요지

폐기물관리법 제30조 제2항의 규정에 의하여 주무관청에 폐기물 처리시설의 설치신고를 한 사업자가 지방자치단체로부터 생활폐기물 처리를 위탁받아 당해 생활폐기물 처리용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것임

회신

귀 서면질의의 경우 기존해석사례(서면인터넷방문상담3팀-624, 2005.05.09)를 보내드리니 참조하시기 바랍니다.
○ 서면인터넷방문상담3팀-624, 2005.05.09
폐기물관리법 제30조 제2항의 규정에 의하여 주무관청에 폐기물 처리시설의 설치신고를 한 사업자가 지방자치단체로부터 생활폐기물 처리를 위탁받아 당해 생활폐기물 처리용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제29조 제11호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것입니다.
* 폐기물관리법 제30조 제2항은 현행 제29조 제2항으로, 부가가치세법 시행령 제29조 제11호는 현행 제35조 제12호로 변경됨

1. 사실관계

○ ☆☆광역시는 민간투자사업으로 2005년부터 2025년까지 폐기물 최종재활용업체인 A사와 음식물류 폐기물처리시설을 운영하기로 함

  - 그러나, A사의 누적적자로 인해 중도에 실시협약 종료 합의서를 작성(16.8.31)하고, 관리운영권이 사업시행자인 지자체로 귀속됨

○ 다만, 대체사업자가 선정될 때까지의 기간(16.9～12월)을 인수인계 기간으로 정하고, 해당기간 동안의 시설운영은 지자체 관리하에 A사가 임시 운영하는 것으로 합의하였음

  - A사는 폐기물관리법 제25조 규정에 따라 폐기물 최종재활용업 허가를 받은 업체이고, 허가증에 명시된 재활용 시설 소재지 등의 변경없이 동일한 장소에서 임시 운영할 계획임

  - 임시 운영기간 중 A사가 제공하는 용역은 부가세 과세로 청구할 예정임

2. 질의내용

○ 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 지방자치단체와 위탁계약을 체결하여 생활폐기물의 처리용역을 제공하는 경우 부가가치세 면세 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

○ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】

법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 ⁠「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

12. 「폐기물관리법」 제25조에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

○ 부가가치세법 기본통칙 26-35-1【면세하지 아니하는 그 밖의 의료보건위생용역】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 면세하는 그 밖의 의료보건위생용역에 해당하지 아니한다.

1. ⁠「폐기물관리법」,「하수도법」및「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 허가를 얻은 사업자가 수거한 폐기물, 분뇨 등으로 과세되는 재화를 제조하여 공급하는 경우

2. ⁠「폐기물관리법」제29조에 따라 폐기물처리시설을 설치ㆍ운영하는 사업자 및「하수도법」제45조 및「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」제28조에 따라 등록한 사업자가 폐기물처리시설이나 분뇨처리시설, 오수정화시설, 정화조 또는 축산폐수정화시설의 설계ㆍ시공용역을 공급하거나 정화조를 공급하는 경우

3. 사업자가 타인에게 임대하거나 사용하게 한 공장 또는 사업장에 폐기물 또는 분뇨 등의 수거와 청소용역을 제공하는 경우

○ 폐기물관리법 제25조 【폐기물처리업】

① 폐기물의 수집・운반, 재활용 또는 처분을 업(이하 "폐기물처리업"이라 한다)으로 하려는 자(음식물류 폐기물을 제외한 생활폐기물을 재활용하려는 자와 폐기물처리 신고자는 제외한다)는 환경부령으로 정하는 바에 따라 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 폐기물 처리 사업계획서를 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시・도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다.

② 환경부장관이나 시・도지사는 제1항에 따라 제출된 폐기물 처리사업계획서를 다음 각 호의 사항에 관하여 검토한 후 그 적합 여부를 폐기물처리사업계획서를 제출한 자에게 통보하여야 한다.

1. 폐기물처리업 허가를 받으려는 자(법인의 경우에는 임원을 포함한다)가 제26조에 따른 결격사유에 해당하는지 여부

2. 폐기물처리시설의 입지 등이 다른 법률에 저촉되는지 여부

3. 폐기물처리사업계획서상의 시설・장비와 기술능력이 제3항에 따른 허가기준에 맞는지 여부

4. 폐기물처리시설의 설치・운영으로 「수도법」 제7조에 따른 상수원보호구역의 수질이 악화되거나 「환경정책기본법」 제12조에 따른 환경기준의 유지가 곤란하게 되는 등 사람의 건강이나 주변 환경에 영향을 미치는지 여부

③ 제2항에 따라 적합통보를 받은 자는 그 통보를 받은 날부터 2년(제5항제1호에 따른 폐기물 수집・운반업의 경우에는 6개월, 폐기물처리업 중 소각시설과 매립시설의 설치가 필요한 경우에는 3년) 이내에 환경부령으로 정하는 기준에 따른 시설・장비 및 기술능력을 갖추어 업종, 영업대상 폐기물 및 처리분야별로 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관의, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시・도지사의 허가를 받아야 한다. 이 경우 환경부장관 또는 시・도지사는 제2항에 따라 적합통보를 받은 자가 그 적합통보를 받은 사업계획에 따라 시설・장비 및 기술인력 등의 요건을 갖추어 허가신청을 한 때에는 지체 없이 허가하여야 한다.

④ 환경부장관 또는 시・도지사는 천재지변이나 그 밖의 부득이한 사유로 제3항의 기간 내에 허가신청을 하지 못한 자에 대하여는 신청에 따라 총 연장기간 1년(제5항제1호에 따른 폐기물 수집・운반업의 경우에는 총 연장기간 6개월, 같은 항 제3호에 따른 폐기물 최종처분업과 같은 항 제4호에 따른 폐기물 종합처분업의 경우에는 총 연장기간 2년)의 범위에서 허가신청기간을 연장할 수 있다.

⑤ 폐기물처리업의 업종 구분과 영업 내용은 다음과 같다.

1. 폐기물 수집・운반업: 폐기물을 수집하여 재활용 또는 처분 장소로 운반하거나 폐기물을 수출하기 위하여 수집・운반하는 영업

2. 폐기물 중간처분업: 폐기물 중간처분시설을 갖추고 폐기물을 소각 처분, 기계적 처분, 화학적 처분, 생물학적 처분, 그 밖에 환경부장관이 폐기물을 안전하게 중간처분할 수 있다고 인정하여 고시하는 방법으로 중간처분하는 영업

3. 폐기물 최종처분업: 폐기물 최종처분시설을 갖추고 폐기물을 매립 등(해역 배출은 제외한다)의 방법으로 최종처분하는 영업

4. 폐기물 종합처분업: 폐기물 중간처분시설 및 최종처분시설을 갖추고 폐기물의 중간처분과 최종처분을 함께 하는 영업

5. 폐기물 중간재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간가공 폐기물을 만드는 영업

6. 폐기물 최종재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간가공 폐기물을 제13조의2에 따른 용도 또는 방법으로 재활용하는 영업

7. 폐기물 종합재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간재활용업과 최종재활용업을 함께 하는 영업

○ 서면-2015-부가-1377 ⁠[부가가치세과-226], 2016.02.02

귀 질의의 경우 기존해석사례(부가가치세과-129, 2014.02.17 및 서면3팀-1433, 2005.09.01)를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

 ※ 부가가치세과-129, 2014.02.17

지자체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받은 수탁자가 수탁자의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우 당해 용역의 공급에 대하여는 수탁자가 납세의무자가 되는 것이며, 지자체의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우에는 당해 용역의 공급에 대하여는 위탁자인 지자체가 납세의무자가 되는 것임

 ※ 서면3팀-1433, 2005.09.01

폐기물관리법에 의하여 생활폐기물 처리업의 허가를 받은 사업자가 지방자치단체로부터 생활폐기물 처리를 위탁받아 당해 생활폐기물 처리용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제29조 제11호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 폐기물관리법에 의한 허가를 받지 아니한 사업자의 위탁 관리・운영용역은 부가가치세법 제1조의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것입니다.

* 부가가치세법 시행령 제29조제11호는 현행 제35조제12호로, 부가가치세법 제1조는 현행 제4조로 변경

○ 부가가치세과-506, 2014.05.29

귀 질의의 경우 기존 해석사례(부가가치세과-1152, 2013.12.19 외)를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

 ※ 부가가치세과-1152, 2013.12.19

「폐기물관리법」제25조에 따라 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 생활폐기물 수집・운반 및 처리용역을 제공하는 경우「부가가치세법」제26조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제35조 제12호에 따라 부가가치세를 면제하는 것으로서 「폐기물관리법」 제25조 제3항에 따른 사업장일반폐기물에 대한 폐기물중간처리업의 허가를 받은 사업자가 같은 법 제14조 제2항에 따라 지방자치단체와 위탁계약을 체결하여 생활폐기물의 처리용역을 제공하는 경우 해당 용역의 제공은 면세되는 것입니다.

 ※ 부가가치세과-227, 2010.02.24

「폐기물관리법」 제25조제3항에 따른 사업장일반폐기물에 대한 폐기물중간처리업의 허가를 받은 사업자가 같은 법 제14조제2항에 따라 지방자치단체와 위탁계약을 체결하여 생활폐기물의 수집・운반・처리용역을 제공하는 경우 해당 용역의 제공은 ⁠「부가가치세법」제12조제1항제4호에 따라 면세되는 것임

○ 부가가치세과-1152, 2013.12.19

「폐기물관리법」제25조에 따라 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 생활폐기물 수집・운반 및 처리용역을 제공하는 경우「부가가치세법」제26조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제35조 제12호에 따라 부가가치세를 면제하는 것으로서 「폐기물관리법」 제25조 제3항에 따른 사업장일반폐기물에 대한 폐기물중간처리업의 허가를 받은 사업자가 같은 법 제14조 제2항에 따라 지방자치단체와 위탁계약을 체결하여 생활폐기물의 처리용역을 제공하는 경우 해당 용역의 제공은 면세되는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담3팀-624, 2005.05.09

폐기물관리법 제30조 제2항의 규정에 의하여 주무관청에 폐기물 처리시설의 설치신고를 한 사업자가 지방자치단체로부터 생활폐기물 처리를 위탁받아 당해 생활폐기물 처리용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제29조 제11호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것입니다.

○ 서삼46015-10482, 2003.03.21

귀 질의의 경우에는 붙임 관련 참고자료의 유사사례(부가46015-4359, 1999.10.27)를 참고하시기 바랍니다.

 ※ 부가46015-4359, 1999.10.27

폐기물관리법 제30조 제2항의 규정에 의하여 폐기물 처리시설의 설치신고를 한 사업자가 지방자치단체로부터 생활폐기물에 해당하는 음식물쓰레기의 처리를 위탁받아 음식물쓰레기 처리용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법시행규칙 제11조의 2 제4호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임.

출처 : 국세청 2017. 01. 31. 서면-2016-부가-5317[부가가치세과-162] | 국세법령정보시스템