요지

피합병법인으로부터 승계받은 사업부 전체를 매각함에 따라 발생한 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 공제할 수 있음

답변내용

합병법인이 유리제조업을 영위하는 피합병법인을 적격합병한 후 해당 사업을 영위하던 중 피합병법인으로부터 승계한 사업부 전체를 매각한 경우 사업부 전체를 매각함에 따라 발생한 처분이익은 ⁠「법인세법」 제45조제2항에 따른 ⁠“피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액”에 해당하는 것임

1. 사실관계

 ○질의법인(“합병법인”)는 20**.**.*. 유리제조업을 영위하는 완전자회사인 ㈜********(이하 ⁠“피합병법인”)을 흡수합병함

 ○동 합병은 ｢법인세법｣에 따른 적격합병으로서 피합병법인의 이월결손금 **,777백만원은 합병법인인 질의법인에 모두 승계되었으며

  - 질의법인은 법인세 신고시 합병과세특례신청서를 제출한 바 있음

 ○합병 이후 승계결손금 **,777백만원 중 *,700백만원은 2017년 및 2018년 사업연도 법인세 신고시 구분경리에 따라 피합병법인의 사업인 유리사업부에서 발생한 소득 한도 내에서 이월결손금 공제를 신고하였고, 2022.12.31. 기준으로 그 잔액은 **,074백만원이 남아 있음

 ○20**.*.*. 질의법인은 ㈜****공업(이하 ⁠“양수인”)과 당사 유리사업부에 대한 영업양도계약을 체결하였으며, 유형자산, 재고자산 등은 감정평가 등의 시가평가를 통하여 매각금액을 아래와 같이 산정함

 ○20**.*.30. 질의법인과 양수인은 정산기준일로부터 거래종결일까지의 이전 대상자산 조정 등 변동분을 반영하여 양수도 대금을 최종 **,223백만원으로 조정하고 거래종결일에 일시금으로 매각대금을 수취하기로 협의하였음

 ○질의법인은 이와 관련하여 사업부매각이익 *,937백만원(유형자산처분이익 *,129백만원, 재고자산 처분손실 △***백만원)을 인식함

 ○한편, 질의법인은 ERP 상으로 합병 이후 피합병법인 승계사업과 기존 사업에서 발생한 손익을 각각 별도의 손익센터로 구분하여 기록하고 있음

   *질의법인이 매각한 승계사업부문의 유형자산은 대부분이 합병등기일 전부터 피합병법인의 승계사업부문에서 소유한 유형자산이나, 일부는 합병등기일 이후 새로 취득하여 승계사업부문에서 사용되는 자산임

2. 질의요지

 ○피합병법인으로부터 승계받은 사업부 전체를 매각함에 따라 발생한 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 공제할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○ 법인세법 제44조의3 【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

    (중략)

②적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1항제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

③ 적격합병(제44조제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

 2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

 3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

○ 법인세법 제45조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

①합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

②제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

   (중략)

⑤제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다. 2019.12.31, 2022.12.31>

 1.합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우: 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액

 2.합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액

○ 법인세법 제113조 【구분경리】

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

 1. 합병등기일 현재 제13조제1항제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우 : 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

 2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

○법인세법 시행규칙 제77조 【합병법인 및 분할신설법인등의 구분경리】

①법 제113조제3항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리함에 있어서 자산ㆍ부채 및 손익의 구분계산은 다음 각 호에 따른다.

 1.유형자산 및 무형자산과 부채는 용도에 따라 각 사업별로 구분하되, 용도가 분명하지 아니한 차입금은 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산

   (중략)

 4. 각 사업에 속하는 익금과 손금은 각 각 독립된 계정과목에 의하여 구분하여 기록하되, 각 사업에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 구분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 유형자산 및 무형자산의 양도손익은 합병등기일 전에 유형자산 및 무형자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다.

   (중략)

②합병법인은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 방법으로 구분경리할 수 있다. 이 경우 합병법인은 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 사업연도가 종료할 때(연결모법인의 경우에는 합병 후 5년간을 말한다)까지 계속 적용하여야 한다.

 1.피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 회계처리에 의하여 구분계산. 이 경우 피합병법인으로부터 승계받은 사업장의 자산ㆍ부채 및 손익은 이를 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것으로 한다.

 2.본점등에서 발생한 익금과 손금등 각 사업장에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 안분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 유형자산 및 무형자산의 양도손익은 합병등기일 전에 유형자산 및 무형자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다.

    (이하 생략)

출처 : 국세청 2024. 05. 08. 사전-2024-법규법인-0170 | 국세법령정보시스템