요지

공사가 공사에 법률적으로 종속 또는 고용됨이 없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 국유사업자에 공사사옥 중 일부를 제공하는 경우 부동산임대용역을 제공한 것으로서 과세대상임, 다만, 국유사업자가 사업상 공사와 독립하여 재화 또는 용역을 공급하는 사업자인지 여부는 사실판단사항임

회신

기획재정부장관으로부터 국유재산의 관리·처분사무를 수탁받은 A공사(이하“공사”)가 공사사옥 중 일부를 A공사국유재산관리(이하“국유사업자”)에 제공하고 그 대가를 받은 경우로서 해당 국유사업자가 공사에 법률적으로 종속 또는 고용됨이 없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자에 해당하는 경우 공사는 국유사업자에게 부동산임대용역을 제공하는 것으로서 ⁠「부가가치세법」제4조에 따라 부가가치세가 과세되는 것이며, 이 경우 공사가 해당 사옥을 취득하면서 부담한 부가가치세액이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에 해당하는 경우 같은 법 시행령 제81조제1항 및 제4항에 따라 안분계산하는 것입니다.
다만, 국유사업자가 사업상 공사와 독립하여 재화 또는 용역을 공급하는 사업자인지 여부는 계약내용, 거래형태 등을 종합하여 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○ A공사(이하 ⁠“공사”)는 ⁠「금융회사 부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」(이하 ⁠“공사법”)에 따라 금융회사 등의 자산 유동성과 건전성을 향상시켜 금융산업 및 국민경제의 발전에 이바지할 목적으로 설립된 회사로

  - 공사법 제26조제1항제10호 및 「국유재산법 시행령」제38조제3항에 따라 기획재정부로부터 국유재산의 관리·처분 사무를 수탁 받아 국유재산 관리 등의 업무를 수행하고 있음

 ○ 공사는 국유재산 관리·처분 사무를 수행하면서 ⁠「국유재산법」에 따라 공사의 고유회계*와 국유회계를 구분하여 회계처리하고 있으며, 국유재산 관리업무를 수행하는 직원 및 사무공간 등도 분리하여 운영하고 있음

   * 공사의 고유회계에 해당하는 업무는 ⁠「부가가치세법」상 금융·보험용역의 범위에 포함되어 부가가치세 면세를 적용하고 있음

  - 즉, 국유회계는 별도로 사업자등록(220-82-*****, 상호 : A공사국유재산관리, 대표 : AAA, 업종 : 부동산업)을 하여 회계처리하고 있으며, 국유재산 임대용역에 대하여는 부가가치세 과세로 적용하여 신고하고 있음

 ○ 공사는 국유재산 관리 등의 업무를 수행하면서 발생되는 비용에 대하여 A공사국유재산관리(이하 ⁠“국유사업자”)와 정산(인건비 등)을 실시하고 있으며, 비용정산*과 별도로 관리수수료**를 수취하고 있음

   * ⁠「국유 일반재산의 위탁에 관한 규칙」 제12조에 따라 지출 정산

   ** 국유사업자로부터 수취하는 수수료에 대하여는 국세청 질의회신(서면인터넷방문상담3팀-2378, 2007.8.24.)에 따라 부가가치세 면세 적용

 ○ 공사는 2012.2.7. @@(주)와 분양계약을 체결한 후 계약금, 1～4회차 중도금 및 잔금(토지 119억원, 건물 776억원, 건물분 부가가치세 77.6억원, 총액 973억원)을 지급하고 사옥을 취득하였음

 ○ 공사는 사옥 면적 중 국유재산 관리 등에 사용되는 면적에 대하여 국유사업자로부터 임대료 및 관리비용을 수취(부가가치세 포함)하고 매출 세금계산서*를 발행하고 있으나

  - 사옥 취득시 발생한 매입세액에 대하여는 국유사업자 사용면적에 대하여 면적비율로 안분한 매입세액을 공제받지 않고 있음

   * 2017년도 매출실적 : 공급가액 1,790백만원, 부가가치세액 179백만원

2. 질의내용

 ○ ⁠(질의1) 공사가 사옥 면적 중 국유재산 관리 등에 사용되는 면적에 대하여 국유사업자로부터 임대료 및 관리비용을 수취하는 경우 부가가치세가 과세되는 부동산임대용역을 제공한 것으로 볼 수 있는지 여부

 ○ ⁠(질의2) 공사가 사옥 취득시 부담한 부가가치세액을 부가령 제81조에 따라 안분계산하여 공제할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제2조【정의】

   이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

○ 부가가치세법 제3조【납세의무자】

   다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

  1. 사업자

○ 부가가치세법 제6조【납세지】

 ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

 ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제8조【사업장】

 ① 법 제6조제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.

  15. 부동산임대업 : 부동산의 등기부상 소재지

○ 부가가치세법 제8조【사업자등록】

 ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

   사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

 ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

  1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 시행령 제82조【공통매입세액의 정산】

   사업자가 제81조제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

  2. 제81조제4항제3호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우

○ 부가가치세법 시행규칙 제54조【공통매입세액 안분 계산】

 ② 영 제81조제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.

○ 국유재산법 제2조【정의】

   이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "국유재산"이란 국가의 부담, 기부채납이나 법령 또는 조약에 따라 국가 소유로 된 제5조제1항 각 호의 재산을 말한다.

  2. "기부채납"이란 국가 외의 자가 제5조제1항 각 호에 해당하는 재산의 소유권을 무상으로 국가에 이전하여 국가가 이를 취득하는 것을 말한다.

  3. "관리"란 국유재산의 취득ㆍ운용과 유지ㆍ보존을 위한 모든 행위를 말한다.

  4. "처분"이란 매각, 교환, 양여, 신탁, 현물출자 등의 방법으로 국유재산의 소유권이 국가 외의 자에게 이전되는 것을 말한다.

  6. "정부출자기업체"란 정부가 출자하였거나 출자할 기업체로서 대통령령으로 정하는 기업체를 말한다.

  10. "총괄청"이란 기획재정부장관을 말한다.

○ 국유재산법 시행령 제2조【정부출자기업체의 범위】

   「국유재산법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제6호에서 "대통령령으로 정하는 기업체"란 별표 1에 규정된 기업체를 말한다.

[별표1] 정부출자기업체의 범위(제2조 관련)

  1. ⁠「금융회사 부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」에 따른 한국자산관리공사

○ 국유재산법 시행령 제38조【관리ㆍ처분기관】

 ③ 총괄청은 법 제42조제1항에 따라 다음 각 호의 일반재산의 관리ㆍ처분에 관한 사무(관리ㆍ처분과 관련된 소송업무를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 및 이미 처분된 총괄청 소관 일반재산의 처분과 관련된 소송업무(제4항제2호에 따른 소송업무는 제외한다)를 한국자산관리공사에 위탁한다.

  1. 국세물납에 따라 취득한 일반재산

  2. 법 제40조제2항 본문에 따라 용도폐지되어 총괄청에 인계된 재산

  4. 법 제59조의2제2항 전단에 따른 출자로 인하여 취득한 증권

  5. 제47조에 따라 대여의 방법으로 운용하기 위하여 총괄청이 지정하는 증권

  6. 제79조에 따른 청산법인의 청산이 종결됨에 따라 국가에 현물증여되는 재산

  7. 그 밖에 일반재산의 효율적 관리ㆍ처분을 위하여 총괄청이 지정하는 재산

○ 금융회사 부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률 제26조 【업무】

 ① 공사는 다음 각 호의 업무를 수행한다.

  10. 법령에 따라 국가기관 등으로부터 수임받은 재산의 관리ㆍ처분, 채권의 보전ㆍ추심 및 해당 재산의 가치의 보전ㆍ증대 등을 위한 관련 재산의 매입과 개발

○ 국유재산의 위탁에 관한 규칙 제11조【자체계정과 위탁계정의 구분】

 ① 한국자산관리공사는 위탁사무를 수행할 때 한국자산관리공사 자체의 수입과 지출에 관한 계정(이하 "자체계정"이라 한다)과 위탁재산의 수입과 지출에 관한 계정(이하 "위탁계정"이라 한다)을 구분하여 회계처리하여야 한다.

 ② 한국자산관리공사는 위탁계정에 속하는 수입을 자체계정의 비용으로 지출할 수 없다.

○ 국유재산의 위탁에 관한 규칙 제12조【위탁계정의 수입과 지출】

 ① 위탁계정의 수입은 다음 각 호와 같다.

  1. 위탁재산의 매각대금, 대부료 및 변상금

  2. 제1호의 수입과 관련하여 발생한 연체료, 이자 등

  3. 그 밖에 위탁재산으로부터 발생한 수입

 ② 위탁계정의 지출은 다음 각 호와 같다.

  1. 제13조에 따른 위탁료

  2. 위탁사무와 관련된 한국자산관리공사의 일반인건비, 급여성 복리후생비를 포함한 총액인건비

  3. 위탁사무와 관련하여 반복적으로 지출되는 비급여성 복리후생비, 여비, 교육훈련비, 비품비, 업무추진비, 통신비 등 경상경비

  4. 위탁사무와 관련하여 지출하는 수선유지비, 각종 세금과 공과금, 등기비용, 소송비용, 보험료, 감정평가비 등 재산경비

 ③ 제2항제2호부터 제4호까지의 규정에 해당하는 경비의 세부 계정과목은 총괄청이 한국자산관리공사와 협의하여 정한다.

○ 국유재산의 위탁에 관한 규칙 제13조【위탁료】

   총괄청은 해당 연도의 위탁료를 제10조에 따른 평가 결과를 반영하여 제12조제2항제2호에 따른 총액인건비 지출금액의 10퍼센트 범위에서 정한다.

출처 : 국세청 2018. 11. 08. 서면-2018-법령해석부가-2099[법령해석과-2957] | 국세법령정보시스템