요지

공단이 국가등으로부터 사업을 위탁받아 대행하는 경우 위탁수수료와 사업비를 공급가액으로 하여 과세사업인 경우는 세금계산서, 면세사업인 경우는 계산서를 발급하는 것임

답변내용

｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 한국수산자원공단이 같은 법 제55조의2제3항에 따른 사업을 국가‧지방자치단체(이하 ⁠“국가등”)로부터 위탁받아 대행하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조에 따라 2021.4.1. 이후 공급분부터 부가가치세가 면제되는 것이나 ｢수산자원관리법｣ 제55조의2제3항 외의 사업을 위탁받아 대행하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이며 이 경우 한국수산자원공단이 사업을 대행하고 그 대가로 국가등으로부터 지급받은 위탁수수료와 사업비를 공급가액으로 하여 과세사업인 경우 ｢부가가치세법｣ 제32조에 따른 세금계산서를, 면세사업인 경우 ｢법인세법｣ 제121조에 따른 계산서를 각각 발급하는 것임

 ○ 한국수산자원공단(이하 ⁠“신청공단”)은 수산자원관리 사업 수행 등을 위하여 ｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 법인이며 ’21.2.17. ｢조세특례제한법 시행령｣의 개정으로 정부업무대행단체에 지정됨

 ○ 이에 따라 신청공단이 ｢수산자원관리법｣ §55의2③의 사업 중 국가‧지방자치단체의 업무를 대행‧위탁받아 수행하는 사업은 ’21.4.1. 이후 공급분부터 면세로 전환됨

 질의사업①>

 ○ 신청공단은 ’21.3월 PP군과 협약을 체결하여 바다목장 조성을 위한 업무를 대행하고 PP군으로부터 사업비와 위탁수수료를 지급받기로 함

 ○ 대행업무의 범위는 바다목장 조성을 위한 정밀조사, 계획수립, 기반조성, 환경관리, 효과조사, 모니터링 등에 관한 사항이며

  - PP군은 신청공단의 대행업무에 대하여 보고하게 하거나 지도‧감독할 수 있고 사업수행과 관련하여 발생되는 사고, 민원, 분쟁 등은 신청공단이 책임을 부담함

 ○ 사업비는 장비재료비, 사업활동비, 외주위탁사업비로 구성되며 수수료는 사업비의 8%임

 질의사업②>

 ○ 신청공단은 ｢해양공간계획 및 관리에 관한 법률｣(이하 ⁠“해양공간계획법”) §20에 따른 해양공간계획평가 전문기관으로서

  - ’21.1월 해양수산부장관과 ⁠‘해양공간계획평가 운영관리 위탁사업 협약’을 체결하여 해양공간 이용에 대한 필요성‧타당성‧효율적 가치 등을 검토하고 개선안을 마련(의견 제출)하는 사업을 수행하기로 함

 ○ 수행과정에서 생산된 각종 보고서, 조사자료, 저작권 등 성과품은 발주처(국가)의 소유로 하며 과업 완료 시 발주처에 제출하여야 함

 ○ 사업비는 사업활동비와 외주위탁비로 구성되고 수수료는 사업비의 5.7%임

 ※ 신청공단은 질의사업②는 과세대상임을 전제로 질의

2. 질의내용

 ○ 정부업무대행단체인 공단이 국가‧지방자치단체 등으로부터 사업을 위탁받아 수행하고 사업비와 위탁수수료를 지급받는 경우 공급가액 및 세금계산서 발급방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우:그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

○ 법인세법 제121조【계산서의 작성·발급 등】

  ① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

  ⑥ ｢부가가치세법｣에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서등을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

○ 법인세법 시행령 제164조【계산서의 작성·교부 등】

  ① ｢소득세법 시행령｣ 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성·교부에 관하여 이를 준용한다.

○ 소득세법 시행령 제212조【매출‧매입처별계산서합계표의 제출 등】

  ② 제211조의 계산서의 작성‧교부 및 제1항의 매출‧매입처별계산서합계표의 제출에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 ｢부가가치세법｣ 제32조부터 제35조까지 및 제54조와 같은 법 시행령 제69조부터 제72조까지 및 제97조부터 제99조까지의 규정을 준용한다.

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

   6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

  ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

   58. ｢수산자원관리법｣ 제55조의2에 따른 한국수산자원공단

  ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다.다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

   1. 소매업‧음식점업‧숙박업‧욕탕업 및 예식장업

   2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조제2항에 규정된 사업

   3. 부동산임대업

   4. 골프장‧스키장 및 기타 운동시설 운영업

   5. 수상오락서비스업

   6. 유원지‧테마파크운영업

   7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

  ② 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표10 ⁠[정부업무대행단체의 면세사업]

○ 조세특례제한법 시행령 부칙

  제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제58호‧제59호 및 제115조제3항부터 제19항까지의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행하고, 제104조의5제7항 및 제110조제1항의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하며, 제84조의 개정규정은 2023년 1월 1일부터 시행하고, 별표 6 제2호 아목의 개정규정은 2021년 6월 23일부터 시행한다.

  제11조(정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항제58호 및 제59호의 개정규정은 2021년 4월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.

○ 수산자원관리법 제2조【정의】

  ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   2. "수산자원관리"란 수산자원의 보호‧회복 및 조성 등의 행위를 말한다.

   5. "바다목장"이란 일정한 해역에 수산자원조성을 위한 시설을 종합적으로 설치하고 수산종자를 방류하는 등 수산자원을 조성한 후 체계적으로 관리하여 이를 포획‧채취하는 장소를 말한다.

○ 수산자원관리법 제55조의2【한국수산자원공단】

  ① 정부는 수산자원을 보호‧육성하고 어장관리 및 기술을 연구‧개발‧보급하는 등 수산자원관리 사업을 원활히 수행하기 위하여 한국수산자원공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립‧운영한다.

  ③ 공단은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

   1. 인공어초‧바다숲‧바다목장의 조성과 수산종자의 방류 등 수산자원조성사업

   2. 수산자원조성사업과 관련되는 기술개발, 대상해역 적지조사, 생태환경조사, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업

   3. 수산자원의 관리를 위한 총허용어획량 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업

   4. 수산자원관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업(제3조제5호에 따른 ｢내수면어업법｣의 내수면 수산자원조성사업을 포함한다)

   5. 그 밖에 수산자원관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업

○ 수산자원관리법 제47조의3【공단의 사업】

  법 제55조의2제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

   1. 수산자원의 생태체험 및 이용사업

   2. 수산자원 브랜드의 가치 제고 및 관련 시설 운영 사업

   3. 수산자원관리 사업에 필요한 외국과의 교류‧협력사업

   4. 수산자원 정보화사업

○ 해양공간계획 및 관리에 관한 법률 제20조【해양공간계획평가 전문기관의 지정 등】

  ① 해양수산부장관은 해양공간정보의 통합적 관리 및 해양공간 관리에 관한 업무를 효율적으로 추진하기 위하여 전문기관을 지정할 수 있으며, 전문기관의 업무 수행을 위하여 필요한 비용을 예산의 범위에서 지원할 수 있다.

○ 해양공간계획 및 관리에 관한 법률 시행령 제20조【전문기관의 업무 등】

  ① 전문기관은 다음 각 호의 업무를 수행한다.

   1. 기본계획 및 관리계획의 수립‧변경 등의 지원

   2. 법 제13조에 따른 해양공간특성평가의 지원

   8. 그 밖에 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무

출처 : 국세청 2021. 04. 09. 사전-2021-법령해석부가-0452[법령해석과-1276] | 국세법령정보시스템