요지
임상시험수탁기관이 해외제약사로부터 시험용의약품을 자기의 책임과 계산하에 수입하고 자기명의로 수입세금계산서를 교부받은 경우 해당 의약품 수입에 대한 부가가치세액은 자기의 매출세액에서 공제가능한 것임
답변내용
임상시험수탁기관이 해외제약사와의 임상용역계약에 따라 해외제약사로부터 시험용의약품을 자기의 책임과 계산하에 수입하고 자기명의로 수입세금계산서를 교부받은 경우 해당 의약품 수입에 대한 부가가치세액은「부가가치세법」제38조제1항제2호에 따라 자기의 매출세액에서 공제가능한 것임
○ 1. 사실관계
○ (주)★★★(이하 “신청법인”이라 함)는 임상시험수탁기관으로 해외제약사와의 임상용역계약을 통해 임상시험 및 응급사용* 수탁업무를 수행하고 있음
* 응급사용 : 말기암, 후천성면역결핍증 등 중대한 질환이 있는 응급환자의 치료
- 신청법인은 해외제약사와 임상용역계약을 체결하고 임상시험 프로젝트 기획, 투약 결과에 대한 분석, 식품의약품안전처 대관 업무, 실시기관 관리 등 임상시험과 관련된 전반적인 용역을 수행하며
- 의료기관은 해외제약사와 임상실시에 대하여 위탁연구 계약을 체결하고 해당 계약에 따라 해외제약사로부터 시험용의약품을 무상으로 제공받아 의료법상 의료기관만이 수행할 수 있는 시험대상자 모집, 신약 투여 및 결과 검사 등의 업무를 수행함
○ 신청법인은 임상용역계약에 따라 식품의약품안전처로부터 임상시험계획승인을 받고 의약품수출입협회에 표준통관예정 보고 후
- 임상시험용 의약품을 해외제약사로부터 무환으로 수입하여 임상시험을 실시하는 의료기관에 전달하면서
- 의약품 라벨링·관리 및 국내 물류회사와의 계약을 통해 의약품의 유통, 보관, 배송 전반에 대한 업무를 수행하며
- 수입신고필증상 신청법인을 수입자 및 납세의무자로 하여 신고하고 수입부가가치세를 납부할 예정임
2. 질의내용
○ 임상시험수탁기관이 해외제약사와의 임상용역계약에 따라 시험용의약품을 무환으로 수입하여 의료기관에 전달하는 경우 수입에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제 가능한지 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】
① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
○ 부가가치세법 제35조【수입세금계산서】
① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.
○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
○ 부가가치세법 시행령 제72조【수입세금계산서】
① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.
출처 :
국세청 2016. 02. 17. 사전-2016-법령해석부가-0051[법령해석과-453] | 국세법령정보시스템
