조특법 98조의2·98조의5 동시 적용 시 감면 중복 가능 여부

요지

｢조세특례제한법｣ 제98조의2 및 제98조의5 규정을 동시에 적용받는 주택 양도시 거주자는 선택하는 하나의 감면규정만을 적용

답변내용

질의의 사실관계와 같이, 거주자가 ｢조세특례제한법｣ 제98조의2 및 제98조의5 규정을 동시에 적용받는 미분양주택을 양도하는 경우에는 같은 법 제127조 제7항 본문에 따라 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

○ ’2011.8월 조특법§98조의2 및 조특법§98조의5 감면규정이 적용되는 아파트를 분양받아 취득함

  - 분양매매계약서상에 조특법 98조의2 및 조특법 98조의 5 규정에 해당한다는 확인날인 되어 있음

○ ’2020.12.14. 해당 아파트를 매매를 원인으로 양도함

2. 질의내용

 ○ ⁠「조세특례제한법」제98조의2 및 같은 법 제98조의5 규정이 적용되는 주택을 양도한 경우 각 규정을 중복 적용 할 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제2조 【정의】 (2011.07.25. 법률 제10907호로 개정된 것)

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  8. "조세특례"란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입(損金算入) 등의 조세감면과 특정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입(損金不算入) 등의 중과세(重課稅)를 말한다.

 ② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조제1항제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다.

○ 조세특례제한법 제3조 【조세특례의 제한】 (2011.07.25. 법률 제10907호로 개정된 것)

 ① 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 다음 각 호의 법률에 따르지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다.

19. ⁠「농어촌특별세법」

○ 조세특례제한법 제98조의2 【지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례】

 ① 거주자가 2008년 11월 3일부터 2010년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(2010년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 수도권 밖에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "지방 미분양주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제2항 각 표 외의 부분 본문과 같은 법 제104조제1항제3호에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.

  1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

  2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율

 ② 법인이 지방 미분양주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「법인세법」 제55조의2제1항제2호 및 제95조의2를 적용하지 아니한다. 다만, 미등기양도의 경우에는 그러하지 아니하다.

 ③ ⁠(생략)

 ④ 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 지방 미분양주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 과세표준확정신고와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

 ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

  1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

   제55조제1항에 따른 세율

○ 조세특례제한법 제98조의5 【수도권 밖의 지역에 있는 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 2010년 2월 11일 현재 수도권 밖의 지역에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 2011년 4월 30일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체 등과 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2011년 4월 30일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세에 다음 각 호의 분양가격(「주택법」에 따른 입주자 모집공고안에 공시된 분양가격을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 인하율에 따른 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 다음 각 호의 분양가격 인하율에 따른 감면율을 곱하여 계산한 금액을 해당 미분양주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

  1. 분양가격 인하율이 100분의 10 이하인 경우: 100분의 60

  2. 분양가격 인하율이 100분의 10을 초과하고 100분의 20 이하인 경우: 100분의 80

  3. 분양가격 인하율이 100분의 20을 초과하는 경우: 100분의 100

 ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 미분양주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ③ 제1항을 적용받는 미분양주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「소득세법」 제95조제2항 및 제104조제1항제3호의 규정에도 불구하고 장기보유 특별공제액 및 세율은 다음 각 호를 적용한다.

  1. 장기보유 특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표 1(같은 항 단서에 해당하는 경우에는 표 2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

  2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율

 ④ 제1항을 적용할 때 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 분양가격 인하율의 산정방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】

 ⑥ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제121조의2 및 제121조의4에 따른 취득세 및 재산세의 감면규정이 모두 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

 ⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.

 ⑧ 거주자가 토지등을 양도하여 제77조 및 제85조의7이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

 ⑨ 거주자가 주택을 양도하여 제98조의2와 제98조의3이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

 ⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 제60조 【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】

 ⑥ 제2항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 양도차익에 관한 명세서 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 기획재정부 재산세제과-182,2019.02.20.

【회신내용】

 거주자가 주택을 양도하여 「조세특례제한법」 제97조의4 및 제99조의3 규정을 동시에 적용받는 경우에는 같은 법 제127조 제7항 본문에 따라 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하는 것입니다.

【질의 내용】

 조특법§97의4와 §99의3의 요건을 동시 충족한 ⁠“쟁점주택”의 경우, 조특법§127⑦에 따라 중복감면이 배제되는지

 * 조특법§127⑦ : 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용

○ 서면-2017-법령해석재산-0404,2019.03.28.

【회신내용】

 귀 서면질의의 경우, 거주자가 주택을 양도하여 ⁠「조세특례제한법」제97조의3 및 제98조의3 규정을 동시에 적용받는 경우에는 같은 법 제127조제7항 본문에 따라 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하는 것입니다.

【질의 내용】

「조세특례제한법」 제97조의3 및 같은 법 제98조의3 규정이 적용되는 주택을 양도하는 경우 각 규정을 중복 적용할 수 있는지 여부

 * 조특법 §97조의3 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 감면

 * 조특법 §98조의3 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례

출처 : 국세청 2021. 02. 04. 사전-2021-법령해석재산-0053[법령해석과-424] | 국세법령정보시스템