요지

기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에 근무하는 직원이 해당 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당법인에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익은「조세특례제한법 시행령」 ⁠(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것) 부칙 제24조 관련 ⁠[별표6의3]제1호가목1)의 본문에 따른 인건비에 해당하는 것임

답변내용

내국법인의 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제7조제1항제1호에 따른 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에 근무하는 직원이 해당 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당법인에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익은｢조세특례제한법 시행령｣ ⁠(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것) 부칙 제24조 관련 ⁠[별표6의3]제1호가목1)의 본문에 따른 인건비에 해당하는 것임

1. 사실관계

 ○갑법인은 2010.00.00 설립된 회사로서 ｢벤처기업 육성에관한 특별조치법｣ 제2조의 규정에 따른 벤처기업으로

  - 게임소프트웨어 개발 및 공급업 등을 주요사업으로 영위하는 법인임

 ○ 갑법인은 게임프로그램 등 엔진개발을 위한 연구소를 보유 하고 있으며

  * ⁠「기초연구진흥 및 개술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소

  - 이는 조세특례제한법에서 규정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ⁠“연구전담부서”)에 해당함

 ○ 갑법인의 직원인 ○○○은 ’16.6월부터 현재까지 연구전담부서에서 게임관련 연구개발 과제를 직접 수행하고 있음

 ○ 갑법인은 ○○○에게 ’17.3.00. 주주총회에서 신주발행방식을 통한 보통주 2,000주에 대해 주식매수선택권을 부여하였고

  -○○○는 ’19.3.00.부여받은 주식매수선택권 2,000주중 800주에 대해 행사하고 행사이익이 발생하여

  - 갑법인은 해당 행사이익을 근로소득으로 보아 원천징수함

2. 질의요지

 ○ 연구전담부서에 근무하는 직원이 주식매수선택권 행사로 얻은 이익이 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제9조 【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)

  ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

   1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

  ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

 ○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)

  ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다

 ○ 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)

  ① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

    (이하생략)

 ○ 조세특례제한법 시행령 별표6【연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용】(조특령 제8조제1항 관련) ⁠(2013.2.15. 개정, 제24368호)

○ 조세특례제한법 시행령 별표6의3【연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용】 ⁠(부칙 제24조* 관련) ⁠(2019.2.12. 신설, 제29527호)

  * ⁠(부칙 제24조) 별표6에도 불구하고 2020년1월1일 전에 개시하는 과세연도분까지는 별표6의3에 따른다

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

 ① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

  1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

  2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

○ 법인세법 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】

   (2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것)

  다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.

  2. 삭제

  3. 주식할인발행차금

○ 법인세법 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】

   (2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것)

  다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1. 결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액

  2. 주식할인발행차금: 「상법」 제417조에 따라 액면미달의 가액으로 신주를 발행하는 경우 그 미달하는 금액과 신주발행비의 합계액

○ 법인세법 시행령 제20조 【성과급 등의 범위】(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

 ① 법 제20조제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. 삭제

  2.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의3에 따라 취득한 자기주식으로 지급하는 성과급으로서 우리사주조합을 통하여 지급하는 것. 이 경우 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 유가증권시장에서 해당 법인의 주식을 취득하여 조합원에게 분배한 우리사주조합에 해당 법인이 성과급으로 그 대금을 지급하는 것을 포함한다.

  3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액

   가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

   나. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

   다. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

   (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정된 것)

  법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

  (1.∼18호 생략)

  19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 "주식기준보상"이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 "주식매수선택권등"이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액

   가. ⁠「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은주식매수선택권등(주식매수선택권은「상법」제542조의3에 따라 부여받은 경우만 해당한다)

   나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것

  19의2.「상법」제340조의2, ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3 또는 ⁠「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제15조에 따른 주식매수선택권 또는 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다.

   가. 주식매수선택권을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 금액

    1) 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액

    2) 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

   나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

  (이하생략)

○ 소득세법 시행령 제38조 【근로소득의 범위】

 ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

  17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」제2조제5항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

출처 : 국세청 2020. 03. 31. 사전-2019-법령해석법인-0640[법령해석과-960] | 국세법령정보시스템