의2①에 따라 양도소득세를 환급받은 경우, 해당 농지를 제3자에게 다시 양도시 적용되는 취득시기와 취득가액

3. 관련 법령

 ○ 조세특례제한법 제70조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 「농지법」 제2조에 따른 농업인(이하 이 조에서 "농업인"이라 한다)이 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 직접 경작한 농지 및 그 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 후 같은 법 제24조의3제3항에 따라 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지등을 같은 법 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 환매한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 농지등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다.

 ② 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 해당 농지등을 다시 양도하는 경우 그 농지등에 대한 양도소득세액은 「소득세법」 제95조제4항, 제97조제1항제1호, 제98조 및 제104조제2항에도 불구하고 다음 각 호의 취득가액 및 취득시기를 적용하여 계산한다.

  1. 취득가액: 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지등 취득 당시의 취득가액

  2. 취득시기: 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지등의 취득일

 ③ 제1항에 따라 환급받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항 및 제2항을 적용할 때 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면의 적용방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제67조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 법 제70조의2제3항에 따라 환급을 받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

  1. 농지등을 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 매매계약서 사본

  2. 해당 농지등을 한국농어촌공사로부터 환매한 환매계약서 사본

 ② 제1항에 따라 환급신청서를 제출받은 납세지 관할 세무서장이 환급을 하는 경우에 관하여는 「국세기본법」 제51조를 준용한다. 이 경우 같은 법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

 ③ 법 제70조의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 직접 농지등을 경작한 것으로 보아 제66조를 적용한다.

 ④ 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령」 제19조의6제2항에 따라 농지등의 일부에 대하여 환매를 신청한 경우 제2항에 따른 환급세액은 환매한 농지등에 대하여 납부한 양도소득세에 상당하는 금액으로 한다.

○ 조세특례제한법 제71조 【영농자녀등이 증여받는 농지 등에 대한 증여세의 감면】

 ① 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 농지ㆍ초지ㆍ산림지ㆍ어선ㆍ어업권ㆍ어업용 토지등ㆍ염전 또는 축사용지(해당 농지ㆍ초지ㆍ산림지ㆍ어선ㆍ어업권ㆍ어업용 토지등ㆍ염전 또는 축사용지를 영농조합법인 또는 영어조합법인에 현물출자하여 취득한 출자지분을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)를 농지등의 소재지에 거주하면서 영농[양축(養畜), 영어(營漁) 및 영림(營林)을 포함한다. 이하 이 조에서 같다]에 종사하는 대통령령으로 정하는 거주자(이하 이 조에서 "자경농민등"이라 한다)가 대통령령으로 정하는 직계비속(이하 이 조에서 "영농자녀등"이라 한다)에게 2025년 12월 31일까지 증여하는 경우에는 해당 농지등의 가액에 대한 증여세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 농지등

   가. 농지: 「농지법」 제2조제1호가목에 따른 토지로서 4만제곱미터 이내의 것

   나. 초지: 「초지법」 제5조에 따른 초지조성허가를 받은 초지로서 14만8천500제곱미터 이내의 것

   다. 산림지: 「산지관리법」 제4조제1항제1호에 따른 보전산지 중 ⁠「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 산림경영계획을 인가받거나 특수산림사업지구로 지정받아 새로 조림(造林)한 기간이 5년 이상인 산림지(채종림, 「산림보호법」 제7조에 따른 산림보호구역을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)로서 29만7천제곱미터 이내의 것. 다만, 조림 기간이 20년 이상인 산림지의 경우에는 조림 기간이 5년 이상인 29만7천제곱미터 이내의 산림지를 포함하여 99만 제곱미터 이내의 것으로 한다.

   라. 축사용지: 축사 및 축사에 딸린 토지로서 해당 축사의 실제 건축면적을 「건축법」 제55조에 따른 건폐율로 나눈 면적의 범위 이내의 것

   마. 어선: 「어선법」 제13조의2에 따른 총톤수 20톤 미만의 어선

   바. 어업권: 「수산업법」 제2조 또는 「내수면어업법」 제7조에 따른 어업권으로서 10만제곱미터 이내의 것

   사. 어업용 토지등: 4만제곱미터 이내의 것

   아. 염전: 「소금산업 진흥법」 제2조제3호에 따른 염전으로서 6만제곱미터 이내의 것

 ② 제1항에 따라 증여세를 감면받은 농지등을 영농자녀등의 사망 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 증여받은 날부터 5년 이내에 양도하거나 질병ㆍ취학 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 농지등에서 직접 영농에 종사하지 아니하게 된 경우에는 즉시 그 농지등에 대한 증여세의 감면세액에 상당하는 금액을 징수한다.

 ③ 제2항에 해당하는 영농자녀등은 제2항에 해당하게 되는 날이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하고 해당 증여세와 이자상당액을 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 다만, 제2항에 따라 이미 증여세와 이자상당액이 징수된 경우에는 그러하지 아니하다.

 ④ 제1항에 따라 증여세를 감면받은 농지등을 양도하여 양도소득세를 부과하는 경우 ⁠「소득세법」에도 불구하고 취득 시기는 자경농민등이 그 농지등을 취득한 날로 하고, 필요경비는 자경농민등의 취득 당시 필요경비로 한다.

 ⑥ 제1항에 따라 증여세를 감면받은 농지등은 「상속세 및 증여세법」 제3조의2제1항을 적용하는 경우 상속재산에 가산하는 증여재산으로 보지 아니하며, 같은 법 제13조제1항에 따라 상속세 과세가액에 가산하는 증여재산가액에 포함시키지 아니한다.

 ⑦ 제1항에 따라 증여세를 감면받은 농지등은 「상속세 및 증여세법」 제47조제2항에 따라 해당 증여일 전 10년 이내에 자경농민등(자경농민등의 배우자를 포함한다)으로부터 증여받아 합산하는 증여재산가액에 포함시키지 아니한다.

○ 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제71조【영농자녀등이 증여받는 농지 등에 대한 증여세의 감면】

 ① 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 농지・초지 또는 산림지(해당 농지・초지 또는 산림지를 영농조합법인에 현물출자하여 취득한 출자지분을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)를 농지등의 소재지에 거주하면서 직접 경작하는 대통령령으로 정하는 거주자[이하 이 조에서 "자경농민"(자경농민)이라 한다]가 농지등의 소재지에 거주하면서 직접 경작하는 대통령령으로 정하는 직계비속(이하 이 조에서 "영농자녀"라 한다)에게 2011년 12월 31일까지 증여하는 경우에는 해당 농지등의 가액에 대한 증여세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 농지등

   가. 농지: ⁠「지방세법」에 따라 농업소득세 과세대상(비과세・감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 농지로서 2만9천700제곱미터 이내의 것

   나. 초지: ⁠「초지법」에 따른 초지로서 14만8천500제곱미터 이내의 것

   다. 산림지: ⁠「산지관리법」에 따른 보전산지 중 ⁠「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 산림경영계획을 인가받거나 특수산림사업지구로 지정받아 새로 조림(조림)한 기간이 5년 이상인 산림지(채종림, 「산림보호법」 제7조에 따른 산림보호구역을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)로서 29만7천제곱미터 이내의 것. 다만, 조림 기간이 20년 이상인 산림지의 경우에는 조림 기간이 5년 이상인 29만7천제곱미터 이내의 산림지를 포함하여 99만 제곱미터 이내의 것으로 한다.

  2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제36조에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역 외에 소재하는 농지등

  3. ⁠「택지개발촉진법」에 따른 택지개발예정지구나 그 밖에 대통령령으로 정하는 개발사업지구로 지정된 지역 외에 소재하는 농지등

 ③ 제1항에 따라 증여세를 감면받은 농지등을 양도하여 양도소득세를 부과하는 경우 ⁠「소득세법」에도 불구하고 취득 시기는 자경농민이 그 농지등을 취득한 날로 하고, 필요경비는 자경농민의 취득 당시 필요경비로 한다. ☞ 2022.12.31. 법률 제19199호로 개정시 조특법§71④로 조문이동

 ⑤ 제1항에 따라 증여세를 감면받은 농지등은 「상속세 및 증여세법」 제3조제3항을 적용하는 경우 상속재산에 가산하는 증여재산으로 보지 아니하며, 같은 법 제13조제1항에 따라 상속세 과세가액에 가산하는 증여재산가액에 포함시키지 아니한다.

 ⑥ 제1항에 따라 증여세를 감면받은 농지등은 「상속세 및 증여세법」 제47조제2항에 따라 해당 증여일 전 10년 이내에 자경농민(자경농민의 배우자를 포함한다)으로부터 증여받아 합산하는 증여재산가액에 포함시키지 아니한다.

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

 ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

  1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

  가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

  나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

○ 소득세법 제97조의2 【양도소득의 필요경비 계산 특례】

 ① 거주자가 양도일부터 소급하여 10년* 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조제1항제1호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조제2항에 따르되, 취득가액은 그 배우자 또는 직계존비속의 취득 당시 제97조제1항제1호에 따른 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제97조제2항에도 불구하고 필요경비에 산입한다.

    * 2023.1.1. 전에 증여받은 자산은 ⁠“5년” 적용 ⁠(2022.12.31. 법률 제19196호, 부칙§18)

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

  1. 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 증여받은 경우로서 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우

  2. 제1항을 적용할 경우 제89조제1항제3호 각 목의 주택[같은 호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)을 포함한다]의 양도에 해당하게 되는 경우

  3. 제1항을 적용하여 계산한 양도소득 결정세액이 제1항을 적용하지 아니하고 계산한 양도소득 결정세액보다 적은 경우

○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

 ⑨ 상속 또는 증여(법 제88조제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분도 포함하되, 「상속세 및 증여세법」 제34조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2 및 제42조의3에 따른 증여는 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조제1항제1호가목을 적용할 때에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액(같은 법 제76조에 따라 세무서장등이 결정ㆍ경정한 가액이 있는 경우 그 결정ㆍ경정한 가액으로 한다)을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. ⁠(각호 생략)

○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

  자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

   5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의3 【경영회생 지원을 위한 농지 매입 등】

 ① 공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

 ② 공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

 ③ 제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하여 그 농지등의 환매(還買)를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격ㆍ환매가격 및 지급방법, 임대기간ㆍ임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의4 【경영회생 지원을 위한 농지의 매입 등】

 ③ 공사가 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매입하는 경우 그 매입가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

  1. 농지: ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 평가한 금액

  2. 농지에 딸린 농업용시설: ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 임대기간 만료 시점을 기준으로 평가한 금액

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의6 【농지등의 환매】

 ① 법 제24조의3제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매(還買)를 요구하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

 ② 환매권자가 제1항에 따라 환매신청을 하는 경우에는 매도한 농지등의 전부에 대하여 환매를 신청하여야 한다. 다만, 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 있는 농지등은 제외하고 환매를 신청할 수 있다.

 ④ 공사가 법 제24조의3제3항에 따라 매입한 농지등을 환매하는 경우 그 환매가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

  1. 농지: 다음 각 목의 금액 중 낮은 금액. 다만, 제3항에 따른 환매의 경우에는 가목에 따른 금액으로 한다.

   가. ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 금액

   나. 농지 매입가격과 농지 매입가격에 환매일까지 농림축산식품부장관이 농업 정책자금의 이자율 등을 고려하여 정하는 요율을 적용하여 산출한 금액을 합산한 금액

  2. 농지에 딸린 농업용시설: 해당 농업용시설의 매입가격

 ⑦ 공사는 환매권자가 법 제24조의3제3항에 따른 농지등의 임대기간 만료일까지 공사에 환매를 요구하지 아니하는 경우에는 임대기간이 끝난 후 그 농지등을 제3자에게 매도하거나 임대할 수 있다. 이 경우 그 농지등의 매도 또는 임대에 관하여는 제19조의3을 적용한다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행규칙 제19조의6 【환매신청】

 ① 영 제19조의6제1항에 따른 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)은 임차기간 만료일(영 제19조의5제2항에 따라 임차기간을 연장한 경우에는 그 연장한 임차기간의 만료일을 말한다)까지 공사에 환매(還買)를 신청하여야 한다.

 ② 영 제19조의6제3항에 따라 환매를 신청하려는 경우 필지단위로 신청하여야 하고, 환매하려는 농지에 시설물이 있는 경우에는 농지와 시설물을 함께 환매신청하여야 한다.

출처 : 국세청 2023. 08. 18. 사전-2023-법규재산-0047[법규과-2120] | 국세법령정보시스템