요지

◎◎지사의 물품보관창고용 등으로 사용부분은 처분일 현재 3년 이상 계속 고유목적사업에 직접 사용한 경우 과세제외 되나 사실판단사항에 해당하고 그 외 나머지 공실부분은 그 양도소득의 50% 범위에서 고유목적사업준비금으로 손금산입 가능함

답변내용

귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 대한적십자사가 ｢의료법｣ 제33조제2항에 따라 개설하여 운영하던 대구적십자병원을 2010년 폐원한 후 병원건물의 일부는 대한적십자사 대구지사의 물품보관창고, 안전강습실, 회의실 및 부대시설등(이하 ⁠“회의실 등”)으로 사용하고 그 외 부분은 비워둔 상태로 유지하다가 폐원건물(이하 부속토지 포함)을 2020년 건설회사에 양도한 경우로서
회의실 등을 폐원건물의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 대한적십자사의 정관에 규정된 고유목적사업(｢법인세법 시행령｣ 제3조제1항에 따른 수익사업은 제외)에 직접 사용한 것으로 인정되는 경우 그 사용부분(부속토지 포함)에 대한 양도소득은 ｢법인세법｣ 제4조제3항제5호 단서에 따라 과세소득에서 제외되는 것이나
해당 회의실 등을 법령 또는 대한적십자사의 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것인지 여부는 실제 사용용도에 따라 사실판단사항에 해당하고
그 외 부분에 대한 양도소득은 같은 법 제29조제1항제2호에 따라 100분의 50 범위에서 고유목적사업준비금으로 계상한 금액을 손금에 산입할 수 있는 것임

1. 사실관계

○◇◇적십자사는 ｢○○적십자사 조직법｣(이하 ⁠“적십자조직법”)에 따라 설립된 비영리 사단법인으로 제네바협약의 정신에 따른 전시포로 및 무력충돌희생자 구호사업 등을 목적사업으로 하며

  -그 외 수익사업으로는 서울･인천 등 전국 7개 적십자병원의 운영, 적십자에 관한 교육홍보 및 출판사업, 임대업 등을 영위하고 있음

 ○적십자사는 ’80.**.**. ◎◎시 중구 남산동 소재 7필지(3,181㎡)에 지하 1층 및 지상 5층의 의료시설 건물(연면적 4,960㎡)을 신축한 후

  -’80.**.**. ◎◎적십자병원을 개설하여 운영하여 왔으나 병원적자 등으로 인하여 ’10.**.**. 폐원하였음

 ○한편, 적십자사는 ◎◎적십자병원을 폐원하기 전인 ’10.**월부터 1층(약 740㎡)을 ◎◎시 중구 달성동에 소재하는 적십자사 ◎◎지사의 물품보관창고시설로 사용하면서

  -폐원된 舊 ◎◎적십자병원 건물 및 부속토지(이하 ⁠“舊 병원등”)의 공개 매각절차를 ’14년까지 13차례 진행하였으나 모두 유찰됨에 따라

  -’16.**월 舊 병원의 2층 일부를 리모델링한 후 1층과 2층 일부를 적십자사 ◎◎지사의 구호물품창고, 안전강습실, 회의실 및 부대시설 등으로 사용하여 왔음

(단위: ㎡)

 ○이후, 적십자사는 舊 병원등을 ’20.3.20. 주상복합건물을 신축하고자 하는 ㈜☆☆건설에 385억원에 매각하고

  -그에 따른 양도소득을 아래와 같이 舊 ◎◎적십자병원회계를 관리하기 위해 명칭을 변경한 본부병원회계와 적십자사 ◎◎지사회계로 구분경리한 후, 세법상 안분기준에 따라 세무조정하기로 하였음

(단위: 백만원)

     적십자사의 사업별 구분경리 현황 >

2. 질의내용

 ○◇◇적십자사가 지점으로 운영하던 ◎◎적십자병원을 2010년 폐원한 후 일부는 ◇◇적십자사 ◎◎지사의 물품보관창고용 등으로 사용하고 일부는 비워둔 상태로 해당 부동산을 양도하는 경우

  -해당 부동산 양도소득에 대해 ｢조세특례제한법｣ 제74조제1항제3호바목에 따른 ⁠‘대한적십자사가 운영하는 병원’에서 발생한 소득으로 보아 100% 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제4조【과세소득의 범위】

 ①내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

  1.각 사업연도의 소득

  2.청산소득(淸算所得)

  3.제55조의2에 따른 토지 등 양도소득

 ② ⁠(생략)

 ③제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 ⁠“수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1.제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 ｢통계법｣ 제22조에 따라 통계청장이 작성･고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  2.｢소득세법｣ 제16조제1항에 따른 이자소득

  3.｢소득세법｣ 제17조제1항에 따른 배당소득

  4.주식･신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

  5.유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입.

    다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.(이하생략)

○법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

 ②법 제4조제3항제5호 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(｢국가균형발전 특별법｣ 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다.(이하생략)

○법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

  1. 다음 각 목의 금액

  가. ｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

  나. ｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

  다.특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

  2.그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립·운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 ②(이하생략)

○법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ①~④ ⁠(생략)

 ⑤법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

 ⑥(이하생략)

○법인세법 제113조 【구분경리】

 ①비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 ②(이하생략)

○법인세법 시행령 제156조 【구분경리】

 ①법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

 ②(이하생략)

○법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】

 ①영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

○법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

 ①~⑤(생략)

⑥비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간･사용시간･사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

  1.수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

  2.수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

  3.수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

○국세기본법 제14조【실질과세】

 ①과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

 ②세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다

○조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

 ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

   가.｢사립학교법｣에 따른 학교법인

   나.~바.(생략)

  2.｢사회복지사업법｣에 따른 사회복지법인

  3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

   가.｢국립대학병원 설치법｣에 따른 국립대학병원 및 ｢국립대학치과병원 설치법｣에 따른 국립대학치과병원

   나.~라.(생략)

   마.｢지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률｣에 따른 지방의료원

   바.｢대한적십자사 조직법｣에 따른 대한적십자사가 운영하는 병원

  사. ｢국립중앙의료원의 설립 및 운영에 관한 법률｣에 따른 국립중앙의료원

  4.｢도서관법｣에 따라 등록한 도서관을 운영하는 법인

  5.~9. ⁠(생략)

 ②~③(생략)

 ④수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에 ｢의료법｣ 제3조제2항제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인(제1항이 적용되는 비영리내국법인은 제외한다)에 대하여는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제29조를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다

○조세특례제한법 시행령 제70조【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ①~④(생략)

 ⑤법 제74조제4항에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

  1.인구수가 30만명 이하인 시(｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제10조제2항에 따라 제주특별자치도에 두는 행정시를 포함한다)･군 지역

  2.｢국립대학병원 설치법｣에 따른 국립대학병원 또는 ｢사립학교법｣에 따른 사립학교가 운영하는 병원이 소재하고 있지 아니한 지역

출처 : 국세청 2021. 03. 25. 사전-2020-법령해석법인-1165[법령해석과-1029] | 국세법령정보시스템