요지

일반주택을 취득 후 조특법§99의4 제1항이 적용되는 1채의 농어촌주택(자기가 건설하여 취득한 경우 포함)을 취득하고, 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우 농어촌주택은 해당1세대의 소유주택으로 보지않고, 소득세법 제89조 제1항을 적용하는 것임.

회신

일반주택을 취득 후 조특법§99의4 제1항이 적용되는 1채의 농어촌주택(자기가 건설하여 취득한 경우 포함)을 취득하고, 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우 농어촌주택은 해당1세대의 소유주택으로 보지않고, 소득세법 제89조 제1항을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

  - 2013. 09월 충남 공주시 소재 토지 179㎡ 매입

  - 2014. 2월 서울 양천구 소재 아파트 매입(A아파트)

  - 2014. 9월 ’13년 9월 매입한 충남 공주시 소재 토지에 27㎡ 단층 주택 신규 건축

2. 질의내용

○ ⁠「조세특례제한법」제99조의4에 해당하는 농어촌주택 취득 후 A아파트 양도시 비과세 적용 가능한 지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2020년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

   1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

   가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

    1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

    2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역

    3) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

    4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역

    5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

   나. 대지면적이 660제곱미터 이내일 것

   다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

  2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택"이라 한다)

   가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

   나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 ⁠(다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것

    1) 수도권지역

    2) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

    3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

   다. 대지면적이 660제곱미터 이내일 것

   라. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

② 삭제

③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

⑤ 1세대가 수도권 내 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역에 소재하는 2주택(양도하는 시점의 ⁠「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격을 합산한 금액이 6억원 이하인 경우에 한정한다)만을 소유하는 경우로서 2020년 12월 31일까지 그 중 1주택을 양도하고 「소득세법」 제105조제1항제1호 본문에 따른 기간 내에 농어촌주택등을 취득하는 경우에는 같은 법 제104조제7항을 적용하지 아니하고, 「소득세법」 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제받을 수 있다.

⑥ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우 또는 제5항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하거나 최초 보유한 기간 3년 중 농어촌주택등에 2년 이상 거주하지 아니한 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유 또는 거주하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 제1항, 제4항 및 제5항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.

⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조【국토의 용도 구분】

국토는 토지의 이용실태 및 특성, 장래의 토지 이용 방향, 지역 간 균형발전 등을 고려하여 다음과 같은 용도지역으로 구분한다.

  1. 도시지역: 인구와 산업이 밀집되어 있거나 밀집이 예상되어 그 지역에 대하여 체계적인 개발·정비·관리·보전 등이 필요한 지역

○ 소득세법 제104조의2【지정지역의 운영】

 ① 기획재정부장관은 해당 지역의 부동산 가격 상승률이 전국 소비자물가 상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산 가격 상승률 등을 고려할 때 그 지역의 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준 및 방법에 따라 그 지역을 지정지역으로 지정할 수 있다.

○ 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제10조【토지거래허가구역의 지정】

 ① 국토교통부장관 또는 시·도지사는 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립과 집행, 합리적인 토지 이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가(地價)가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 5년 이내의 기간을 정하여 제11조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 "허가구역"이라 한다)으로 지정할 수 있다.

  1. 허가구역이 둘 이상의 시·도의 관할 구역에 걸쳐 있는 경우: 국토교통부장관이 지정

  2. 허가구역이 동일한 시·도 안의 일부지역인 경우: 시·도지사가 지정. 다만, 국가가 시행하는 개발사업 등에 따라 투기적인 거래가 성행하거나 지가가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역 등 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관이 지정할 수 있다.

○ 관광진흥법 제2조【정의】

 7. "관광단지"란 관광객의 다양한 관광 및 휴양을 위하여 각종 관광시설을 종합적으로 개발하는 관광 거점 지역으로서 이 법에 따라 지정된 곳을 말한다.

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 사전-2017-법령해석재산-0336, 2017.06.20.

[ 요 지 ]

 일반주택을 취득하고 조특법§99의4 제1항이 적용되는 1채의 고향주택을 취득하여 3년 이상 보유하고 그 고향주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 1세대1주택 비과세 적용함

[답 변]

1세대가「조세특례제한법」 제99조의4 제1항 제2호 각목의 요건을 모두 갖춘 고향주택을 취득(별도 세대원으로부터 증여받은 경우 포함)하여 3년 이상 보유하고 그 고향주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는1세대1주택 비과세를 적용하는 것입니다.

다만, 고향주택의 취득자가 소재지에서 10년이상 거주하였는지 여부는 사실판단할 사항입니다.

○ 서면-2015-부동산-0348, 2015.07.03.

[ 요 지 ]

 「조세특례제한법」제99조의4 제1항 제1호에 해당하는 1채의 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대1주택 비과세를 적용하는 것임

[답 변]

1. 거주자 및 그 배우자가 구성하는 1세대가 2003년 8월 1일부터 2017년 12월 31일까지의 기간(농어촌주택등취득기간) 중에 ⁠「조세특례제한법」제99조의4 제1항 제1호에 해당하는 1채의 농어촌주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 ⁠「소득세법」제89조 제1항 제3호를 적용하는 것입니다.

2. 한편, 양도소득세는 양도 당시의 세법을 적용하는 것입니다.

○ 재산세과-175, 2009.09.10.

[ 요 지 ]

 농어촌주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함함)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 일반주택을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 비과세(고가주택은 제외) 규정을 적용

[답 변]

○거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 2003.8.1.부터 2008.12.31.까지의 기간(이하 ⁠“농어촌 주택취득기간”이라 함)중에 「조세특례제한법」 제99조의 4 제1항 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 ⁠“농어촌주택”이라 함)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함함)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 비과세(고가주택은 제외) 규정을 적용함

○국내에 1주택(이하 ⁠“A주택”이라 함)을 소유한 1세대가 농어촌주택취득기간 중 1개의 농어촌주택을 취득하고 A주택을 양도하기 전에 다른 1주택(이하 ⁠“B주택”이라 함)을 취득한 경우로서, B주택을 취득한 날로부터 2년 이내에 A주택을 양도하는 경우에는「소득세법 시행령」제155조 제1항이 적용되는 것임

출처 : 국세청 2019. 05. 22. 서면-2018-부동산-4063[부동산납세과-513] | 국세법령정보시스템