요지

A조합원입주권과 B주택을 소유하다 C주택을 취득한 후 A조합원입주권과 B주택을 같은 날 양도하고 B주택을 먼저 양도한 것으로 선택한 경우로서 C주택을 취득한 날부터 3년 이내에 A조합원입주권을 양도하는 경우에는 비과세(양도가액 9억원 초과분은 과세)가 되는 것이며 1세대1주택에 해당하는 조합원입주권은 같은 법 제95조 제2항 표2에 따른 공제율을 적용함

답변내용

1세대가「소득세법」제89조 제2항에 따른 1조합원입주권(A조합원입주권)과 1주택(B주택)을 소유하다 1주택(C주택)을 취득한 후 A조합원입주권과 B주택을 같은 날 양도하고 B주택을 먼저 양도한 것으로 선택한 경우로서, C주택을 취득한 날부터 3년 이내에 A조합원입주권을 양도하는 경우에는 같은 법 제89조제1항제4호나목에 따라 비과세(양도가액 9억원 초과분은 과세)가 되는 것이며, 1세대1주택에 해당하는 조합원입주권의 양도소득금액을 산정하는 경우에는 같은 법 제95조제2항 표2에 따른 공제율을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 2003.6. 신청인(이하 ⁠“갑”)과 신청인의 배우자(이하 ⁠“을”)는 서울시 동작구 00동 A주택을 공동으로 취득함(각각 1/2 지분)

 ○ 2015.6. A주택은 주택재개발사업에 의한 관리처분계획인가 고시되어 A조합원입주권으로 전환

    * A주택은 1세대1주택 비과세 요건 충족하며 A조합원입주권은 소득법§89②에 따른 조합원입주권임을 전제함

 ○ 2015.8. 갑과 을은 서울시 동작구 **동 B주택을 공동으로 취득함(각각 1/2 지분)

 ○ 2017.12. 신청인과 신청인의 배우자는 서울시 동작구 **동 C주택을 공동으로 취득함(각각 1/2 지분)

 ○ 2017.12. 갑과 을은 B주택과 A조합원입주권을 양도함

2. 질의내용

 ○ 1세대가 ⁠「소득세법」제89조제2항에 따른 1조합원입주권과 일반주택을 보유하다가 1주택을 취득한 후 1조합원입주권과 일반주택을 같은 날에 양도하는 경우로서 일반주택을 먼저 양도한 것으로 선택하는 경우 양도하는 1조합원입주권의 양도소득이 비과세(고가주택) 대상인지 및 장기보유특별공제 적용 방법

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

  4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

　가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

　나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

 ② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 ⁠「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만,「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

○ 소득세법 시행령 제154조의2【공동소유주택의 주택 수 계산】

1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 이 영에 특별한 규정이 있는 것 외에는 주택 수를 계산할 때 공동 소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 본다

○ 소득세법 시행령 제159조의3【장기보유특별공제】

 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 게산】

 ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

 1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

 2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

 ② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다.

○ 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

 ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

  1. 제1항제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간

○ 소득세법 기본통칙 89-154…6【대지와 건물을 세대원이 각각 소유하고 있는 경우 1세대 1주택여부】

 1세대1주택의 비과세요건을 갖춘 대지와 건물을 동일한 세대의 구성원이 각각 소유하고 있는 경우에도 이를 1세대1주택으로 본다.

출처 : 국세청 2018. 02. 28. 사전-2018-법령해석재산-0017[법령해석과-549] | 국세법령정보시스템