요지

합병법인의 해외자회사 주식은 ⁠‘사업연도 종료일 현재 합병법인이 계속 보유․사용하는 사업용 고정자산’에 해당하며, 합병으로 취득한 상장법인의 자기주식 합병등기일의 최종시세가액을 시가로 함

회신

1. 투자매매업 등을 영위하는 내국법인(이하 ⁠‘합병법인’이라 함)과 동일사업을 영위하는 다른 내국법인(이하 ⁠‘피합병법인’이라 함)이 해외 투자자의 국내 유치 및 국내 고객의 해외 투자를 위해 각각 해외자회사를 설립하여 사업을 영위하던 중합병법인이 피합병법인을 흡수합병한 후 피합병법인의 해외자회사가 합병법인의 해외자회사를 흡수합병하고 합병대가를 교부하지 않은 경우 합병법인이 합병법인의 합병등기일 현재 보유한 해외자회사 주식은 ⁠「법인세법 시행령」제81조 제1항에 따른 각 사업연도 종료일 현재 계속 보유 ․ 사용하는 고정자산에 해당하는 것임
2. 합병법인(상장법인)이 합병으로 피합병법인이 보유한 합병법인 주식을 승계한 경우 해당 주식의 시가는 합병등기일 현재 한국거래소 최종시세가액으로 하는 것이나, 합병등기일 전에 해당 주식을 장외거래로 취득한 피합병법인의 취득가액이 합병법인이 합병으로 해당 주식을 취득한 거래와 유사한 상황에서 불특정 다수인간에 통상 성립될 수 있는 가액으로 인정되는 경우 그 취득가액을 시가로 볼 수 있는 것으로 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 거래의 실질내용에 따라 사실판단할 사항임

 3. 내국법인이 금융투자업을 영위하는 다른 내국법인을 적격합병함으로써 피합병법인이 투자목적으로 보유하고 있던 매도가능증권 및 지분법주식(펀드)과 이자수취 목적으로 투자자에 대여한 대출채권을 승계한 경우, 해당 매도가능증권, 지분법주식(펀드) 및 대출채권은 「법인세법 시행령」 제80조의4 제8항의 ⁠‘피합병법인으로부터 승계한 고정자산’에 해당하지 않는 것임

1. 사실관계

○갑법인은 ****.**.**.에 설립되어 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣(이하 ⁠‘자본시장법’)에 의한 투자매매업, 투자중개업, 투자자문업 등을 영위하고 있으며, 한국거래소 상장법인임

 ○을법인은 ****.**.**.에 설립되어 자본시장법에 의한 투자매매업, 투자중개업, 투자자문업 등을 영위하고 있으며, 한국거래소 상장법인임

 ○갑법인은 ****.**.**. 을법인 인수참여를 위한 최종입찰서를 한국산업은행에 제출하였고,

  - ****.**.**. A은행으로부터 을법인 매각관련 우선협상 대상자로 선정되었으며,

  - ****.**.**. A은행으로부터 을법인의 보통주 140,481,383주(**.*%)를 ***,***,***원에 인수함으로써 을법인의 최대주주가 되어 을법인에 대한 경영권을 갖게 되었음

 ○을법인와 갑법인은 을법인를 합병법인으로 하고, 갑법인은 피합병법인으로 하여 합병을 진행하고 있음

 ○ 당해 합병은

  ①합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인간의 합병이며,

  ②피합병법인(갑법인)의 주주 등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총 합계액 중 합병법인(을법인)의 주식 등의 가액이 100분의 80이상이며,

  ③ 합병법인(을법인)이 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 피합병법인(갑법인)으로부터 승계받은 사업을 계속할 예정으로 ｢법인세법｣ 제44조 제2항의 요건을 충족하는 ⁠‘적격합병’에 해당할 것임

 ○갑법인은 홍콩 현지에서 증권중개 및 투자업을 영위하는 병법인의 지분 100%를 보유하고 있음

  -또한, 을법인 역시 홍콩 현지에서 증권중개 및 투자업을 영위하는 정법인의 지분 100%를 보유하고 있음

 ○병법인과 정법인은 모법인인 갑법인과 을법인의 합병이후 병법인이 정법인을 흡수합병할 예정임

 ○ 갑법인과 을법인는 동일 업종을 영위함에 따라 합병이후 합병법인과 피합병법인의 소득금액을 구분경리하는 대신 합병등기일 현재 사업용 고정자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 합병법인과 피합병법인의 소득금액을 산정할 예정임

 ○을법인는 합병등기일이 속하는 사업연도(’16.1.1.～’16.12.31.) 법인세 신고 시 피합병법인으로부터 승계한 자산에 대하여 ｢별지서식 제46호(을) 자산조정명세서｣를 제출해야하며

  -을법인는 피합병법인인 갑법인이 ****.**.**. A은행으로부터 인수하여 합병등기일 현재 보유중인 을법인 주식 140,481,383주에 대한 ⁠‘시가’를 해당 서식에 기재해야 함

2. 질의내용

 ○(질의 1) ｢법인세법｣ 제44조 제2항에 따른 적격합병 이후 피합병법인의 해외자회사가 합병법인의 해외자회사를 흡수합병하고 합병대가를 교부하지 않은 경우

  -합병법인의 해외자회사 주식이 ⁠“사업연도 종료일 현재 합병법인이 계속 보유ㆍ사용하는 사업용 고정자산”에 해당하는지 여부

 ○ ⁠(질의 2) 합병법인(상장)이 승계한 자기주식의 시가 산정방법

 ○ ⁠(질의 3)합병법인이 피합병법인으로부터 매도가능증권, 지분법주식(펀드) 및 대출채권을 승계할 경우, 동 자산이 적격합병 사후관리 대상인 ｢법인세법시행령｣ 제80조의4 제8항에 따른 ⁠“피합병법인으로부터 승계한 고정자산”에 해당하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 법인세법 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 현재 해당 자산의 제52조제2항에 따른 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 하며, 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다.

○ 법인세법시행령 제81조 【합병에 따른 이월결손금 등의 승계】

① 법 제45조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자산가액 비율"이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다.(2006.2.9.신설)

○ 법인세법 제113조 【구분경리】

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조제1항제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

 1. 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

 2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

○ 법인세법시행령 제156조 【구분경리】

②법 제113조제3항 단서 및 같은 조 제4항 단서에 따른 중소기업의 판정은 합병 또는 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업분에 한정한다)의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 경우 외에는 한국표준산업분류에 따른 세세분류에 따른다. 이 경우 합병법인 또는 피합병법인이나 분할법인(승계된 사업분에 한정한다) 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 고정자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 고정자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다.

○ 법인세법시행령 제72조【자산의 취득가액 등】 ⁠(2012.02.02. 대통령령 제23589호로 개정된 것)

 3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

 가. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 제80조의4제1항 또는 제82조의4제1항에 따른 장부가액

 나. 그 밖의 경우: 해당 자산의 시가

○법인세법시행령 제72조【자산의 취득가액 등】(2010.06.08. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것)

 3. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 기획재정부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.

○ 법인세법시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

① 합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다.

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

①납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다

○ 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.(⇢ 괄호규정은 2007.2.28. 신설)

②법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

 1. ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

○ 법인세법 제44조의3 【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1.합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

 2.대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

○ 법인세법시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】

⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조제2항제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

○ 법인세법시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

③ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다.

④ 합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 계상된 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)과 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입한다. 이 경우 제1항에 따라 계상된 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

⑧합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

출처 : 국세청 2017. 02. 14. 서면-2016-법령해석법인-5374[법령해석과-418] | 국세법령정보시스템