요지

자경농지에 대한 양도소득세의 감면이 적용되는 농지에 해당하는지 여부는 ⁠「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일을 기준으로 하는 것이나, 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제66조제5항 본문외 단서 제1호에 따라 매매계약일을 기준으로 하는 것임

회신

거주자가「주택법」에 따른 지역주택조합에 토지사용승낙을 하여 매매계약서에 따른 대금청산일 전에 공원조성공사를 한 경우「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면이 적용되는 농지에 해당하는지 여부는 ｢소득세법 시행령｣ 제162조에 따른 양도일을 기준으로 하는 것이나, 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제5항 본문외 단서 제1호에 따라 매매계약일을 기준으로 하는 것입니다.
이 경우 토지사용승낙이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제5항 본문외 단서 제1호에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항입니다.

1. 사실관계

○ 2015.02. 갑은 주택조합의 아파트 건설 사업에 필요한 공원조성사업을 위해 토지의 사용을 승낙함

○ 2017.05. 공공용지의 취득 협의서 작성 및 양도대금을 수령함

○ 2017.06. 주택조합에 소유권 이전함

○ 2017.07. 8년 이상 자경감면을 적용하여 양도소득세 신고함

2. 질의내용

○ 주택조합의 공원조성사업을 위해 매매계약 체결 전에 사용 승낙을 한 토지의 양도일 현재 농지 여부 판단기준일이 언제인지 여부

3. 관련법령

□ 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

□ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

 3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날

 4.∼ 6. 생략

 7.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

 8. ～10. ⁠(생략)

□ 소득세법 시행규칙 제78조【장기할부조건의 범위】

① 삭제

② 삭제

③ 영 제162조제1항제3호에서 "기획재정부령이 정하는 장기할부 조건"이라 함은 법 제94조제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

 1. 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회이상으로 분할하여 수입할 것

 2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것

□ 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. ⁠(단서생략)

 (이하생략)

□ 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

 1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

 3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② ～ ③ ⁠(생략)

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

 1. ∼ 2. 생략

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

 1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

 2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

 3.「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

(이하생략)

출처 : 국세청 2018. 10. 22. 기준-2018-법령해석재산-0160[법령해석과-2784] | 국세법령정보시스템