요지

「발명진흥법」에 따른 직무발명보상금을 종업원에게 지출하는 경우 해당 지출액은「조세특례제한법 시행령」별표6 의 1.연구개발 라목에 따라 연구인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 포함되는 것임

회신

내국법인이 ⁠「발명진흥법」에 따른 직무발명보상금을 종업원에게 지출하는 경우 해당 지출액은「조세특례제한법 시행령」별표6 의 1.연구개발 라목에 따라 연구・인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 포함되는 것이나, 귀 질의의 보상형태가「발명진흥법」에 따른 정당한 직무발명보상금에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 현재 직무발명보상제도를 운영 중인 법인으로, 직무발명을 장려하기 위해

  - 기존 업무량은 줄어주고 발명에 좀 더 많은 시간을 할애할 수 있도록 일정기간 동안 사내 연구소 등으로 순환보직을 시행하려고 함

2. 질의내용

 ○ 직원의 기본급을 낮추고 직무발명이 완성된 경우 기존 급여와의 차액 등을 직무발명보상금으로 지급하는 경우

  - 연구·인력개발비 세액공제 대상 직무발명보상금에 해당하는지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제9조【연구·인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구·인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐업하였을 때

2. 법인이 해산하였을 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 연구·인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항제2호 또는 제3항에 따라 연구·인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구·인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

⑥ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구·인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다.

○조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

가. 기업유형에 따른 비율

1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

2. 삭제

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우: 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력·원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.

○조세특례제한법시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

③ 법 제9조제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 제1호의 금액에 제2호의 기간과 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 연구ㆍ인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도에 그 준비금을 손금에 산입하지 아니하고 계산한 소득세액 또는 법인세액에서 그 준비금을 손금에 산입하여 계산한 소득세액 또는 법인세액을 뺀 금액

2. 손금에 산입한 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 익금에 산입한 과세연도의 종료일까지의 기간

3. 1일 1만분의 3

④ 법 제9조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 연구ㆍ인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다.

○ 발명진흥법 제2조【정의】

 2. "직무발명"이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 "종업원등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자・법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

○ 특허법 제39조 【직무발명】(2006.3.3. 법률7869호로 개정되기 전의 것)

 ①종업원・법인의 임원 또는 공무원(이하 "종업원등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자・법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다)의 업무범위에 속하고, 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명(이하 "직무발명"이라 한다)에 대하여 종업원등이 특허를 받았거나 특허를 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허를 받았을 때에는 사용자등은 그 특허권에 대하여 통상실시권을 가진다.

○ 특허법 제40조 【직무발명에 대한 보상】(2006.3.3. 법률7869호로 개정되기 전의 것)

 ①종업원등은 직무발명에 대하여 특허를 받을 수 있는 권리 또는 직무발명에 대한 특허권을 계약 또는 근무규정에 의하여 사용자등으로 하여금 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

 ② 제1항의 규정에 의한 보상의 액을 결정함에 있어서는 그 발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자등 및 종업원등이 공헌한 정도를 고려하여야 한다. 이 경우 보상금의 지급기준에 관하여 필요한 사항은 대통령령 또는 조례로 정한다.

○발명진흥법 제15조 【직무발명에 대한 보상】

① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.

③ 사용자등은 제2항에 따른 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 한다. 다만, 보상규정을 종업원등에게 불리하게 변경하는 경우에는 해당 계약 또는 규정의 적용을 받는 종업원등의 과반수의 동의를 받아야 한다.

④ 사용자등은 제1항에 따른 보상을 받을 종업원등에게 제2항에 따른 보상규정에 따라 결정된 보상액 등 보상의 구체적 사항을 문서로 알려야 한다.

⑤ 사용자등이 제3항에 따라 협의하여야 하거나 동의를 받아야 하는 종업원등의 범위, 절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다. 다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 공무원의 직무발명에 대하여 제10조제2항에 따라 국가나 지방자치단체가 그 권리를 승계한 경우에는 정당한 보상을 하여야 한다. 이 경우 보상금의 지급에 필요한 사항은 대통령령이나 조례로 정한다.

4. 관련사례

○ 사전-2015-법령해석법인-0316, 2015.10.16.

  위 사전답변 신청의 경우, 내국법인이 ⁠「발명진흥법」에 따른 직무발명보상금을 임원에게 지출하는 경우 해당 지출액은「조세특례제한법 시행령」별표6 1.연구개발, 라목의 연구・인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 포함되는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-978, 2006.05.30.

  주주인 대표이사가 직무와 관련하여 제품을 독자개발하여 특허권을 취득한 대가에 따라 법인이 주주총회에서 결정된 지급기준에 의하여 동 대표이사에게 지급하는 금액은 조세특례제한법 제10조의 연구인력개발비에 대한 세액공제를 적용할 수 없는 것이나, 해당 금액이 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 대상을 제외하고는 법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입할 수 있는 것임

○ 대법원2013두2655, 2013.06.27.

  구 조세특례제한법 시행령(2008. 10. 7. 대통령령 제21064호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 ⁠[별표 6] 제1호 ⁠(라)목(이하 ⁠‘이 사건 규정’이라 한다)은 연구・인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 ⁠‘당해 기업이 그 종업원에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 들고 있다. 이 사건 규정이 직무발명보상금으로 지출한 금액을 연구・인력개발비로 보아 내국법인의 법인세에 관한 세액공제 대상으로 정한 취지는 조세지원을 통해 기업의 연구개발을 장려하고 촉진하고자 함에 있는 점, 2008. 10. 7. 대통령령 제21064호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 [별표 6] 제1호 ⁠(라)목은 ⁠‘종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 세액공제 대상이 되는 직무발명보상금으로 규정함으로써 임원에게 지출한 직무발명보상금도 세액공제 대상이 됨을 분명히 하였던 점, 조세특례제한법 제12조는 기술이전소득 등에 대한 과세특례를 규정하면서 내국법인과 특수관계에 있는 자에게 지급한 금액을 세액공제 대상에서 제외하도록 명시적으로 규정하고 있는 반면, 구 조특법 제10조 제1항은 특수관계자에게 지급한 직무발명보상금을 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 규정 소정의 직무발명보상금이란 구 특허법(2006. 3. 3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 특허법’이라 한다) 제39조 제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조 제2호 등이 규정한 직무발명보상금을 뜻하는 것으로 보아야 하고, 임원이나 특수관계자에게 지급하는 직무발명보상금이라고 하더라도 이를 세액공제 대상에서 제외할 것은 아님. 또한 구 특허법 제39조 제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조 제2호, 제15조 등이 직무발명을 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ⁠‘종업원 등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자・법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ⁠‘사용자 등’이라 한다)의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명으로 규정하고, 그 보상액을 그 발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자 등 및 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여 산정하도록 규정하고 있으므로(더욱이 발명진흥법 제15조 제2항은 보상에 관하여 근무규정 등에서 정하는 경우에는 그에 따른 보상이 일정한 상황을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다고 규정하고 있다), 그러한 요건을 갖춘 직무발명에 관하여 위와 같은 점을 감안하여 산정된 직무발명보상금이라면, 구 조특법 제10조 제1항이 허용하는 한도 내의 금액은 특별한 사정이 없는 한 연구・인력개발비 세액공제 대상이 된다고 할 것임

○ 심사법인2013-0030, 2013.07.16.

  직무발명보상금으로 지출한 금액을 연구・인력개발비로 보아 내국법인의 법인세에 관한 세액공제 대상으로 정한 취지는 조세지원을 통해 기업의 연구개발을 장려하고 촉진하고자 함에 있는 점, 2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 [별표 6] 제1호 ⁠(라)목은 ⁠‘종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 세액공제 대상이 되는 직무발명보상금으로 규정함으로써 임원에게 지출한 직무발명보상금도 세액공제 대상이 됨을 분명히 하였던 점, 조세특례제한법 제12조는 기술이전소득 등에 대한 과세특례를 규정하면서 내국법인과 특수관계에 있는 자에게 지급한 금액을 세액공제 대상에서 제외하도록 명시적으로 규정하고 있는 반면, 구 조특법 제10조 제1항은 특수관계자에게 지급한 직무발명보상금을 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 직무발명보상금이란 구 특허법(2006.3.3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 특허법’이라 한다) 제39조 제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조 제2호 등이 규정한 직무발명보상금을 뜻하는 것으로 보아야 하고, 임원이나 특수관계자에게 지급하는 직무발명보상금이라고 하더라도 이를 세액공제 대상에서 제외할 것은 아니므로(대법원 2013두2655, 2013.6.27.) BBB이 임원의 직위에 있으면서 청구법인의 연구전담요원으로서 직무발명보상금을 받아 연구・인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 하여 연구・인력개발비 세액공제를 부인한 처분청의 처분은 잘못이 있다고 판단됨

출처 : 국세청 2018. 01. 25. 서면-2017-법인-1724[법인세과-209] | 국세법령정보시스템