요지

｢기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제｣의 주식취득요건(50% 초과취득) 적용 시, 유상증자로 인수한 신주는 포함되지 아니함

회신

기획재정부 법인세제과-44, 2024.1.22.를 참고하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 법인세제과-44, 2024.1.22.
내국법인이 유상증자로 인수한 신주는 조세특례제한법 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) 제1항의 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식등의 취득에 포함되지 않는 것입니다. 끝.

1. 사실관계

 ○A법인(‘인수법인’)은 ’21.x.xx. 기술혁신형 중소기업(‘피인수법인’)의 구주와 신주를 취득(같은 날)하여 피인수법인의 지분 50%를 초과하여 보유하게 되었음

  ① ⁠(구주 인수) 12%를 기존주주로부터 매입

  ②(신주 인수)유상증자에 참여하여 43%를 취득

2. 질의요지

○ ｢기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제｣의 주식취득요건(50% 초과취득) 적용 시, 유상증자로 인수한 신주도 포함되는지

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】

  * 2018.12.24. 법률 제16009호로 개정된 것

① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2021년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

 1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

 2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

  가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

  나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

 4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

 5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 "현재지분비율"이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

 1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

 2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우

 3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.

  가. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우

  나. ⁠「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우

  다. 제13조제1항제1호에 따른 중소기업창업투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다)

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】 * 2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것

① 법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.

② 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

 1. 취득일까지 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

 2. 취득일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

 3. 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업

 4. 취득일까지 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업

  가. 「산업기술혁신 촉진법」 제15조의2제1항에 따른 신기술 인증

  나. 「보건의료기술 진흥법」 제8조제1항에 따른 보건신기술 인증

  다. 「산업기술혁신 촉진법」 제16조제1항에 따른 신제품 인증

  라. ⁠「제약산업 육성 및 지원에 관한 법률」 제7조제2항에 따른 혁신형 제약기업 인증

  마. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제18조제1항에 따른 선정

  바. 그 밖에 가목부터 마목까지와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 인증 등

③ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란「법인세법 시행령」제2조제5항에 따른 특수관계인을 말한다.

④ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술가치 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다.

 1. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제2조의3제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일 현재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가에 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.

 2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액

  가. 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액

  나. 취득일 현재의 지분비율

⑤ 법 제12조의4제1항제3호와 이 영 제4항제1호에 따른 피인수법인의 순자산시가는 취득일 현재의 피인수법인의 자산총액(특허권등의 가액은 제외한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 한다.

출처 : 국세청 2024. 01. 24. 서면-2023-법규법인-0683 | 국세법령정보시스템