요지

내국법인이 토지 및 건물 등을「사립학교법」에 따른 학교법인에 기부(출연)하는 경우에는「법인세법」제55조의2 규정을 적용하지 않는 것임

회신

내국법인이 토지 및 건물 등을「사립학교법」에 따른 학교법인에 기부(출연)하는 경우에는「법인세법」제55조의2 규정을 적용하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 대학원대학교와 중․고등학교를 같이 운영하는 학교법인으로 주무관청의 분할승인을 얻어 대학원대학교(신설)와 중․고등학교(존속)를 분할할 예정으로

* 질의법인은「사립학교법」에 따른 학교법인에 해당

- 질의법인은 신설학교법인의 고유목적사업으로 직접 사용할 교육용부동산(토지, 건축물 등)과 수익사업용 부동산(임대사업)^*을 기부(출연)할 예정임

* 출연받은 자산으로부터 얻은 수익은 사립학교의 교육비·장학금 및 연구비로 사용

2. 질의내용

○ 학교법인이 분할하여 신설하는 학교법인에 수익용 자산 등을 기부(출연)하는 경우 토지등 양도소득세를 신고·납부하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금과 제13조제1호에 따른 결손금의 합계액

② 제1항과 제29조는 다음 각 호의 기부금(이하 "법정기부금"이라 한다)에 대하여는 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "법정기부금의 손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다

1. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, ⁠「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.

2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액

3. 천재지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액

4. 다음 각 목의 기관(병원은 제외한다)에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

가.「사립학교법」에 따른 사립학교

나. 비영리 교육재단(국립ㆍ공립ㆍ사립학교의 시설비, 교육비, 장학금 또는 연구비 지급을 목적으로 설립된 비영리 재단법인으로 한정한다)

다.「근로자직업능력 개발법」에 따른 기능대학

라.「평생교육법」에 따른 전공대학의 명칭을 사용할 수 있는 평생교육시설 및 원격대학 형태의 평생교육시설

마.「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관

바.「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

사.「한국과학기술원법」에 따른 한국과학기술원,「광주과학기술원법」에 따른 광주과학기술원, ⁠「대구경북과학기술원법」에 따른 대구경북과학기술원 및 ⁠「울산과학기술원법」에 따른 울산과학기술원

(이하 생략)

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1.·2. ⁠(생략)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② ⁠(생략)

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① ⁠(생략)

② ⁠(생략)

③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정 고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업 인정고시일부터 2년 이전인 토지

3. 법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

4.「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○ 사립학교법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "사립학교"란 학교법인, 공공단체 외의 법인 또는 그 밖의 사인(私人)이 설치하는「유아교육법」제2조 제2호, ⁠「초·중등교육법」 제2조 및 ⁠「고등교육법」제2조에 따른 학교를 말한다.

2. "학교법인"이란 사립학교만을 설치·경영할 목적으로 이 법에 따라 설립되는 법인을 말한다.

3. "사립학교경영자"란 ⁠「유아교육법」, ⁠「초·중등교육법」, ⁠「고등교육법」및 이 법에 따라 사립학교를 설치·경영하는 공공단체 외의 법인(학교법인은 제외한다) 또는 사인을 말한다.

4. "임용"이란 신규채용, 승진, 전보(轉補), 겸임, 파견, 강임(降任), 휴직, 직위해제, 정직(停職), 복직, 면직, 해임 및 파면을 말한다.

○ 사립학교법 제3조【학교법인이 아니면 설립할 수 없는 사립학교 등】

① 학교법인이 아닌 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사립학교를 설치·경영할 수 없다. 다만, ⁠「초·중등교육법」제52조 제2항의 규정에 의하여 산업체가 그 고용근로청소년의 교육을 위하여 중학교 또는 고등학교를 설치·경영하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 초등학교·중학교·고등학교·특수학교·대학

2. 삭제

3. 산업대학·사이버대학·전문대학·기술대학

4. 대학·산업대학·전문대학 또는 기술대학에 준하는 각종대학

4. 관련사례

○ 법인세과-2486, 2017.9.14.

내국법인이 수익사업에 사용되는 토지 및 건물을「사립학교법」에 따른 사립학교(학교법인이 수령하여 사립학교에 전출처리 하는 경우 포함)에 시설비・교육비・장학금 또는 연구비에 충당할 목적으로 출연하는 경우에는「법인세법」제24조 제2항의 규정에 따라 법정기부금으로 보는 것임

○ 법인, 법인46012-1113, 2001.12.10.

법인이 토지를 지방자치단체에 무상으로 기증하는 경우에는「법인세법」 제121조의 규정에 의한 계산서의 작성ㆍ교부의무가 없는 것이며 동법 제102조의 규정에 의한 특별부가세의 신고ㆍ납부 의무도 없는 것임

○ 법인, 법인22601-61, 1992.1.9.

(질의) 법인이 소유하고 있는 나대지를(사단법인)한국개신교협의회소속 대한예수교장로회 개혁총회에 무상으로 기부하는 경우

7) 나대지의 무상기증이 특별부가세의 과세대상인지의 여부

(회신) 질의7의 경우 법인이 토지를 무상으로 증여한 경우에는 ⁠「법인세법」제59조의2 제2항의 양도로 보지 아니하는 것임

○ 국심97중991, 1997.11.21.

처분청은「법인세법」제20조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 쟁점부동산의 시가상당액을 익금산입하여 법인세를 결정고지하면서 쟁점부동산의 무상 이전이 자산의 양도에 해당한다고 보아 양도가액은 양도시의 기준시가로, 취득가액은 장부상의 원가로 양도차익을 계산하여 특별부가세를 68,839,685원을 포함하여 고지하였음

살피건대, 특별부가세란 법인이 소유하고 있는 세법이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리 및 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 부과하는 세목이고,「법인세법」제59조의 2조 제2항에 의하면 ⁠“양도”란 토지 등에 대한 등기여부에 관계하지 아니하고 매도ㆍ교환 및 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등의 소유권이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하므로 청구법인이 특수관계자인 청구외 홍〇〇에게 쟁점부동산을 무상으로 이전한 사실에 대해 처분청과 청구법인간에 다툼이 없는 이 건에서 처분청이 특별부가세를 과세한 처분은 부당하다 할 것임

출처 : 국세청 2018. 08. 30. 서면-2018-법인-1454[법인세과-2385] | 국세법령정보시스템