요지

대표자가 창업당시에는 청년창업중소기업세액감면대상이 되었으나 창업일 이후에 지분율 변동으로 인해 최대주주의 지위를 상실한 경우 그 사유가 발생한 과세연도부터 남은 감면기간 동안 조세특례제한법 제6조 제1항 제1호 나목에 따른 감면을 적용하는 것이며, 이후 과세연도에 최대주주의 지위를 회복하더라도 같은 법 제6조 제1항 제1호 가목에 따른 청년창업중소기업세액감면을 적용하지 않는 것임

회신

｢조세특례제한법｣제6조에 따른 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용함에 있어 같은 법 같은 조 제1항 제1호 가목의 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 청년창업중소기업의 대표자가 창업당시에는 같은 법 시행령 제5조 제1항 제2호 요건을 충족하여 청년창업중소기업세액감면대상이 되었으나 창업일 이후에 지분율 변동으로 인해 최대주주의 지위를 상실한 경우 그 사유가 발생한 과세연도부터 남은 감면기간 동안 같은 법 제6조 제1항 제1호 나목에 따른 감면을 적용하는 것이며, 이후 과세연도에 최대주주의 지위를 회복하더라도 같은 법 제6조 제1항 제1호 가목에 따른 청년창업중소기업세액감면을 적용하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 선박부품 제조업으로 사업자등록 하였으며 창업당시 대표자가 최대출자자로 청년에 해당함

 ○ 질의법인은 ’21년에 유상증자(1,800주)를 통해 대표자가 최대출자자 요건에 해당하지 않게 되었으나 ’23년에 다시 유상증자(60,000주)를 통해 대표자가 최대출자자가 됨

 ○ 질의법인의 주주변동내역은 아래와 같음

2. 질의내용

 ○ 청년창업중소기업감면을 받던 법인의 청년 대표자가 유상증자로 인해 최대주주 지위를 상실하였으나 이후 사업연도에 또 다른 유상증자로 최대주주 지위를 회복한 경우 잔존 감면기간 동안 창년창업중소기업감면이 가능한지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

   1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

    가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100

    나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

   2. 창업보육센터사업자의 경우: 100분의 50

 ②∼⑨ ⁠(생략)

 ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

  1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

   가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우

   나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우

  2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

  3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

  4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

 ⑪ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지의 규정에 따라 감면을 적용받은 기업이 ⁠「중소기업기본법」에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다.

 ⑫ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지의 규정을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ① 법 제6조제1항제1호가목에서 "대통령령으로 정하는 청년창업중소기업"이란 대표자[「소득세법」 제43조제1항에 따른 공동사업장의 경우에는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율이 가장 큰 사업자(손익분배비율이 가장 큰 사업자가 둘 이상인 경우에는 그 모두를 말한다. 이하 이 조에서 같다)를 말한다. 이하 이 조에서 같다]가 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 충족하는 기업(이하 이 조에서 "청년창업중소기업"이라 한다)을 말한다.

  1. 개인사업자로 창업하는 경우: 창업 당시 15세 이상 34세 이하인 사람. 다만, 제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 창업 당시 연령에서 빼고 계산한 연령이 34세 이하인 사람을 포함한다.

  2. 법인으로 창업하는 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 사람

   가. 제1호의 요건을 갖출 것

   나. 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등으로서 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자일 것

 ② 법 제6조제1항제1호가목을 적용할 때 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 청년창업중소기업의 대표자가 감면기간 중 제1항제2호나목의 요건을 충족하지 못하게 되거나 개인사업자로서 손익분배비율이 가장 큰 사업자가 아니게 된 경우에는 법 제6조제1항제1호가목에 따른 감면을 적용하지 아니하고, 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 법 제6조제1항제1호나목에 따른 감면을 적용한다.

 ③ 법 제6조제1항제1호나목을 적용할 때 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업의 대표자가 감면기간 중 제1항제2호나목의 요건을 충족하지 못하게 되거나 개인사업자로서 손익분배비율이 가장 큰 사업자가 아니게 된 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 법 제6조제1항에 따른 감면을 적용하지 아니한다.

 ④∼⑱ ⁠(생 략)

 ⑲ 법 제6조제10항제1호가목에서 "토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 토지와 「법인세법 시행령」 제24조의 규정에 의한 감가상각자산을 말한다.

 ⑳ 법 제6조제10항제1호가목에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 30을 말한다.

 ㉑ 법 제6조제10항제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

  1. 기업과 사업을 개시하는 해당 기업의 임직원 간에 사업 분리에 관한 계약을 체결할 것

  2. 사업을 개시하는 임직원이 새로 설립되는 기업의 대표자로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)일 것

 ㉒ 법 제6조제10항제1호나목을 적용할 때 사업을 개시하는 자가 제21항제2호의 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 않는다

 ㉓ 법 제6조제10항을 적용할 때 같은 종류의 사업의 분류는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 표준분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 세분류를 따른다

 ㉔∼㉖ ⁠(생 략)

○ 중소기업창업 지원법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "중소기업"이란「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업을 말한다.

  2. "창업"이란 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다.

  3. "창업기업"이란 중소기업을 창업하여 사업을 개시한 날부터 7년이 지나지 아니한 기업(법인과 개인사업자를 포함한다)을 말한다. 이 경우 사업 개시에 관한 사항 등 창업기업의 범위에 관한 세부사항은 대통령령으로 정한다.

  4. "예비창업자"란 창업을 하려는 개인 등을 말한다.

  5. "재창업"이란 중소기업을 폐업하고 새로운 중소기업을 설립하는 것을 말한다.

  6. "재창업기업"이란 재창업하여 사업을 개시한 날부터 7년이 지나지 아니한 기업을 말한다. 이 경우 사업 개시에 관한 사항 등 재창업기업의 범위에 관한 세부사항은 대통령령으로 정한다.

○ 중소기업창업 지원법 시행령 제2조【창업의 범위】

 ① ｢중소기업창업 지원법｣(이하 "법"이라 한다) 제2조제2호의 창업은 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 것으로 한다.

  1. 타인으로부터 사업을 상속 또는 증여받은 개인이 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개인인 중소기업자로서 개시하는 것

  2. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 계속 영위하면서 중소기업을 새로 설립하는 것으로서 다음 각 목에 해당하는 것

   가. 개인인 중소기업자로 사업을 개시하는 것

   나. 개인인 중소기업자가 단독으로 또는 ｢중소기업기본법 시행령｣에 따른 친족과 합하여 의결권 있는 발행주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다) 총수의 100분의 50을 초과하여 소유하거나 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 가장 많은 주식의 지분을 소유하는 법인인 중소기업을 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것

  3. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 폐업한 후 중소기업을 새로 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것. 다만, 사업을 폐업한 날부터 3년(부도 또는 파산으로 폐업한 경우에는 2년을 말한다) 이상 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우는 제외한다.

  4. 법인인 중소기업자가 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50(법인과 그 법인의 임원이 소유하고 있는 주식을 합산한다)을 초과하여 소유하는 다른 법인인 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것

  5. 법인의 과점주주(｢국세기본법｣ 제39조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 새로 설립되는 법인인 중소기업자의 과점주주가 되어 사업을 개시하는 것

  6. ｢상법｣에 따른 법인인 중소기업자가 회사의 형태를 변경하여 변경 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 것

○ 중소기업창업 지원법 시행령 제3조 【창업기업의 범위】

 ① 법 제2조제3호, 제6호 및 제10호에 규정된 "사업을 개시한 날"은 다음 각 호의 구분에 따른 날로 한다.

  1. 창업기업 또는 재창업기업이 법인인 경우: 법인설립등기일

  2. 창업기업 또는 재창업기업이 개인인 경우: 「부가가치세법」 제8조제7항에 따른 사업자등록증에 기재된 개업일(법 제45조에 따른 공장 설립계획의 승인을 받아 사업을 개시하는 경우에는 사업자등록증에 기재된 사업자등록일을 말한다)

출처 : 국세청 2024. 07. 31. 서면-2024-법인-1295 | 국세법령정보시스템