요지

의료법인이 병원건물 부속토지를 임차하기 위해 지출한 금액은 고유목적사업에 사용한 금액으로 보지 않는 것임

회신

｢법인세법 시행령｣제56조제6항의 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액을 적용함에 있어 의료법인이 고유목적사업준비금 상당액을 의료발전 회계로 구분경리하고 병원건물 및 부속토지, 의료기기 등을 취득하기 위해 지출하는 금액은 고유목적사업에 사용한 금액으로 보는 것이나 병원건물 부속토지를 임차하기 위해 지출한 금액은 고유목적사업에 사용한 금액으로 보지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 의료법인으로 ’13.4.25.부터 OO시에서 요양병원을 운영 중이며 ’23사업연도까지 고유목적사업준비금으로 6.4억원을 계상하였음

 ○ 요양병원 건물은 질의법인 소유이나 부속토지는 대표자 소유로 질의법인이 임차(보증금 5억원)하여 사용하던 중 2024년 3월에 임대차계약을 갱신하여 임차보증금 1억원 증액하였음

2. 질의내용

 ○ 의료법인이 요양병원 건물 부속토지를 임차하기 위해 지출한 보증금을 고유목적사업에 사용 한 것으로 볼 수 있는지

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득(淸算所得)

  3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

 ② ⁠(생 략)

 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

  3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

  4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

  5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

  6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

  7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

 ④∼⑤ ⁠(생 략)

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

  1. 축산업(축산 관련 서비스업을 포함한다) 외의 농업

  2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

  2의2. 선급검사(船級檢査) 용역을 공급하는 사업

  3.∼16. ⁠(생 략)

 ②∼③ ⁠(생 략)

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

  1. 다음 각 목의 금액

   가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

   나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

   다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

  2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 ② ⁠(생략)

 ③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

 ④ ⁠(생 략)

 ⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

  1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

  2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

  3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

  4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

  5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

 ⑥∼⑩ ⁠(생 략)

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ①∼④ ⁠(생 략)

 ⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다

 ⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

  1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

  2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

  3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

   가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

   나. ⁠「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

   다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

  4.∼10. ⁠(생 략)

 ⑦∼⑨ ⁠(생 략)

 ⑩ 제6항제3호를 적용받으려는 의료법인은 손비로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령으로 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.

 ⑪∼⑭ ⁠(생 략)

○ 법인세법 시행규칙 제29조의2【의료기기 등의 범위】

 ① 영 제56조제6항제3호가목에서 "의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

  1. 병원 건물 및 부속토지

  2. ⁠「의료기기법」에 따른 의료기기

  3. ⁠「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

  4. 산부인과 병원ㆍ의원 또는 조산원을 운영하는 의료법인이 취득하는 「모자보건법」 제2조제10호에 따른 산후조리원 건물 및 부속토지

 ② 영 제56조제6항제3호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 용도"란 해외에서 사용하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 제1항제1호에 따른 병원 건물 및 부속토지를 임차하거나 인테리어 하는 경우

  2. 제1항제2호에 따른 의료기기 또는 같은 항 제3호에 따른 정보시스템 설비를 임차하는 경우

 ③ 영 제56조제6항제3호다목에서 "기획재정부령으로 정하는 연구개발사업"이란 「조세특례제한법 시행령」 별표 6 제1호가목에 따른 자체연구개발사업과 같은 호 나목에 따른 위탁 및 공동연구개발사업을 말한다.

 ④ 영 제56조제10항에서 "기획재정부령으로 정하는 의료발전회계"란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

○ 법인세법 기본통칙 29-56...6【의료발전회계의 처리방법】

 ① 의료법인이 의료기기 등 규칙 제29조의2에 따른 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 해당 법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다.

 ② 제1항의 규정에 따라 지출하는 금액은 영 제56조 제10항의 규정에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 하며, 이에 대한 세무상 처리방법은 아래와 같다.

출처 : 국세청 2024. 09. 09. 서면-2024-법인-1681 | 국세법령정보시스템