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기술혁신형 중소기업 주식 일부 양도 시 세액공제 요건 불충족

기준-2024-법규법인-0060 · 2024. 05. 29.

질의 및 요약

Q질의내용

내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식을 100% 취득한 후 동일 사업연도 내 15%를 양도하여 사업연도 종료일 현재 85%의 지분만 보유한 경우, 세액공제 요건이 충족되는지요?

S요약

내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식을 취득한 뒤, 해당 사업연도 종료일까지 당초 취득한 주식을 보유하지 않는 경우에는 세액공제 요건을 충족하지 못하는 것으로 판단됩니다. 즉, 연도 내 일부 지분을 양도해 기준지분비율을 초과해도, 보유 요건이 미충족되어 세액공제를 적용받을 수 없습니다.

#기술혁신형 중소기업 #세액공제 #주식양도 #조세특례제한법 #사업연도 #주식보유요건

핵심 정리

R회신 내용 기준-2024-법규법인-0060 · 2024. 05. 29.

국세청 기준-2024-법규법인-0060(2024.05.29.) 회신에 따르면, 당초 취득 주식을 취득일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유하지 않은 경우 세액공제 요건을 충족하지 못하는 것으로 보입니다.
문의 사례처럼, 동일 사업연도 중 일부 주식을 양도하여 사업연도 종료일 현재 기준지분비율(예: 50%)을 초과해도 당초 취득한 주식을 전부 보유한 것이 아니라면 세액공제 불가로 해석됩니다.
이는 조세특례제한법 제12조의4 제1항 제2호의 사업연도 종료일까지 당초 취득 주식 보유라는 요건이 충족되지 않았기 때문입니다.
사업연도 종료일까지의 보유 요건은 단순히 종료시점 보유비율이 기준지분비율을 초과하는지 여부와 무관하게, 당초 취득한 주식 전량의 계속 보유를 의미함이 명확히 회신에서 확인됩니다.
결과적으로, 연도 내 일부 지분을 처분한 경우에는 세액공제 적용이 제한될 수 있으니 주식 처분 전 요건 충족 여부에 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

조세특례제한법 제12조의4 제1항 제2호(2021.12.28. 개정 전): 인수법인은 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 취득 주식을 보유해야 세액공제 가능
조세특례제한법 시행령 제11조의4: 기술가치 금액, 입증 방법 등 세부 기준 규정
조세특례제한법 제12조의4 제2항: 세액공제 후 일정기간 내 요건 미충족 시 공제세액 추징
조세특례제한법 부칙(2021.12.28. 개정): 2022년 1월 1일 이전 취득분은 종전 규정 적용
조세특례제한법(2021.12.28. 개정): 연도별 요건 및 공제 적용 방법 등 일부 문구 정비

사례 Q&A

1. 기술혁신형 중소기업 주식을 취득했다가 일부를 연도 내 양도하면 세액공제 받을 수 있나요?

답변

해당 사업연도 종료일까지 당초 취득한 주식을 모두 보유해야 하므로, 일부 주식을 연도 내에 양도하면 세액공제 요건이 충족되지 않는 것으로 보입니다.

근거

국세청 회신과 조세특례제한법 제12조의4 제1항 제2호의 주식 전부 계속 보유 요건이 근거가 됩니다.

2. 지분율이 사업연도 종료일에 기준지분비율을 초과하면 세액공제 요건에 문제없나요?

답변

당초 취득량 전체의 보유가 요구되므로, 연도 내 일부를 양도했다면 종료일 기준 지분율과 무관하게 세액공제 조건을 충족하지 못할 수 있다고 이해됩니다.

근거

조세특례제한법상 취득주식 전부의 연도말까지 보유 요건 해석이 반영된 국세청 유권해석이 적용됩니다.

3. 기술혁신형 주식취득 세액공제의 주식 보유 요건은 무엇인가요?

답변

취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 당초 취득한 주식 전체를 계속 보유해야 세액공제 대상이 되는 것으로 확인됩니다.

근거

조세특례제한법 제12조의4 제1항 제2호 및 국세청 기준-2024-법규법인-0060 회신의 명확한 보유 요건 안내에 따른 것입니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

당초 취득한 주식을 취득일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유하지 않은 경우 세액공제 요건을 충족하지 못한 것임

회신

귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이 내국법인이 2022.1.1.전에 기술혁신형 중소기업의 발행주식을 취득하였으나 동일 사업연도 중 일부를 양도하여 당초 취득한 주식을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유하지 않는 경우 해당 사업연도 종료일 현재 기준지분비율을 초과하여 보유하더라도「조세특례제한법」(2021.12.28. 제18634호로 개정되기 전의 것) 제12조의4제1항제2호의 요건을 충족하지 못한 것입니다.

1. 사실관계

○ A법인은 2019.*.**. 주식회사 B법인이 발행한 주식 **주(100%)를 최초로 취득하고,

- 동일 사업연도 내인 2019.*.**. **주를 제3자에게 양도하여 2019사업연도 종료일 현재 B법인의 주식 **주(85%)를 보유한 최대주주가 되었음

○ 납세자는 2022.*.**. A법인을 흡수합병하였음

○ 구 「조세특례제한법」 제12조의4 제1항 제2호를 적용함에 있어 자문신청 관서와 납세자 간 이견이 있음

□ 구 조특법§12의4①(2)

인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(…생략…)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

2. 질의내용

○ 내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식등을 100% 취득하고 동일 사업연도 내에 15% 지분을 양도하여 결과적으로 사업연도 종료일 현재 85% 지분을 보유하게 된 경우

- 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제가 가능한 지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2021.12.28. 제18634호로 개정되기 전의 것)

① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2021년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 "현재지분비율"이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우

3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.

가. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우

나. ⁠「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우

다. 제13조제1항제1호에 따른 중소기업창업투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다)

③ 제1항제5호 및 제2항제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

④ 제1항 및 제2항에 따른 매입가액 및 피인수법인의 순자산시가의 계산, 지배주주등의 범위, 종전에 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】

④ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술가치 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다.

1. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제2조의3제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일 현재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가에 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.

2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액

가. 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액

나. 취득일 현재의 지분비율

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2021.12.28. 제18634호로 개정된 것)

① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

나. 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

부칙

제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다

제26조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 주식 또는 출자지분을 취득한 경우의 세액공제에 관하여는 제12조의4제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

출처 : 국세청 2024. 05. 29. 기준-2024-법규법인-0060 | 국세법령정보시스템

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기술혁신형 중소기업 주식 일부 양도 시 세액공제 요건 불충족

기준-2024-법규법인-0060 · 2024. 05. 29.

질의 및 요약

Q질의내용

내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식을 100% 취득한 후 동일 사업연도 내 15%를 양도하여 사업연도 종료일 현재 85%의 지분만 보유한 경우, 세액공제 요건이 충족되는지요?

S요약

#기술혁신형 중소기업 #세액공제 #주식양도 #조세특례제한법 #사업연도

핵심 정리

R회신 내용 기준-2024-법규법인-0060 · 2024. 05. 29.

국세청 기준-2024-법규법인-0060(2024.05.29.) 회신에 따르면, 당초 취득 주식을 취득일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유하지 않은 경우 세액공제 요건을 충족하지 못하는 것으로 보입니다.
문의 사례처럼, 동일 사업연도 중 일부 주식을 양도하여 사업연도 종료일 현재 기준지분비율(예: 50%)을 초과해도 당초 취득한 주식을 전부 보유한 것이 아니라면 세액공제 불가로 해석됩니다.
이는 조세특례제한법 제12조의4 제1항 제2호의 사업연도 종료일까지 당초 취득 주식 보유라는 요건이 충족되지 않았기 때문입니다.
사업연도 종료일까지의 보유 요건은 단순히 종료시점 보유비율이 기준지분비율을 초과하는지 여부와 무관하게, 당초 취득한 주식 전량의 계속 보유를 의미함이 명확히 회신에서 확인됩니다.
결과적으로, 연도 내 일부 지분을 처분한 경우에는 세액공제 적용이 제한될 수 있으니 주식 처분 전 요건 충족 여부에 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

조세특례제한법 제12조의4 제1항 제2호(2021.12.28. 개정 전): 인수법인은 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 취득 주식을 보유해야 세액공제 가능
조세특례제한법 시행령 제11조의4: 기술가치 금액, 입증 방법 등 세부 기준 규정
조세특례제한법 제12조의4 제2항: 세액공제 후 일정기간 내 요건 미충족 시 공제세액 추징
조세특례제한법 부칙(2021.12.28. 개정): 2022년 1월 1일 이전 취득분은 종전 규정 적용
조세특례제한법(2021.12.28. 개정): 연도별 요건 및 공제 적용 방법 등 일부 문구 정비

사례 Q&A

1. 기술혁신형 중소기업 주식을 취득했다가 일부를 연도 내 양도하면 세액공제 받을 수 있나요?

답변

근거

국세청 회신과 조세특례제한법 제12조의4 제1항 제2호의 주식 전부 계속 보유 요건이 근거가 됩니다.

2. 지분율이 사업연도 종료일에 기준지분비율을 초과하면 세액공제 요건에 문제없나요?

답변

근거

조세특례제한법상 취득주식 전부의 연도말까지 보유 요건 해석이 반영된 국세청 유권해석이 적용됩니다.

3. 기술혁신형 주식취득 세액공제의 주식 보유 요건은 무엇인가요?

답변

취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 당초 취득한 주식 전체를 계속 보유해야 세액공제 대상이 되는 것으로 확인됩니다.

근거

조세특례제한법 제12조의4 제1항 제2호 및 국세청 기준-2024-법규법인-0060 회신의 명확한 보유 요건 안내에 따른 것입니다.

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유권해석 전문

요지

당초 취득한 주식을 취득일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유하지 않은 경우 세액공제 요건을 충족하지 못한 것임

회신

1. 사실관계

○ A법인은 2019.*.**. 주식회사 B법인이 발행한 주식 **주(100%)를 최초로 취득하고,

- 동일 사업연도 내인 2019.*.**. **주를 제3자에게 양도하여 2019사업연도 종료일 현재 B법인의 주식 **주(85%)를 보유한 최대주주가 되었음

○ 납세자는 2022.*.**. A법인을 흡수합병하였음

○ 구 「조세특례제한법」 제12조의4 제1항 제2호를 적용함에 있어 자문신청 관서와 납세자 간 이견이 있음

□ 구 조특법§12의4①(2)

2. 질의내용

- 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제가 가능한 지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2021.12.28. 제18634호로 개정되기 전의 것)

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우

3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.

가. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우

나. ⁠「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우

③ 제1항제5호 및 제2항제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】

2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액

가. 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액

나. 취득일 현재의 지분비율

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2021.12.28. 제18634호로 개정된 것)

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

부칙

제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다

출처 : 국세청 2024. 05. 29. 기준-2024-법규법인-0060 | 국세법령정보시스템