요지

비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 사업을 영위하면서 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 법인세가 과세되지 아니하는 것임

회신

귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.
비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업(이하 ⁠“해당사업”)을 영위하면서 위・수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 법인세법 제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임

1. 사실관계

○A센터(이하“질의법인”이라 함)는 B시와 ⁠‘청소년센터 관리운영 위·수탁협약’을 맺고 청소년센터를 운영하면서

- 청소년 및 일반인을 대상으로 수영, 헬스, 평생교육강좌 등을 실시하고 이용료를 받고 있음

2. 질의내용

○ 비영리법인이 지방자치단체와 위·수탁협약을 맺고 청소년센터를 운영하면서 발생한 수익 전부를 청소년센터 운영에 재투자하고 위탁기간 만료 시 집행 잔액을 반납하는 경우 해당사업의 법인세 과세대상 여부

3. 관련법령

○법인세법 제3조【납세의무자】

① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

1. 내국법인

2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인

② 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.

○법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3.「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6.「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

(이하 각 호 생략)

○법인세법 시행규칙 제2조【수익사업의 범위】

「법인세법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제3조제1항 각 호 외의 부분에 따른 사업에는 그 사업 활동이 각 사업연도의 전 기간 동안 계속하는 사업 외에 상당 기간 동안 계속하거나 정기적 또는 부정기적으로 수차례에 걸쳐 하는 사업을 포함한다.

4. 관련예규

○ 재정경제부 법인세제과-78, 2005.01.30.

 비영리법인인 한국해양오염방제조합이 해양수산부로부터 선박폐유수용시설에 대한 관리 및 운영업무를 수탁받아 선박폐유처리업무를 수행하면서 해양수산부에서 승인한 금액의 범위 내에서 선박폐유배출자에게 폐유수거료를 징수하고 매 회계연도말에 사업비를 정산한 후 잔여금액을 해양수산부에 귀속시키는 경우 징수한 선박폐유수거료에 대하여는 법인세법 제2조 제3항의 규정에 의하여 법인세의 납세의무가 없는 것임

○ 사전-2020-법령해석법인-0377, 2020.11.16.

비영리법인이 ｢노인복지법｣ 제23조의2에 따라 지방자치단체로부터 위탁받은 노인 일자리사업을 수행하고 해당사업에서 발생하는 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속되는 경우, 해당 사업에서 발생한 소득은 ｢법인세법｣ 제3조제2항에 따라 법인세 과세대상에 해당하지 아니하는 것임

○ 사전-2018-법령해석법인-0674, 2019.03.28

 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 「환경오염피해 배상책임 및 구제에 관한 법률」 제22조에 따라 환경부장관이 환경책임보험에 관한 재보험 사업을 OOOOOO기술원(이하 ⁠“기술원”)에 위탁하고 같은 법 제35조제1항에 따라 기술원이 환경오염피해구제계정을 설정ㆍ운용하는 경우로서

기술원이 국가로부터 위탁받은 환경책임보험에 관한 재보험사업을 수행하고, 이와 관련된 손익이 전부 국가에 귀속되는 경우에는

 같은 법 제35조제2항에 따라 기술원이 보험자로부터 수입하는 재보험료는 수익사업 소득에 해당하지 않는 것입니다

○ 서면-2016-법령해석법인-5039, 2017.05.29.

비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업을 수행하면서 사업집행자금을 지급받고, 사업 종료 후 사업집행자금의 미집행잔액 및 사업기간 중 발생한 이자 등을 포함한 일체의 손익을 정산하여 국가에 반납함으로써 해당 사업의 손익이 전부 국가에 귀속되는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하지 아니하는 것이나, 그 손익의 전부 또는 일부가 비영리내국법인에 귀속되는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하는 것임

○ 서면법규과-777, 2014.07.22.

비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업(이하 ⁠“해당사업”)을 영위하면서 위・수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 법인세법 제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임

○ 법인세과-312, 2011.04.28.

 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업은 ｢법인세법 시행령｣ 제2조제1항에 따라 법인세 과세대상인 수익사업에 해당되나, 비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업의 손익이 국가에 귀속될 경우에는 해당 사업에서 발생한 손익은 같은 법 제2조에 따라 법인세 과세대상이 되지 아니함

○ 법인세과-335, 2010.04.08.

비영리내국법인이 지방자치단체와 체육시설 관리 및 운영(이하 ⁠“위탁사업”이라 함)에 대한 위·수탁 계약을 체결하여 동 위탁사업에서 발생하는 모든 손익이 지방자치단체에 귀속되고 해당 비영리내국법인은 그 위탁사업 대행에 대한 대가로 별도의 성과금을 지급받는 경우 지방자치단체에 귀속되는 위탁사업 수입금액에 대하여는 ｢법인세법｣ 제2조제3항에 따라 법인세 납세의무가 없는 것이나, 위탁사업 대행에 따른 대가로 지방자치단체로부터 지급받는 성과금은 같은 법 제3조제3항에 따라 해당 비영리내국법인의 법인세 과세대상 수익사업 소득에 해당하는 것임

○ 서면2팀-2566, 2004.12.08.

비영리법인이 지방자치단체로부터 병원의 운영권과 시설물 사용관리권을 위탁받아 이를 관리·운영하고 실질적으로 지방자치단체에 귀속시키는 수익은 ｢법인세법｣ 제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니함

출처 : 국세청 2020. 12. 15. 서면-2020-법인-5505[법인세과-4421] | 국세법령정보시스템