요지

의료법인이 국가 또는 지자체로부터 병원 건물 또는 의료기기 등을 취득할 목적으로 수령한 국고보조금은 수익사업소득에 해당하지 아니하며, 해당 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는 자본의 원입으로 처리하고, 해당 자금을 원천으로 취득한 병원 건물 또는 의료기기 등에 대한 감가상각비는 ⁠「법인세법」제23조에 따라 손금산입

회신

귀 서면질의의 경우, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 병원 건물 또는 의료기기 등을 취득할 목적으로 수령한 국고보조금은 ⁠「법인세법」제3조제3항제1호에서 규정하는 ⁠“수익사업에서 생기는 소득”에 해당하지 아니하는 것이며,
해당 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는 ⁠「법인세법 시행규칙」제76조제3항에 따라 자본의 원입으로 처리하고, 해당 자금을 원천으로 하여 취득한 병원 건물 또는 의료기기 등 고정자산에 대한 감가상각비는 ⁠「법인세법」제23조에 따라 손금에 산입하는 것임

1. 사실관계

○ 질의법인은 공공병원으로 국가 등으로부터 시설투자 목적으로 국고보조금을 지급받고 있는데

  - 2015년 회계년도까지 국고보조금 수령액을 기타자본금(자본)으로 계상한 후 국고보조금으로 취득한 자산의 감가상각비를 비용으로 처리하였으나,

  - 2015.12.31. ⁠「의료기관 회계기준 준칙」 및 ⁠「보건복지부 고시」 개정에 따라 2016년 회계연도부터 국고보조금 수령액을 취득하는 자산에서 차감하는 형식으로 표시하도록 변경됨

2. 질의내용

 ○ 지방의료원이 국가 등으로부터 시설투자 목적으로 국고보조금을 지급받아 당초 지급목적대로 의료기기 등을 취득하는 경우 해당 국고보조금 관련 세무처리방법

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

 ①～② ⁠(생략)

 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

  3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

  4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

  5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

  6.「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

  7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

 (이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

 ①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

 (이하 생략)

○ 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】

 ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제ㆍ감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

 (이하 생략)

○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

 ①～② ⁠(생략)

 ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

 (이하 생략)

출처 : 국세청 2017. 10. 19. 서면-2016-법령해석법인-6066[법령해석과-2937] | 국세법령정보시스템