요지

내국법인이 100%로 소유하고 있는 자회사가 또 다른 내국법인의 100%주주인 경우 내국법인이 또다른 내국법인을 합병하는 경우 적격합병에 해당하지 않는 것임

회신

내국법인(모회사A)이 다른 내국법인(자회사B)의 발행주식총수를 소유하고 있고 그 다른 법인(자회사B)이 또 다른 내국법인(손자회사C)의 발행주식총수를 소유하고 있는 경우로서, 그 내국법인(모회사A)과 다른 내국법인(손자회사C)간의 합병은「법인세법」제44조 제3항에 의한 적격합병에 해당되지 않는 것입니다

1. 사실관계

○A법인(모회사), B법인(자회사), C법인(손자회사)의 지분구조는 아래와 같으며, A법인과 C법인 간에 합병을 계획하고 있음

2. 질의내용

○모회사와 모회사가 완전자회사를 통해 완전지배하고 있는 손자회사간의 합병이 법인세법 제44조 제3항 제1호에 의한 적격합병에 해당하는지

* 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우(법법§44③(1))

3. 관련법령

○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "특수관계"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계를 말하며 그 세부기준은 대통령령으로 정한다.

가. 거래 당사자의 어느 한 쪽이 다른 쪽의 의결권 있는 주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다)의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 관계

나. 제3자가 거래 당사자 양쪽의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 각각 소유하고 있는 경우 그 양쪽 간의 관계

다. 자본의 출자관계, 재화ㆍ용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 거래 당사자 간에 공통의 이해관계가 있고 거래 당사자의 어느 한 쪽이 다른 쪽의 사업 방침을 실질적으로 결정할 수 있는 관계

라. 자본의 출자관계, 재화ㆍ용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 거래 당사자 간에 공통의 이해관계가 있고 제3자가 거래 당사자 양쪽의 사업 방침을 실질적으로 결정할 수 있는 경우 그 거래 당사자 간의 관계

○ 상법 제342조의2 【자회사에의한 모회사주식의 취득】

③ 다른 회사의 발행주식의 총수의 100분의 50을 초과하는 주식을 모회사 및 자회사 또는 자회사가 가지고 있는 경우 그 다른 회사는 이 법의 적용에 있어 그 모회사의 자회사로 본다.

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "사업자"라 함은 제조업, 서비스업, 기타 사업을 행하는 자를 말한다. 사업자의 이익을 위한 행위를 하는 임원ㆍ종업원ㆍ대리인 기타의 자는 사업자단체에 관한 규정의 적용에 있어서는 이를 사업자로 본다.

1의2. "지주회사"라 함은 주식(持分을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다.

1의3. "자회사"라 함은 지주회사에 의하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 그 사업내용을 지배받는 국내회사를 말한다.

1의4. "손자회사"란 자회사에 의하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 사업내용을 지배받는 국내회사를 말한다.

4. 관련예규

○ 법인, 법규과-180, 2013.02.18

완전모・자회사 간의 합병에 대해 「법인세법」 제44조제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 하는 경우 완전모ㆍ자회사에 해당하는지 여부는 합병등기일을 기준으로 판단하는 것입니다.

○ 법인, 서면-2018-법인-0772[법인세과-2056], 2018.08.02

내국법인(합병법인)이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인(피합병법인)을 합병하면서「법인세법」제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 합병법인에게「법인세법」제44조의2 제2항 및 제3항의 규정이 적용되지 않는 것이며, 또한 합병법인은「법인세법」제44조의3 제5항에 따라 적격합병 과세특례에 대한 사후관리 규정도 적용받지 아니하는 것입니다.

출처 : 국세청 2020. 08. 21. 서면-2019-법인-3527[법인세과-2893] | 국세법령정보시스템