요지

연결법인 간 주식양도차익에 대하여 과세이연규정과 비과세 규정이 동시에 적용되는 경우에는 과세이연 규정을 먼저 적용한 후 환입사유 발생시점에 비과세를 적용함

회신

「법인세법」제76조의8에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결자법인이 ⁠「조세특례제한법」 제13조 ⁠(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세)가 적용되는 주식(이하 ⁠‘쟁점주식’)을 연결모법인에게 양도하여 양도차익이 발생하는 경우, 연결자법인은「법인세법」제76조의14제1항제3호라목에 따라 그 양도차익을 익금불산입한 후 연결모법인이 쟁점주식을 양도하여 같은 법 시행령 제120조의18제2항제2호에 따라 과세이연된 양도차익을 익금에 산입하는 시점에 해당 양도차익에 대한 비과세를 적용하는 것임

1. 질의내용

 ○ 「법인세법」 제76조의14 제1항제3호라목에 따른 연결법인 간 주식양도손익에 대한 과세이연 규정과 「조세특례제한법」 제13조에 따른 주식양도차익 비과세 규정이 동시에 적용되는 경우 그 주식양도차익의 비과세 적용시기

2. 사실관계

 ○ A법인은 인터넷 서비스 사업 등을 영위하는 유가증권시장 상장 법인으로 연결납세방식을 적용하고 있으며

  - B법인은 舊「중소기업창업 지원법」(2020.2.11. 법률 제16998호로 개정되기 이전의 것) 제10조에 의해 등록된 중소기업창업투자회사로서 A법인이 B법인의 지분 100%를 소유하고 있음

 ○A법인과 B법인은 중소기업창업투자조합인 ◇◇◇◇ 벤처투자조합(이하 ⁠‘투자조합’)의 출자지분을 각각 43.25%, 17.3%를 보유하고 있으며

  -’13.3.8. 투자조합은 ⁠「조세특례제한법」제13조제1항제1호에 따른 창업자에 해당하는 법인의 신주 1,000주를 유상증자의 방법으로 취득하였으며,

  - 보유주식수는 무상증자 및 액면분할 등의 사유로 2,752,400주(이하 ⁠‘쟁점주식’)로 증가하였음

 ○’21.10.7. 투자조합은 존속기간 만료로 해산총회를 개최하여 조합의 청산을 결의함과 동시에 투자조합 규약에 따라 쟁점주식을 출자비율에 따라 현물 배분하였으며,

  - B법인은 배분받은 쟁점주식을 전부 A법인에게 매도할 예정이며 쟁점주식은 「조세특례제한법」 제13조에 따라 그 양도차익에 대하여 비과세가 적용되는 주식임

3. 관련법령

○ 법인세법 제76조의 8【연결납세방식의 적용 등】

 ① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의 13【연결과세표준】

 ① 각 연결사업연도의 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 제3항제1호에 따른 연결소득 개별귀속액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 연결법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

  1. 각 연결사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 연결사업연도의 결손금(연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 포함한다)으로서 그 후의 각 연결사업연도(사업연도를 포함한다)의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

  2. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 비과세소득의 합계액

  3. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 소득공제액의 합계액

○ 법인세법 제76조의 14【각 연결사업연도의 소득】

 ① 각 연결사업연도의 소득은 각 연결법인별로 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득 또는 결손금을 합한 금액으로 한다.

  1. 연결법인별 각 사업연도의 소득의 계산: 제14조에 따라 각 연결법인의 각 사업연도의 소득 또는 결손금을 계산

  2. 다음 각 목에 따른 연결법인별 연결 조정항목의 제거

  가. 수입배당금액의 익금불산입 조정: 제18조의2 및 제18조의3에 따라 익금에 산입하지 아니한 각 연결법인의 수입배당금액 상당액을 익금에 산입

  나. 기부금과 접대비의 손금불산입 조정: 제24조 및 제25조에 따라 손금산입한도를 초과하여 손금에 산입하지 아니한 기부금 및 접대비 상당액을 손금에 산입

  3. 다음 각 목에 따른 연결법인 간 거래손익의 조정

  가. 수입배당금액의 조정: 다른 연결법인으로부터 받은 수입배당금액 상당액을 익금에 불산입

  나. 접대비의 조정: 다른 연결법인에 지급한 접대비 상당액을 손금에 불산입

  다. 대손충당금의 조정: 다른 연결법인에 대한 채권에 대하여 설정한 제34조에 따른 대손충당금 상당액을 손금에 불산입

  라. 자산양도손익의 조정 : 유형자산 및 무형자산 등 대통령령으로 정하는 자산을 다른 연결법인에 양도함에 따라 발생하는 손익을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 불산입

○ 법인세법 시행령 제120조의 18【연결법인 간 자산양도 손익의 이연 등】

 ① 법 제76조의14제1항제3호라목에서 "유형자산 및 무형자산 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산(이하 이 장에서 "양도손익이연자산"이라 한다)으로서 양도시점에 국내에 소재하는 자산을 말한다. 다만, 제1호부터 제3호까지의 자산으로서 거래 건별 장부가액이 1억원 이하인 자산은 양도손익이연자산에서 제외할 수 있다.

  1. 제24조제1항제1호의 유형자산(건축물은 제외한다)

  2. 제24조제1항제2호의 무형자산

  3. 매출채권, 대여금, 미수금 등의 채권

  4. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제3조제1항에 따른 금융투자상품

  5. 토지와 건축물

② 법 제76조의14제1항제3호를 적용할 때 양도손익이연자산을 다른 연결법인(이하 이 조에서 "양수법인"이라 한다)에 양도함에 따라 발생한 연결법인(이하 이 조에서 "양도법인"이라 한다)의 양도소득 또는 양도손실은 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고, 양수법인에게 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액을 양도법인의 익금 또는 손금에 산입한다. 다만, 해당 양도손익이연자산의 양도에 대하여 법 제52조제1항이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 양도손익이연자산을 감가상각하는 경우

   양도소득 또는 양도손실 × ⁠(감가상각액/양수법인의 장부가액)

 2. 양도손익이연자산을 양도(다른 연결법인에 양도하는 경우를 포함한다)하는 경우

   양도소득 또는 양도손실 × 양도손익이연자산의 양도비율

 3. 양도손익이연자산에 대손이 발생하거나 멸실된 경우

   양도소득 또는 양도손실 × ⁠(대손금액 또는 멸실금액/양수법인의 장부가액)

 4. 양도한 채권의 지급기일이 도래하는 경우

   양도법인의 양도가액 – 양도법인의 장부가액

○자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제3조【금융투자상품】

 ① 이 법에서 "금융투자상품"이란 이익을 얻거나 손실을 회피할 목적으로 현재 또는 장래의 특정(特定) 시점에 금전, 그 밖의 재산적 가치가 있는 것(이하 "금전등"이라 한다)을 지급하기로 약정함으로써 취득하는 권리로서, 그 권리를 취득하기 위하여 지급하였거나 지급하여야 할 금전등의 총액(판매수수료 등 대통령령으로 정하는 금액을 제외한다)이 그 권리로부터 회수하였거나 회수할 수 있는 금전등의 총액(해지수수료 등 대통령령으로 정하는 금액을 포함한다)을 초과하게 될 위험(이하 "투자성"이라 한다)이 있는 것을 말한다. ⁠(단서 생략)

 ② 제1항의 금융투자상품은 다음 각 호와 같이 구분한다.

  1. 증권

  2. 파생상품

○조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

  1.「벤처투자 촉진에 관한 법률」에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다) 및 창업기획자(이하 "창업기획자"라 한다)가 ⁠「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자(이하 "창업자"라 한다), 벤처기업 또는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사(「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 한정한다. 이하 "신기술창업전문회사"라 한다)에 2022년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  2.～6. ⁠(생 략)

 ② 제1항제1호부터 제4호까지의 규정을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

  1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

  2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

  3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

  4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

  5. 제2호에 따라 유상증자의 증자대금을 납입한 날부터 6개월 이내에 제16조제1항에 따라 거주자가 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 해당 유상증자 기업의 주식 또는 출자지분으로서 해당 거주자의 출자일 또는 투자일부터 3년이 지난 것을 매입하는 방법. 다만, 제2호에 따라 납입한 증자대금의 100분의 10을 한도로 한다.

출처 : 국세청 2021. 12. 30. 서면-2021-법령해석법인-7523[법령해석과-4771] | 국세법령정보시스템