요지

사업자가 쟁점사업을 수행하고 그에 대한 사업비(지방비, 민간투자금, 정부보조금)를 지방자치단체로부터 받는 경우 해당 사업비 전체금액이 용역공급에 대한 대가에 해당하는 것이며, 협약서상 사업비에 대한 부가가치세를 별도로 받기로 약정한 경우에는 해당 사업비가 공급가액이 되는 것임

답변내용

사업자가 지역 에너지신산업 활성화 지원사업(이하 ⁠“쟁점사업”)에 대한 협약을 정부 및 지방자치단체A 또는 B와 각각 체결하여 쟁점사업을 수행하고 그 결과물을 지방자치단체A 또는 B에 귀속시킨 후 해당 사업비(지방비, 민간투자금, 정부보조금)를 각 지방자치단체로부터 받는 경우 정부보조금을 포함한 해당 사업비 전액이 용역공급에 따른 대가에 해당하는 것으로서 지방자치단체A 또는 B를 공급받는 자로 하여 ⁠「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서를 발급하는 것입니다.
또한, 사업자와 정부 및 지방자치단체A 또는 B 간에 체결한 협약서상 사업비를 부가가치세 미포함 또는 부가가치세 제외로 표시한 경우 해당 사업비는 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없는 것이므로 그 금액이 같은 법 제29조제3항에 따른 부가가치세 공급가액이 되는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 주식회사 ▽▽▽(이하 ⁠“신청법인”)는 ⁠「한국전기통신공사법」에 따라 공중전기통신사업의 합리적 경영과 통신기술의 진흥도모, 국민생활 편익증진 및 공공복지 향상에 기여할 목적으로 설립된 법인으로서

  - 신재생에너지사업, 에너지 진단사업, 에너지절약 전문사업 기타 에너지 이용 합리화 관리사업을 목적사업 중 하나로 영위하고 있으며

  - 각 지역별로 진행되는 ⁠‘지역 에너지신산업 활성화 지원사업’(이하 ⁠“쟁점사업”)의 주관기관으로 참여하고 있음

 ○ ◈◈광역시(이하 ⁠“지방자치단체A")에 대한 쟁점사업① 진행

  - 신청법인은 3자간 협약[신청법인, ★★공단(전담기관), 지방자치단체A(참여기관) 간 체결]과 2자간 협약[신청법인과 지방자치단체A(참여기관) 간 체결]을 각각 체결하여 주관기관으로서 쟁점사업①을 진행

  - 각 협약에 따르면 쟁점사업①을 통하여 구축한 에너지신산업 설비(이하 ⁠“목적물”)의 소유권은 지방자치단체A가 보유하도록 규정하고 있으며(3자간 협약 제13조 및 2자간 협약 제8조)

  - 신청법인은 2018년 9월에 목적물의 납품 및 설치를 완료하여 현재 지방자치단체A가 구축물에 대한 검사를 진행 중임

  - 한편 쟁점사업①의 사업비는 정부보조금, 지방비, 민간투자금으로 구성되는데 ★★공단, 지방자치단체A, 신청법인은 쟁점사업①의 개시 시에 사업비 통장에 각 정부보조금, 지방비, 민간투자금을 입금하고

  - 신청법인은 사업비 통장으로 교부된 정부보조금, 지방비, 민간투자금을 재원으로 사업을 진행한 후에 목적물의 소유권을 지방자치단체A에 귀속시키며

  - 쟁점사업① 종료 후 5년에 걸쳐 지방자치단체A로부터 민간투자금을 지급받음으로써 신청법인은 쟁점사업①에 투입한 민간투자금을 모두 회수하는 구조임

  - 신청법인은 지방자치단체A와의 2자간 협약 시 지방자치단체A는 지방자치단체A가 부담하는 지방비 및 신청법인에 지급하여야 하는 민간투자금에 대하여 부가가치세를 지급하는 것으로 약정하였으나 정부보조금의 부가가치세에 대해서는 특별한 약정을 하지 않았음

○ ◇◇시(이하 ⁠“지방자치단체B")에 대한 쟁점사업②의 진행

  - 신청법인은 지방자치단체B에 대해서도 3자간협약[신청법인과 ★★공단(전담기관), 지방자치단체B(참여기관) 간 체결]과 2자간협약(신청법인과 지방자치단체B간 체결)을 각각 체결하여 주관기관으로서 쟁점사업을 진행

  - 쟁점사업 진행구조, 구축물의 내역, 총 사업비의 구성, 목적물의 소유권 귀속 등에서 지방자치단체A의 쟁점사업과 거의 동일하나

  - 지방자치단체B의 경우 정부보조금과 지방비에 대한 부가가치세(정부보조금 215,300,000원 + 지방비 233,800,000원)를 지방자치단체B가 별도로 지급하기로 하였음(2자간 협약 표지)

2. 질의내용

 ○ ⁠(질의1) 사업자가 지방자치단체A와 지역 에너지신산업 활성화 지원사업에 대한 협약을 체결하여 해당 사업을 수행하고 지방자치단체A로부터 사업비의 일부를 정부보조금으로 지급받는 경우 정부보조금이 부가가치세 공급가액에 포함되는지 여부

 ○ ⁠(질의2) 질의1에서 정부보조금이 부가가치세 공급가액에 포함된다고 볼 경우 정부보조금에 대한 세금계산서는 누구를 공급받는 자로 하여 발급하여야 하는지 여부

 ○ ⁠(질의3) 질의1에서 정부보조금이 부가가치세 공급가액에 포함된다고 볼 경우 정부보조금에 대한 부가가치세를 지방자치단체A가 별도로 지급하기로 하는 약정이 없는 경우 부가가치세 공급가액은 얼마로 하여야 하는지 여부

 ○ ⁠(질의4) 사업자가 지방자치단체B와 지역 에너지신산업 활성화 지원사업에 대한 협약을 체결하여 해당 사업을 수행하고 정부보조금을 지방자치단체B로부터 지급받는 경우 정부보조금에 대한 세금계산서는 누구를 공급받는 자로 하여 발급하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

 ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

  4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

○ 에너지이용 합리화법 14조【금융ㆍ세제상의 지원】

 ① 정부는 에너지이용을 합리화하고 이를 통하여 온실가스의 배출을 줄이기 위하여 대통령령으로 정하는 에너지절약형 시설투자, 에너지절약형 기자재의 제조ㆍ설치ㆍ시공, 그 밖에 에너지이용 합리화와 이를 통한 온실가스배출의 감축에 관한 사업과 우수한 에너지절약 활동 및 성과에 대하여 금융상ㆍ세제상의 지원, 경제적 인센티브 제공 또는 보조금의 지급, 그 밖에 필요한 지원을 할 수 있다.

○ 에너지이용 합리화법 제27조【에너지절약형 시설투자 등】

 ① 법 제14조제1항에 따른 에너지절약형 시설투자, 에너지절약형 기자재의 제조ㆍ설치ㆍ시공은 다음 각 호의 시설투자로서 산업통상자원부장관이 정하여 공고하는 것으로 한다.

  1. 노후 보일러 및 산업용 요로(燎爐) 등 에너지다소비 설비의 대체

  2. 집단에너지사업, 열병합발전사업, 폐열이용사업과 대체연료사용을 위한 시설 및 기기류의 설치

  3. 그 밖에 에너지절약 효과 및 보급 필요성이 있다고 산업통상자원부장관이 인정하는 에너지절약형 시설투자, 에너지절약형 기자재의 제조ㆍ설치ㆍ시공

 ② 법 제14조제1항에 따라 지원대상이 되는 그 밖에 에너지이용 합리화와 이를 통한 온실가스배출의 감축에 관한 사업은 다음 각 호의 사업으로서 산업통상자원부장관이 인정하는 사업으로 한다.

  1. 에너지원의 연구개발사업

  2. 에너지이용 합리화 및 이를 통하여 온실가스배출을 줄이기 위한 에너지절약시설 설치 및 에너지기술개발사업

  3. 기술용역 및 기술지도사업

  4. 에너지 분야에 관한 신기술ㆍ지식집약형 기업의 발굴ㆍ육성을 위한 지원사업

○ 에너지이용 합리화법 제45조【★★공단의 설립 등】

 ① 에너지이용 합리화사업을 효율적으로 추진하기 위하여 ★★공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립한다.

 ② 정부 또는 정부 외의 자는 공단의 설립ㆍ운영과 사업에 드는 자금에 충당하기 위하여 출연을 할 수 있다.

출처 : 국세청 2019. 05. 22. 사전-2019-법령해석부가-0177[법령해석과-1291] | 국세법령정보시스템