요지

사업자가 BTO 방식으로 기숙사를 학교에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 기숙사를 운영하는 사업이 법 개정에 따라 과세에서 면세로 전환된 경우 기숙사 운영 용역은 ’20.1.1. 이후 공급분부터 면세되는 것이며 시설관리운영권의 부여는 부동산임대용역의 공급에 해당하므로 면세전용 간주공급 규정이 적용되지 아니함

회신

｢한국사학진흥재단법｣에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수목적 법인(이하 ⁠“사업자”)이 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호의 방식을 준용하여 기숙사를 학교에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 기숙사 운영 사업을 하는 경우
1. 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 사업자의 기숙사 운영 용역은 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제8호의3에 따라 2020.1.1. 공급분부터 부가가치세가 면제되는 것임
2. 시설관리운영권의 면세사업 전용에 대한 간주공급 규정 적용 여부는 기획재정부 해석(기획재정부 조세법령운용과-496, 2021.6.3)을 참조하시기 바람

○ 기획재정부 조세법령운용과-496, 2021.6.3.
사업자가 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호의 방식(BTO 방식)을 준용하여 기숙사를 학교에 기부채납하고 시설관리운영권을 설정 받아 기숙사를 운영하던 중 ｢조세특례제한법｣(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것) 제106조제1항제8호의3 개정에 따라 기숙사 운영이 과세사업에서 면세사업으로 전환된 경우 학교가 사업자에게 시설관리운영권을 설정한 것은 ｢부가가치세법｣ 제11조제1항제2호에 따른 용역의 공급에 해당하는 것으로 같은 법 제10조제1항제1호에 따른 재화의 공급으로 보지 아니하는 것임

3. 학교가 2020.1.1. 전 사업자에게 시설관리운영권을 부여하며 ｢부가가치세법｣ 제17조제1항에 따라 받은 대가(기숙사) 전부에 대하여 세금계산서를 발급한 경우 사업자는 매입세액을 공제받을 수 있는 것이나, 같은 법 제29조제10항제3호 및 같은 법 시행령 제29조제2항제2호에 따른 용역의 공급시기에 시설관리운영권 부여에 대한 세금계산서를 발급한 경우에는 2020.1.1. 이후 공급분부터 면세되므로 사업자는 공제받을 매입세액이 없는 것임

 ○ AAAA(유)(이하 ⁠“사업자”)는 한국사학진흥재단이 설립한 특수목적 법인으로 ’17.9월 PP대학교(이하 ⁠“학교”)와 체결한 실시협약에 따라

  - 기숙사를 건설하여 ’19.3.월 학교에 기부채납하고 학교로부터 30년간 시설관리운영권을 부여받았으며 사업자와 학교는 기부채납과 시설관리운영권의 부여에 대하여 각각 세금계산서를 발급함

 ○ 사업자는 기숙사를 운영하며 이용자로부터 부가가치세를 포함한 이용료를 받아 부가가치세를 신고‧납부하였으며 당초 건설단계에서의 매입세액과 시설관리운영권에 대한 매입세액을 각각 공제받음

 ○ 학교는 시설관리운영권의 부여에 대하여 사업자에 세금계산서를 발급하고 기부채납재산(기숙사)에 대한 세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받음

 ○ 조특법§106ⓛ(8의2) 신설로 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 질의법인의 기숙용역이 ’20.1.1. 이후 공급분부터 면세로 전환됨

2. 질의내용

 ○ 사업자가 BTO 방식을 준용하여 기숙사를 학교에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 기숙사를 운영하는 사업이 법 개정에 따라 ’20.1.1. 이후 과세사업에서 면세사업으로 전환된 경우

  1. 기숙사 이용료 면세 적용 시점

  2. 시설관리운영권의 면세전용에 따른 간주공급 적용 여부

  3. 학교가 시설관리운영권 부여에 대하여 세금계산서 선발급 특례규정을 따르지 않고 각 공급시기에 세금계산서를 발급한 경우 세부담 차이가 발생하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2022년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

   8. 교육부장관의 추천이나 교육부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호의 방식을 준용하여 건설한 학교시설(｢고등교육법｣ 제2조에 따른 학교의 시설로서 대통령령으로 정하는 것으로 한정한다)에 대하여 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 그 추천을 받은 자가 그 학교시설을 이용하여 제공하는 용역

   8의2. ｢한국사학진흥재단법｣에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수 목적 법인이 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호의 방식을 준용하여 건설한 기숙사에 대하여 국가 및 지자체가 제공하는 시설관리운영권 및 그 법인이 그 기숙사를 이용하여 제공하는 용역

   8의3. 다음 각 목의 법인이 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호에 따른 방식을 준용하여 건설한 기숙사에 대하여 국가, 지방자치단체 또는 ｢고등교육법｣ 제2조에 따른 학교(이하 이 호에서 "학교"라 한다)가 제공하는 시설관리운영권 및 그 법인이 그 기숙사를 이용하여 제공하는 용역 2019.12.31. 신설>

    가. ｢한국사학진흥재단법｣에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수 목적 법인

○ 조세특례제한법 부칙

  제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

  제2조(일반적 적용례) ② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.

  제31조(기숙사 운영사업 등에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 시설관리운영권 및 용역을 제공하는 분부터 적용한다.

○ 부가가치세법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

   2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

  ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】

  ① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

   3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

○ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

  ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산‧취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

   1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

○ 부가가치세법 제15조【재화의 공급시기】

  ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

   1. 재화의 이동이 필요한 경우:재화가 인도되는 때

   2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우:재화가 이용가능하게 되는 때

○ 부가가치세법 시행령 제28조【구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기】

  ④ 법 제10조에 따라 재화의 공급으로 보는 경우에는 다음 표의 구분에 따른 때를 재화의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

  ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

   2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

○ 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

  ② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

   2. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

    나. 법 제29조제10항제3호에 따른 경우

○ 부가가치세법 제17조【재화 및 용역의 공급시기의 특례】

  ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   4. 제10조제1항‧제2항‧제4항‧제5항 및 제12조제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

  ⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

   3. 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우

  ⑪ 제10조제1항‧제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 재화의 공급으로 보는 재화가 대통령령으로 정하는 감가상각자산(이하 "감가상각자산"이라 한다)인 경우에는 제3항제3호 및 제4호에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제65조【부동산 임대용역의 공급가액 계산】

  ⑤ 법 제29조제10항제3호에 따라 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불이나 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 공급가액으로 한다. 이 경우 개월 수의 계산에 관하여는 제61조제2항제6호 후단을 준용한다.

○ 부가가치세법 시행령 제66조【감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산】

  ① 법 제29조제11항에서 "대통령령으로 정하는 감가상각자산"이란 ｢소득세법 시행령｣ 제62조 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제24조에 따른 감가상각자산(이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다

○ 법인세법 시행령 제24조【감가상각자산의 범위】

  ① 법 제23조제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

   2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산

    사. 사용수익기부자산가액 : 금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체, 법 제24조제3항제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 법인 또는 이 영 제39조제1항제1호에 따른 법인에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 해당 자산의 장부가액

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조【민간투자사업의 추진방식】

  민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

   1. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우는 제외한다)

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제26조【사회기반시설의 관리운영권】

  ① 주무관청은 제4조제1호 또는 제2호에 따른 방식으로 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 제22조에 따라 준공확인을 받은 경우에는 제25조제1항에 따라 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간 동안 해당 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권(이하 "관리운영권"이라 한다)을 그 사업시행자에게 설정할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제27조【관리운영권의 성질 등】

  ① 관리운영권은 물권(物權)으로 보며, 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 ｢민법｣ 중 부동산에 관한 규정을 준용한다.

출처 : 국세청 2021. 06. 08. 서면-2020-법령해석부가-0718[법령해석과-2017] | 국세법령정보시스템