요지

중소기업창업투자회사가 창투조합으로부터 수령한 성과보수는 조세특례제한법 제13조 1항 각 호에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 부과하지 아니하는 비과세 대상에 해당하지 않음

회신

중소기업창업투자회사가 창업투자조합으로부터 수령한 성과보수는 조세특례제한법 제13조제1항의 각 호에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 부과하지 아니하는 비과세 대상에 해당하지 않습니다.

1. 사실관계

○질의 법인은 중소기업창업 지원법에 따른 중소기업창업투자회사로서 중소기업 및 벤처기업 등에 대한 투자, 창투조합의 결성 및 업무의 집행 등의 사업을 영위하는 영리 내국법인임

 ○ 질의 법인은 중소벤처기업에 자본금 등을 활용하여 직접투자하거나, 창투조합을 결성하여 해당 창투조합이 중소벤처기업의 지분증권을 매입하는 등 간접투자를 겸하고 있음

 ○ 또한 창투조합을 직접 운영하여 투자 성과 및 결과에 따라 창투조합으로부터 성과보수를 받고 있음

 (성과보수)창투조합의 수익률이 조합규약에서 정한 기준수익율을 초과할 경우 창투조합은 투자수익의 일정비율을 성과보수로써 업무집행조합원인 당 법인에게 지급함

2. 질의내용

 중소기업창업투자회사가 창투조합으로부터 지급받은 성과보수에 중소벤처기업등으로부터 수령한 배당소득 또는 중소벤처기업 등의 출자지분 양도소득이 포함되어 있을 경우

 -해당 성과보수를 조특법 제13조를 적용하여 법인세 비과세가 가능한지

3. 관련법령

○조특법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다. 013.1.1,2014.1.1,2014.12.23,2015.1.28,2016.3.29,2016.12.20.,2017.12.19,2018.12.24, 2019.12.31, 2020.2.11>

1.「벤처투자 촉진에 관한 법률」에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다) 및 창업기획자(이하 "창업기획자"라 한다)가 ⁠「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자(이하 "창업자"라 한다), 벤처기업 또는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사(「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 한정한다. 이하 "신기술창업전문회사"라 한다)에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2.「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 ⁠「기술보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다), 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 중소기업창업투자회사, 창업기획자, 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제50조제1항제5호에 따른 ⁠「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업출자유한회사"라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 "창투조합등"이라 한다)을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

 가. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합(이하 "개인투자조합"이라 한다) 및 같은 법 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)

 나. 삭제

 다.「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)

 라. ⁠「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」에 따른 전문투자조합(이하 "전문투자조합"이라 한다)

 마. ⁠「농림수산식품투자조합 결성 및 운용에 관한 법률」에 따른 농식품투자조합(이하 "농식품투자조합"이라 한다)

 4. 기금을 관리ㆍ운용하는 법인 또는 공제사업을 하는 법인(이하 이 조에서 "기금운용법인등"이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 법인이 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

 5.중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자가 코넥스시장(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 및 같은 법 시행령에 따른 코넥스시장을 말한다)에 상장한 중소기업(이하 이 조, 제16조의2, 제46조의7 및 제117조에서 "코넥스상장기업"이라 한다)에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

 6.중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 창투조합등을 통하여 코넥스상장기업에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

② 제1항제1호부터 제4호까지의 규정을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

 1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

 2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

 3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

 4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

 5. 제2호에 따라 유상증자의 증자대금을 납입한 날부터 6개월 이내에 제16조제1항에 따라 거주자가 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 해당 유상증자 기업의 주식 또는 출자지분으로서 해당 거주자의 출자일 또는 투자일부터 3년이 지난 것을 매입하는 방법. 다만, 제2호에 따라 납입한 증자대금의 100분의 10을 한도로 한다.

③ 제1항제5호 또는 제6호를 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 코넥스상장기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

 1. 해당 기업이 상장된 후 2년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

 2. 해당 기업이 상장된 후 2년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

 3. 해당 기업이 상장된 후 2년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

 4. 제1호에 따라 유상증자의 증자대금을 납입한 날부터 6개월 이내에 제16조제1항에 따라 거주자가 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 해당 유상증자 기업의 주식 또는 출자지분으로서 해당 거주자의 출자일 또는 투자일부터 3년이 지난 것을 매입하는 방법. 다만, 제1호에 따라 납입한 증자대금의 100분의 10을 한도로 한다.

④ 중소기업창업투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 제1항에 따른 출자로 인하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업, 신기술창업전문회사 또는 코넥스상장기업으로부터 2020년 12월 31일까지 받는 배당소득에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 양도차익 및 배당소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조특령 제12조 【주식양도차익 및 배당소득의 계산 등】

① 법 제13조제1항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다) 양도차익의 계산은 다음 각 호의 방법에 따른다.

 1. 법 제13조제1항 각 호의 방법으로 취득한 주식등과 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자(이하 이 조에서 "중소기업창업투자회사등"이라 한다)가 보유주식등의 일부를 양도하는 경우에는 먼저 취득한 주식등을 먼저 양도한 것으로 본다.

 2. 중소기업창업투자회사등이 취득한 주식등의 취득가액은 「법인세법 시행령」 제74조제1항제1호라목 또는 마목에 따른 방법 중 당해 기업이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법으로 계산한다.

 3. 법인세가 부과되지 아니하는 주식 등 양도차익의 계산은 양도시기마다 구분 가능한 종목별로 다음 산식에 따른다.

② 법 제13조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 법률에 따라 설립된 기금을 관리ㆍ운용하거나 법률에 따라 공제사업을 영위하는 법인으로서 기획재정부령으로 정하는 법인을 말한다.

③ 법 제13조제4항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 배당소득의 계산은 구분 가능한 종목별로 다음 산식에 따른다.

○ 법인세법 제51조 【비과세소득】

내국법인의 각 사업연도 소득 중 ⁠「공익신탁법」에 따른 공익신탁의 신탁재산에서 생기는 소득에 대하여는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.

○ 법인령 제11 조  【수익의 범위 】

 법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업에서 생기는 사업수입금액[기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액은 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조제3항 단서에 따라 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 사업수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율(이하 "정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

2. 자산의 양도금액

2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병 법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액

3. 자산의 임대료

4. 자산의 평가차익

5. 무상으로 받은 자산의 가액

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조제1항제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다)

7. 손금에 산입한 금액중 환입된 금액

8. 제88조제1항제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익

9. 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 "가지급금등"이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.

 가. 제2조제5항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다)

 나. 제2조제5항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자

10. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

3. 관련사례

○ 서면-2018-부가–0754(2018.5.14.)

자산의 관리․운용업무를 수행하고 관리보수 및 성과보수를 받는 경우 자산관리․운용업무는 용역의 공급에 해당되어 부가가치세가 과세되는 것임

○ 재정경제부 소비세제과-269, 2005.03.22

산업발전법에 의하여 등록한 기업구조조정전문회사(CRC)가 동법 제15조의 규정에 의한 기업구조조정조합 자산의 관리․운용업무를 수행하고 관리보수 및 성과보수를 받는 경우 당해 기업구조조정전문회사가 수행하는 자산관리․운용업무는 부가가치세법 제7조 제1항의 규정에 의한 용역의 공급에 해당되어 부가가치세가 과세되는 것임

출처 : 국세청 2020. 09. 22. 서면-2019-법인-0996[법인세과-3348] | 국세법령정보시스템