요지

‘기술혁신형 중소기업’으로 선정된 기업”(이하 ⁠‘피인수법인’)의 주식등을 취득하는 경우, 해당 주식거래로 인해 피인수법인이 ｢중소기업기본법｣상 중소기업의 요건을 충족하지 못하게 되더라도 ⁠“기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제”가 가능

답변내용

내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제12조의4제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 ⁠“｢중소기업 기술혁신 촉진법｣ 에 따라 ⁠‘기술혁신형 중소기업’으로 선정된 기업”(이하 ⁠‘피인수법인’)의 주식등을 취득하는 경우, 해당 주식거래로 인해 피인수법인이 ｢중소기업기본법｣상 중소기업의 요건을 충족하지 못하게 되더라도 ⁠“기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제”가 가능한 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 ’23.*.* 피인수법인의 주식 총 *,***주(33.39%, 이하 ⁠‘쟁점주식’)를 취득하여 피인수법인의 최대주주가 됨

 ○피인수법인은 ｢중소기업 기술혁신 촉진법｣(이하 ⁠‘중소기업기술혁신법’) 제15조 및 같은 법 시행령 제13조에 따라 ⁠‘기술혁신형 중소기업’으로 선정된 기업에 해당함

○ 피인수법인은 쟁점주식 취득일에 ｢중소기업기본법｣(이하 ⁠‘중기법’)상 중소기업 및 ｢중소기업기술혁신법｣상 기술혁신형 중소기업에 해당하나,

  - 쟁점주식 거래로 인해 쟁점주식 거래일에 중기법상 중소기업의 요건*을 충족하지 못하게 될 수 있음

   * ｢중소기업기술혁신법｣상 중소기업은 중기법에 따른 중소기업을 말하며(중소기업기술혁신법§2(1)), 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 주식등의 30% 이상을 직･간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업에 해당할 경우 중소기업의 요건 중 ⁠‘실질적 독립성 요건’을 충족하지 못함(중기령§3①(2)나목)

2. 질의내용

 ○ 기술혁신형 중소기업의 주식 취득 후 해당 주식거래로 인해 피인수법인이 ｢중소기업기본법｣상 중소기업의 요건을 충족하지 못하게 된 경우 ⁠‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제’가 가능한지 여부

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제12조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】

 ① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

  1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

  2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

   가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

   나. 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

  4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

  5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

 ② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 "현재지분비율"이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

  2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우

  3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.

   가. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우

   나. ⁠「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우

   다. 제13조제1항제1호에 따른 중소기업창업투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다)

 ③ 제1항제5호 및 제2항제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

 ④ 제1항 및 제2항에 따른 매입가액 및 피인수법인의 순자산시가의 계산, 지배주주등의 범위, 종전에 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다.

○조세특례제한법 시행령 제11조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】

 ① 법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.

 ② 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

  1. 취득일까지 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

  2. 취득일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

  3. 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업

  4. 취득일까지 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업

   가. ∼ 사. ⁠(생략)

 ⑨ 법 제12조의4제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다. 다만, 법 제12조의4제2항제3호의 경우는 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 4년으로 한다.

○ 중소기업 기술혁신 촉진법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "중소기업"이란 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 말한다.

  3의2. "기술혁신형 중소기업"이란 기술혁신활동을 통하여 기술경쟁력의 확보가 가능하거나 미래 성장가능성이 있는 중소기업으로서 제15조에 따라 중소벤처기업부장관이 선정한 기업을 말한다.

○ 중소기업 기술혁신 촉진법 제15조 【기술혁신형 중소기업 발굴ㆍ육성】

 ① 중소벤처기업부장관은 기술혁신형 중소기업을 발굴ㆍ육성하기 위하여 필요한 사업(이하 "기술혁신형 중소기업 육성사업"이라 한다)을 추진할 수 있다. 이 경우 중소벤처기업부장관은 비수도권 지역의 기술혁신형 중소기업을 발굴ㆍ육성하기 위하여 노력하여야 한다.

 ② 중소벤처기업부장관은 기술혁신형 중소기업 육성사업을 지원하기 위하여 필요한 경우에는 공공기관에 지원을 요청할 수 있다. 이 경우 지원을 요청받은 공공기관의 장은 특별한 사유가 없으면 지원을 위한 대책을 마련하여야 한다.

 ③ 중소벤처기업부장관은 기술혁신형 중소기업 육성사업을 추진하는 기관 또는 단체에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 출연할 수 있다.

 ④ 중소벤처기업부장관은 기술혁신형 중소기업으로 선정받으려는 기업에 평가 등에 소요되는 비용을 부담하게 할 수 있다. 이 경우 비용의 산정 및 납부에 필요한 사항은 중소벤처기업부장관이 정하여 고시한다.

 ⑤ 기술혁신형 중소기업의 선정ㆍ지원 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 중소기업 기술혁신 촉진법 시행령 제13조 【기술혁신형 중소기업 및 경영혁신형 중소기업의 선정 등】

 ① 중소벤처기업부장관은 법 제15조제1항에 따른 기술혁신형 중소기업(이하 "기술혁신형 중소기업"이라 한다) 또는 법 제15조의3제1항에 따른 경영혁신형 중소기업(이하 "경영혁신형 중소기업"이라 한다)을 선정하려면 그 선정절차와 다음 각 호의 구분에 따른 평가기준을 정하여 공고하여야 한다.

  1. 기술혁신형 중소기업의 경우에는 기술혁신성과 및 기술사업화 능력 등에 관한 사항

  2. 경영혁신형 중소기업의 경우에는 경영혁신활동 및 경영혁신성과 등에 관한 사항

 ② 중소벤처기업부장관은 제1항제1호 또는 제2호의 평가기준에 따라 기업에 대한 평가를 실시하고, 그 평가결과가 우수한 기업을 각각 기술혁신형 중소기업 또는 경영혁신형 중소기업으로 선정하여야 한다.

 ③ 중소벤처기업부장관은 제2항에 따라 기술혁신형 중소기업 또는 경영혁신형 중소기업으로 선정된 기업에 대하여 각각 기술혁신촉진지원사업 또는 법 제15조의3제1항에 따른 경영혁신형 중소기업 발굴ㆍ육성사업을 추진하는 경우에는 우선적으로 지원할 수 있다.

○ 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】

 ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

   가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

   나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

  2. ∼ 5. ⁠(생략)

○ 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】

 ① ⁠「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

   가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

   나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

   가. 삭제

   나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제3항을 준용한다. ⁠(이하생략)

출처 : 국세청 2023. 10. 25. 사전-2023-법규법인-0665[법규과-2700] | 국세법령정보시스템